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- PDB-9evg: X-ray crystal structure of a de novo designed parallel coiled-coi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9evg
タイトルX-ray crystal structure of a de novo designed parallel coiled-coil heterohexamer with 3 heptad repeats, CCHex2-AB-g
要素
  • CCHex2-A-g
  • CCHex2-B-g
キーワードDE NOVO PROTEIN / COILED COIL / HETEROMER / 6-HELIX BARREL / DE NOVO PROTEIN DESIGN / PEPTIDE ASSEMBLY
機能・相同性DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Albanese, K.I. / Chubb, J.J. / Woolfson, D.N.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Engineering and Physical Sciences Research Council 英国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2025
タイトル: De Novo Design of Parallel and Antiparallel A 3 B 3 Heterohexameric alpha-Helical Barrels.
著者: Chubb, J.J. / Albanese, K.I. / Rodger, A. / Woolfson, D.N.
履歴
登録2024年3月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年9月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: CCHex2-B-g
B: CCHex2-A-g
H: CCHex2-B-g
J: CCHex2-A-g
I: CCHex2-A-g
K: CCHex2-B-g
L: CCHex2-A-g
A: CCHex2-B-g
D: CCHex2-A-g
C: CCHex2-A-g
F: CCHex2-B-g
E: CCHex2-B-g
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,78015
ポリマ－30,19812
非ポリマー5833
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation, 6x monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.676, 94.612, 51.116
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.750, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 0 through 21 or (resid 22...
d_2ens_1(chain "E" and (resid 0 through 4 or (resid 5...
d_3ens_1(chain "F" and (resid 0 through 10 or (resid 11...
d_4ens_1(chain "G" and (resid 0 through 7 or (resid 8...
d_5ens_1(chain "H" and (resid 0 through 4 or (resid 5...
d_6ens_1(chain "K" and (resid 0 through 3 or (resid 4...
d_1ens_2(chain "B" and (resid 0 through 4 or (resid 5...
d_2ens_2(chain "C" and (resid 0 through 4 or (resid 5...
d_3ens_2(chain "D" and (resid 0 through 4 or (resid 5...
d_4ens_2(chain "I" and (resid 0 through 4 or (resid 5...
d_5ens_2(chain "J" and (resid 0 through 7 or (resid 8...
d_6ens_2(chain "L" and (resid 0 through 4 or (resid 5...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ACEACEACEACEAH01
d_12ens_1GLYGLYGLNGLNAH1 - 222 - 23
d_21ens_1ACEACEACEACEEL01
d_22ens_1GLYGLYGLNGLNEL1 - 222 - 23
d_31ens_1ACEACEACEACEFK01
d_32ens_1GLYGLYGLNGLNFK1 - 222 - 23
d_41ens_1ACEACEACEACEGA01
d_42ens_1GLYGLYGLNGLNGA1 - 222 - 23
d_51ens_1ACEACEACEACEHC01
d_52ens_1GLYGLYGLNGLNHC1 - 222 - 23
d_61ens_1ACEACEACEACEKF01
d_62ens_1GLYGLYGLNGLNKF1 - 222 - 23
d_11ens_2ACEACEACEACEBB01
d_12ens_2GLYGLYGLNGLNBB1 - 222 - 23
d_21ens_2ACEACEACEACECJ01
d_22ens_2GLYGLYGLNGLNCJ1 - 222 - 23
d_31ens_2ACEACEACEACEDI01
d_32ens_2GLYGLYGLNGLNDI1 - 222 - 23
d_41ens_2ACEACEACEACEIE01
d_42ens_2GLYGLYGLNGLNIE1 - 222 - 23
d_51ens_2ACEACEACEACEJD01
d_52ens_2GLYGLYGLNGLNJD1 - 222 - 23
d_61ens_2ACEACEACEACELG01
d_62ens_2GLYGLYGLNGLNLG1 - 222 - 23

