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万見
- PDB-9etu: Archaellum filament from the Halobacterium salinarum deltaAgl27 strain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9etu
タイトルArchaellum filament from the Halobacterium salinarum deltaAgl27 strain
要素Archaellin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / archaellum / haloarcheon / archaellin
生物種Halobacterium salinarum (好塩性)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.33 Å
データ登録者Grossman-Haham, I. / Shahar, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Perturbed N-glycosylation of Halobacterium salinarum archaellum filaments leads to filament bundling and compromised cell motility
著者: Mashni, L. / Vershinin, Z. / Zalk, R. / Shahar, A. / Eichler, J. / Grossman-Haham, I.
履歴
登録2024年3月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Archaellin
B: Archaellin
C: Archaellin
D: Archaellin
E: Archaellin
F: Archaellin
G: Archaellin
H: Archaellin
I: Archaellin
J: Archaellin
K: Archaellin
L: Archaellin
M: Archaellin
N: Archaellin
O: Archaellin
P: Archaellin
Q: Archaellin
R: Archaellin
S: Archaellin
T: Archaellin
U: Archaellin
V: Archaellin
W: Archaellin
X: Archaellin
Y: Archaellin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)533,32375
ポリマ－502,69925
非ポリマー30,62350
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 ...
Archaellin


分子量: 20107.971 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然
詳細: Since Hbt. salinarum encodes five archaellins (i.e., FlaA1, FlaA2, FlaB1, FlaB2, and FlaB3) and their arrangement within the archaellum filaments is unknown, we further refined the cryo-EM ...詳細: Since Hbt. salinarum encodes five archaellins (i.e., FlaA1, FlaA2, FlaB1, FlaB2, and FlaB3) and their arrangement within the archaellum filaments is unknown, we further refined the cryo-EM map without applying symmetry, in an attempt to resolve the positions of these archaellins within the filament, as done previously with reconstruction of the Methanocaldococcus villosus archaellum. Symmetry-free refinement improved the overall resolution map to 3.1 A and revealed differences in density among archaellin subunits. Nonetheless, we were unable to identify features that would allow us to unambiguously assign specific archaellins into the density, perhaps because the regions that distinguish each archaellin are few, short, and mostly predicted to lack defined secondary structure, or because the five archaellins are not organized in a repeating pattern. Consequently, we built a model into the central region of the cryo-EM map comprising 26 archaellin subunits that share a consensus sequence, in which identical residues among the five archaellins are explicitly modelled, with those variable residues usually being modelled as alanine residues (UNK).
由来: (天然) Halobacterium salinarum (好塩性)
#2: 多糖...
3-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 612.468 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
[]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-GlcpA]{[(4+1)][a-L-IdopA3SO3]{}}}}LINUCSPDB-CARE
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Archaellum filament / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.020466 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Halobacterium salinarum (好塩性)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 30 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21rc1_4985: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 107.91 ° / 軸方向距離/サブユニット: 5.46 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 3.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 265906 / 対称性のタイプ: HELICAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00234090
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.66146921
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.5926728
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.046428
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0035553

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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