PDB-9eu0: Crystal structure of Danio rerio HDAC6 CD2 in complex with hydrol...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9eu0

タイトル

Crystal structure of Danio rerio HDAC6 CD2 in complex with hydrolyzed DFMO-inhibitor (ITF7209)

要素

Histone deacetylase 6

キーワード

HYDROLASE / HISTONE DEACETYLASE / COMPLEX WITH HYDRAZIDE / NON-HYDROXAMATE ZINC BINDING GROUP / MECHANISM-BASED INHIBITOR

機能・相同性

機能・相同性情報

Aggrephagy / tubulin deacetylase activity / swimming behavior / definitive hemopoiesis / protein lysine deacetylase activity / histone deacetylase activity / potassium ion binding / histone deacetylase complex / hematopoietic progenitor cell differentiation / epigenetic regulation of gene expression ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Bebel, A. / Cellupica, E. / Stevenazzi, A. / Sandrone, G. / Vergani, B. / Caprini, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2024
タイトル: Mechanistic and Structural Insights on Difluoromethyl-1,3,4-oxadiazole Inhibitors of HDAC6.
著者: Cellupica, E. / Gaiassi, A. / Rocchio, I. / Rovelli, G. / Pomarico, R. / Sandrone, G. / Caprini, G. / Cordella, P. / Cukier, C. / Fossati, G. / Marchini, M. / Bebel, A. / Airoldi, C. / ...

履歴

登録	2024年3月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9eu0.cif.gz	295.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9eu0.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9eu0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9eu0_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9eu0_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	9eu0_validation.xml.gz	35.6 KB	表示
CIF形式データ	9eu0_validation.cif.gz	48.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/9eu0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/9eu0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Histone deacetylase 6

B: Histone deacetylase 6

ヘテロ分子

81.9 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Histone deacetylase 6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
41.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Histone deacetylase 6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
40.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.71, 91.56, 96.13
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Histone deacetylase 6 分子量: 40342.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: hdac6 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F8W4B7

-
非ポリマー , 5種, 398分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-A1H7I / ~{N}'-[2,2-bis(fluoranyl)ethanoyl]-5-[(4-~{tert}-butyl-1,2,3-triazol-1-yl)methyl]thiophene-2-carbohydrazide 分子量: 357.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₄H₁₇F₂N₅O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.17 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1% (w/v) nOctyl-b-D-glucoside, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 21% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.86→48.065 Å / Num. obs: 56003 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.9 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8.67
反射シェル	解像度: 1.86→1.91 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.82 / Num. unique obs: 4085 / CC_1/2: 0.792 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.86→48.065 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 3.632 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.142 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2215	2801	5.002 %
R_work	0.1765	53202	-
all	0.179	-	-
obs	-	56003	99.863 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.725 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.41 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.164 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.754 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.86→48.065 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5573	0	69	389	6031

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	5829
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5342
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.633	1.82	7918
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.571	1.748	12286
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.795	5	721
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	13.823	5	65
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.042	10	931
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.522	10	271
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	857
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.006	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	7006
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1388
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.254	0.2	1313
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	5238
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	2868
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	2906
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	373
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.154	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.186	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.198	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.229	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.247	2.65	2875
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.246	2.65	2875
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.124	4.75	3599
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.124	4.751	3600
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.225	3.067	2954
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.224	3.065	2954
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.831	5.486	4319
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.831	5.488	4320
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.254	27.833	6757
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.254	27.837	6758

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.86-1.908	0.353	204	0.3	3870	0.302	4102	0.916	0.937	99.3174	0.283
1.908-1.96	0.282	199	0.263	3771	0.264	3974	0.943	0.954	99.8993	0.246
1.96-2.017	0.28	194	0.245	3700	0.247	3897	0.954	0.962	99.923	0.225
2.017-2.079	0.267	188	0.215	3556	0.217	3747	0.957	0.971	99.9199	0.196
2.079-2.147	0.274	184	0.205	3497	0.208	3681	0.951	0.975	100	0.186
2.147-2.222	0.246	176	0.187	3358	0.19	3534	0.96	0.98	100	0.169
2.222-2.306	0.221	171	0.176	3238	0.178	3410	0.972	0.982	99.9707	0.159
2.306-2.4	0.225	165	0.171	3146	0.174	3314	0.973	0.982	99.9095	0.155
2.4-2.506	0.234	158	0.173	3003	0.176	3161	0.97	0.984	100	0.159
2.506-2.628	0.215	152	0.171	2882	0.173	3034	0.977	0.985	100	0.16
2.628-2.77	0.246	145	0.176	2757	0.18	2903	0.963	0.983	99.9656	0.168
2.77-2.938	0.251	136	0.175	2586	0.178	2723	0.966	0.983	99.9633	0.171
2.938-3.14	0.192	130	0.169	2457	0.17	2587	0.978	0.984	100	0.169
3.14-3.39	0.211	121	0.168	2310	0.17	2431	0.97	0.983	100	0.175
3.39-3.712	0.204	111	0.154	2109	0.156	2223	0.977	0.987	99.8651	0.168
3.712-4.147	0.196	101	0.154	1923	0.156	2026	0.978	0.987	99.9013	0.174
4.147-4.782	0.16	90	0.131	1711	0.132	1808	0.987	0.991	99.6128	0.157
4.782-5.842	0.165	78	0.145	1465	0.146	1548	0.988	0.99	99.677	0.174
5.842-8.202	0.171	61	0.152	1166	0.153	1228	0.983	0.988	99.9186	0.185
8.202-48.065	0.261	37	0.2	697	0.203	745	0.917	0.976	98.5235	0.243

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