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万見
- PDB-9eup: Inhibitor-free outward-open structure of Drosophila dopamine tran... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9eup
タイトルInhibitor-free outward-open structure of Drosophila dopamine transporter
要素
  • (9D5 ANTIBODY, ...) x 2
  • Sodium-dependent dopamine transporter
キーワードMEMBRANE PROTEIN / SLC6A3 / Dopamine transporter / neurotransmitter sodium symporters
機能・相同性
機能・相同性情報


Dopamine clearance from the synaptic cleft / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / circadian sleep/wake cycle / cocaine binding / dopamine:sodium symporter activity / norepinephrine:sodium symporter activity / norepinephrine transport / response to odorant / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / dopamine transport ...Dopamine clearance from the synaptic cleft / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / circadian sleep/wake cycle / cocaine binding / dopamine:sodium symporter activity / norepinephrine:sodium symporter activity / norepinephrine transport / response to odorant / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / dopamine transport / sleep / dopamine uptake involved in synaptic transmission / amino acid transport / neuronal cell body membrane / sodium ion transmembrane transport / adult locomotory behavior / presynaptic membrane / axon / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium:neurotransmitter symporter family signature 2. / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 1. / Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM / CHOLESTEROL / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Sodium-dependent dopamine transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Pedersen, C.N. / Yang, F. / Ita, S. / Xu, Y. / Akunuri, R. / Trampari, S. / Neumann, C.M.T. / Desdorf, L.M. / Schioett, B. / Salvino, J.M. ...Pedersen, C.N. / Yang, F. / Ita, S. / Xu, Y. / Akunuri, R. / Trampari, S. / Neumann, C.M.T. / Desdorf, L.M. / Schioett, B. / Salvino, J.M. / Mortensen, O.V. / Nissen, P. / Shahsavar, A.
資金援助 デンマーク, 米国, 11件
組織認可番号国
Novo Nordisk FoundationNNF19OC0054875 デンマーク
LundbeckfondenR310-2018-3713 デンマーク
Danish Ministry for Research and Higher Education5072-00025B デンマーク
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)MH121453 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)MH106912 米国
LundbeckfondenR368-2021-522 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF18OC0032608 デンマーク
Aarhus University Research FoundationAUFF-E-2022-9-24 デンマーク
National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM)R01 DA051205-03 米国
National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM)S10OD030245-01 米国
National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM)P30 CA010815-53 米国
引用ジャーナル: J Neurochem / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM structure of the dopamine transporter with a novel atypical non-competitive inhibitor bound to the orthosteric site.
著者: Clara Nautrup Pedersen / Fuyu Yang / Samantha Ita / Yibin Xu / Ravikumar Akunuri / Sofia Trampari / Caroline Marie Teresa Neumann / Lasse Messell Desdorf / Birgit Schiøtt / Joseph M Salvino ...著者: Clara Nautrup Pedersen / Fuyu Yang / Samantha Ita / Yibin Xu / Ravikumar Akunuri / Sofia Trampari / Caroline Marie Teresa Neumann / Lasse Messell Desdorf / Birgit Schiøtt / Joseph M Salvino / Ole Valente Mortensen / Poul Nissen / Azadeh Shahsavar /
要旨: The regulation of dopamine (DA) removal from the synaptic cleft is a crucial process in neurotransmission and is facilitated by the sodium- and chloride-coupled dopamine transporter DAT. ...The regulation of dopamine (DA) removal from the synaptic cleft is a crucial process in neurotransmission and is facilitated by the sodium- and chloride-coupled dopamine transporter DAT. Psychostimulant drugs, cocaine, and amphetamine, both block the uptake of DA, while amphetamine also triggers the release of DA. As a result, they prolong or even amplify neurotransmitter signaling. Atypical inhibitors of DAT lack cocaine-like rewarding effects and offer a promising strategy for the treatment of drug use disorders. Here, we present the 3.2 Å resolution cryo-electron microscopy structure of the Drosophila melanogaster dopamine transporter (dDAT) in complex with the atypical non-competitive inhibitor AC-4-248. The inhibitor partially binds at the central binding site, extending into the extracellular vestibule, and locks the transporter in an outward open conformation. Our findings propose mechanisms for the non-competitive inhibition of DAT and attenuation of cocaine potency by AC-4-248 and provide a basis for the rational design of more efficacious atypical inhibitors.
履歴
登録2024年3月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium-dependent dopamine transporter
H: 9D5 ANTIBODY, HEAVY CHAIN
L: 9D5 ANTIBODY, LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,7789
ポリマ－112,7013
非ポリマー1,0776
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Sodium-dependent dopamine transporter / Protein fumin


分子量: 60939.520 Da / 分子数: 1 / 変異: V74A, V275A, V311A, L415A, G538L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: DAT, fmn, CG8380 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7K4Y6

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 9D5 ANTIBODY, HEAVY CHAIN


分子量: 25921.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#3: 抗体 9D5 ANTIBODY, LIGHT CHAIN


分子量: 25840.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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非ポリマー , 5種, 6分子

#4: 化合物 ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト


分子量: 486.726 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4
#5: 化合物 ChemComp-144 / TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM / メチルトリス(ヒドロキシメチル)アミニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3
#6: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Inhibitor-free Drosophila melanogaster dopamine transporter in complex with Fab 9D5
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.107602 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1100 mMsodium chlorideNaCl1
220 mMTris hydrochlorideTris-HCl1
30.01 (w/v) %Lauryl Maltose Neopentyl GlycolLMNG1
40.001 (w/v) %cholesterol-hemisuccinateCHS1
試料濃度: 2.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 59.2 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4294

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2EPU画像取得
7Cootモデルフィッティング
8UCSF ChimeraXモデルフィッティング
13cryoSPARC３次元再構成
14PHENIX1.20.1-4487モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 137600 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 4M48

4m48


Accession code: 4M48 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0087833
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.84410687
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.0241083
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0491184
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0091327

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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