PDB-9eto: PsiK from Psilocybe cubensis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9eto

タイトル

PsiK from Psilocybe cubensis

要素

4-hydroxytryptamine kinase

キーワード

TRANSFERASE / Kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

4-hydroxytryptamine kinase / 4-hydroxytryptamine kinase activity / psilocybin biosynthetic process / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの） / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Psilocybe cubensis (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.54 Å

データ登録者

Werten, S. / Rupp, B.

資金援助

オーストリア, 1件

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2025
タイトル: Substrate recognition by the 4-hydroxytryptamine kinase PsiK in psilocybin biosynthesis.
著者: Rogge, K. / Wagner, T.J. / Hoffmeister, D. / Rupp, B. / Werten, S.

履歴

登録	2024年3月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9eto.cif.gz	388.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9eto.ent.gz	244.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9eto.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9eto_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9eto_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9eto_validation.xml.gz	29.3 KB	表示
CIF形式データ	9eto_validation.cif.gz	38.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/et/9eto ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/et/9eto	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 4-hydroxytryptamine kinase

B: 4-hydroxytryptamine kinase

ヘテロ分子

83.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 4-hydroxytryptamine kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
41.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 4-hydroxytryptamine kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.820, 70.140, 118.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.837, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-404- SO4

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 0 - 362 / Label seq-ID: 2 - 364

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	4-hydroxytryptamine kinase / Psilocybin biosynthesis kinase 分子量: 40682.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The sequence GH at the N-terminus derives from the expression vector. 由来: (組換発現) Psilocybe cubensis (菌類) / 遺伝子: psiK / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P0DPA8, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）, 4-hydroxytryptamine kinase

#1: タンパク質

4-hydroxytryptamine kinase / Psilocybin biosynthesis kinase

分子量: 40682.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The sequence GH at the N-terminus derives from the expression vector.
由来: (組換発現)

Psilocybe cubensis (菌類) / 遺伝子: psiK / プラスミド: pET-28a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P0DPA8, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）, 4-hydroxytryptamine kinase

-
非ポリマー , 5種, 30分子

#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-RWB / dodecaethylene glycol monomethyl ether / PEG-MME fragment n=12;polyethylene glycol monomethyl ether fragment n=12;PEG 550 MME / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36-ドデカオキサヘプタトリアコンタン-1-オ-ル分子量: 560.673 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₅₂O₁₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.85 % / 解説: Platelets
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM HEPES pH 7.5, 2 M ammonium sulfate, 2% PEG 550 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8731 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月1日 / 詳細: KB mirror
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.54→43.108 Å / Num. obs: 30400 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.63 % / B_iso Wilson estimate: 60.6 Å² / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.275 / R_rim(I) all: 0.299 / Net I/σ(I): 6.39
反射シェル	解像度: 2.54→2.61 Å / 冗長度: 6.85 % / R_merge(I) obs: 2.641 / Mean I/σ(I) obs: 0.91 / Num. unique obs: 2240 / CC_1/2: 0.35 / R_rim(I) all: 2.859 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS	20220110	データ削減
XSCALE	20230630	データスケーリング
PHASER	2.8.2	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.54→43.108 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 35.958 / SU ML: 0.307 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.513 / ESU R Free: 0.282 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2433	1483	4.878 %
R_work	0.1974	28916	-
all	0.2	-	-
obs	-	30399	99.859 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.899 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.121 Å²	0 Å²	1.009 Å²
2-	-	-0.192 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.112 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.54→43.108 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5684	0	101	12	5797

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	5881
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5535
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.689	1.815	7960
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.551	1.757	12742
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.882	5	724
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.913	5	30
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.071	10	1000
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.711	10	262
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	898
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6814
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1302
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	1109
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	4687
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	2861
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	3230
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.015	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.052	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.133	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.031	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.496	4.072	2902
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.493	4.073	2902
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.536	7.313	3624
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.536	7.315	3625
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.355	4.521	2979
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.354	4.521	2980
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.933	8.111	4336
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.933	8.11	4337
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.22	36.853	6255
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.22	36.851	6256
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.063	0.05	11450