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.448325169367, -0.450840259889, 0.771846877675), (-0.0768973817063, 0.879739909041, 0.469195572366), (-0.890556755743, 0.150999180476, -0.429077979272)65.2051743304, 12.923364084, -1.66917759407
2given(-0.418884293961, -0.0659624845553, -0.9056406014), (-0.458202945928, 0.876422975999, 0.148097358124), (0.783955361367, 0.477002848809, -0.397344024257)27.4766650075, 18.570171285, -57.0797112416
3given(0.35463324673, 0.0756274923625, 0.931941920247), (0.0848499690468, -0.995213925818, 0.0484739580702), (0.931147540976, 0.061884765954, -0.35935293609)24.4838083097, 82.1734414579, -42.9454190614
4given(0.550929044986, 0.480357495253, -0.682446968009), (0.446684188846, -0.860474432767, -0.245065268836), (-0.704947106403, -0.169824695816, -0.688628455603)-17.3687136061, 63.6573534182, 4.19504409102
5given(-0.993870678769, 0.0252021801553, -0.107637930115), (0.0269358880683, -0.889116394858, -0.45688783561), (-0.107217217918, -0.456986746537, 0.882987871758)47.3364421326, 73.0154335831, 20.2019807296
6given(-0.451853513223, -0.0875389729642, -0.887786759757), (-0.465230747469, 0.872253354235, 0.15077943373), (0.761175902271, 0.481155914687, -0.434856564356)29.1672357444, 18.8883081023, -57.2254674961
7given(-0.465956601219, -0.447227987055, 0.763460263128), (-0.0818686603608, 0.880944940741, 0.466083183384), (-0.881011900165, 0.154671067034, -0.447096066624)65.6072127653, 12.9855006918, -2.47679539709
8given(0.325704333382, 0.0609186177043, 0.943507079588), (0.0691068410169, -0.996786730166, 0.0405025812619), (0.942942698016, 0.0520109275172, -0.328867650701)26.2512634535, 82.6405988074, -42.5919313736
9given(-0.995715943406, 0.0401022724813, -0.0833160716168), (-0.00269896552377, -0.913277292589, -0.4073294765), (-0.0924255139717, -0.405359586765, 0.909472995633)47.2770917358, 75.2260100056, 18.534595397
10given(0.507798927064, 0.480551306558, -0.714989993943), (0.472223225855, -0.849430200885, -0.235528254755), (-0.720517504739, -0.218033886336, -0.658267232796)-16.9160008437, 62.7507810687, 6.40693645726

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
CCHex2-B-g


分子量: 2505.139 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質・ペプチド
CCHex2-A-g


分子量: 2527.779 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Sodium HEPES 7.5 20 % v/v Jeffamine M-600

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→47.31 Å / Num. obs: 24363 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 29.29 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.03329 / Rrim(I) all: 0.1189 / Net I/σ(I): 11.57
反射 シェル解像度: 1.9→1.971 Å / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 0.2568 / Mean I/σ(I) obs: 1.59 / Num. unique obs: 2402 / CC1/2: 0.975 / CC star: 0.994 / Rpim(I) all: 0.0735 / Rrim(I) all: 0.2673 / % possible all: 99.26

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
Arcimboldo位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.9→47.31 Å / SU ML: 0.2417 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 22.2662
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2265 1134 4.66 %
Rwork0.1997 23216 -
obs0.2009 24350 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→47.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1753 0 79 79 1911
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00231825
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56612451
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0332324
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0025293
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5059310
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2VLX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.235052674814
ens_1d_3VLX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.488548109919
ens_1d_4VLX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.449093012307
ens_1d_5VLX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.529344383436
ens_1d_6VLX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.492267465013
ens_2d_2NLX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.178319152179
ens_2d_3NLX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.211493345158
ens_2d_4NLX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.223352535902
ens_2d_5NLX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.229290932218
ens_2d_6NLX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.491669998069
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.990.30841320.24192877X-RAY DIFFRACTION99.41
1.99-2.090.25531700.21392869X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.230.21241430.18942894X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.40.1981320.17972919X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.640.25711340.22889X-RAY DIFFRACTION100
2.64-3.020.24861320.20692932X-RAY DIFFRACTION100
3.02-3.80.23571240.2052911X-RAY DIFFRACTION99.97
3.8-47.310.2021670.19262925X-RAY DIFFRACTION99.61
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.819296155382.90403566570.2095669144829.341908342912.419168297342.11666546407-0.2370960952280.1878917203240.331864138384-0.5614431829660.3368283565420.680676182414-0.1815447522080.183440793227-0.1324635258810.2347081932190.0237851097142-0.04578900722130.2842135233870.001767586254870.2534603997417.313102041458.9639940047-17.028521077
26.17172119236-6.22854117168-3.798348334738.798668935214.965364533259.03248602854-0.2149159053820.0264614573880.0300980794350.2213474152330.0441787441195-0.08088402968860.05305283036590.5021744784620.01926812751130.170440766611-0.0204000398097-0.01732164436510.313548522905-7.56421961337E-70.27648565858337.214565340627.0094311782-15.1057496301
34.90169455739-1.58356365122.602858214235.61987884631-3.507494516143.993139084-0.0396358458644-0.5365584303670.2163006300040.5394423160860.1724731593450.485776388391-0.115117687212-0.268171777325-0.05493697631320.26957555325-0.03401239841030.06648985048110.315398484886-0.03543796811930.20642543172916.498186021356.455197383-1.81123247583
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDEnd label seq-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-ID
1231(chain 'G' and resid 0 through 22)GA0 - 22
2242(chain 'B' and resid 0 through 23)BB0 - 23
3243(chain 'H' and resid 0 through 23)HC0 - 23
4234(chain 'J' and resid 0 through 22)JD0 - 22
5245(chain 'I' and resid 0 through 23)IE0 - 23
6246(chain 'K' and resid 0 through 23)KF0 - 23
7237(chain 'L' and resid 0 through 22)LG0 - 22
8248(chain 'A' and resid 0 through 23)AH0 - 23
9239(chain 'D' and resid 0 through 22)DI0 - 22
102410(chain 'C' and resid 0 through 23)CJ0 - 23
112411(chain 'F' and resid 0 through 23)FK0 - 23
122312(chain 'E' and resid 0 through 22)EL0 - 22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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