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06344	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06344	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.54-2.606	0.424	107	0.44	2126	0.44	2237	0.906	0.898	99.8212	0.441
2.606-2.677	0.396	112	0.392	2023	0.393	2136	0.894	0.91	99.9532	0.388
2.677-2.754	0.366	106	0.361	2022	0.361	2130	0.9	0.919	99.9061	0.351
2.754-2.839	0.376	94	0.341	1958	0.343	2052	0.906	0.926	100	0.322
2.839-2.931	0.408	106	0.323	1881	0.327	1988	0.914	0.939	99.9497	0.3
2.931-3.034	0.323	109	0.286	1830	0.288	1939	0.928	0.95	100	0.264
3.034-3.148	0.246	91	0.249	1780	0.249	1873	0.958	0.96	99.8932	0.227
3.148-3.275	0.274	94	0.233	1693	0.236	1789	0.944	0.967	99.8882	0.215
3.275-3.42	0.282	78	0.216	1624	0.219	1703	0.958	0.976	99.9413	0.201
3.42-3.586	0.242	79	0.201	1551	0.203	1631	0.967	0.981	99.9387	0.19
3.586-3.778	0.235	83	0.186	1495	0.188	1580	0.97	0.984	99.8734	0.177
3.778-4.006	0.203	75	0.17	1417	0.172	1492	0.971	0.986	100	0.164
4.006-4.28	0.232	48	0.146	1360	0.149	1410	0.966	0.988	99.8582	0.141
4.28-4.619	0.172	71	0.128	1233	0.131	1305	0.982	0.99	99.9234	0.126
4.619-5.054	0.187	54	0.116	1155	0.12	1214	0.98	0.992	99.5881	0.118
5.054-5.641	0.211	47	0.147	1040	0.15	1090	0.982	0.99	99.7248	0.147
5.641-6.495	0.248	41	0.189	935	0.191	976	0.966	0.982	100	0.183
6.495-7.91	0.229	36	0.16	791	0.164	827	0.971	0.985	100	0.166
7.91-11.002	0.127	36	0.117	631	0.118	667	0.99	0.991	100	0.133
11.002-43.108	0.197	16	0.184	371	0.185	395	0.982	0.979	97.9747	0.219

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4999	0.3137	0.2309	1.876	-0.4386	2.1422	0.0814	-0.014	-0.0323	-0.1966	-0.0764	-0.2565	-0.0163	0.2427	-0.005	0.182	-0.0051	0.0568	0.2479	0.0002	0.042	40.771	12.963	20.969
2	1.5537	0.3977	0.2353	1.8918	0.5797	3.0597	-0.012	0.0521	-0.042	-0.1482	-0.0156	0.0036	-0.053	-0.0721	0.0276	0.1285	0.0022	0.0202	0.1393	0.0052	0.0058	22.299	-0.921	4.853
3	2.5297	-0.0101	-0.1368	2.5965	-0.6659	2.0406	0.1438	-0.2751	0.0122	0.3506	-0.1352	-0.2857	-0.0676	0.2061	-0.0086	0.2294	-0.0177	0.0072	0.3084	0.0171	0.0477	38.667	7.812	41.205
4	1.6629	-0.155	-0.3757	1.9087	0.6377	3.7386	-0.0148	-0.0327	0.0764	0.0602	-0.0475	0.0637	-0.1979	-0.1525	0.0623	0.1538	0.0246	0.0461	0.1791	-0.0005	0.024	17.512	21.7	53.193
5	3.5964	-1.7515	0.5666	12.8275	4.0868	1.6792	-0.0381	-0.542	0.0706	-0.4091	0.8119	-2.1853	-0.1585	0.1017	-0.7738	0.2395	-0.0644	0.0492	0.4237	-0.0056	0.4217	27.119	10.054	30.057

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	0 - 119
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	120 - 603

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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万見 (Yorodumi)