PDB-9etn: Crystal structure of murine CRTAC1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9etn

タイトル

Crystal structure of murine CRTAC1

要素

Cartilage acidic protein 1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / beta-propeller / potassium binding / calcium binding

機能・相同性

機能・相同性情報

olfactory bulb development / axonal fasciculation / regulation of synapse assembly / growth cone / postsynaptic density / glutamatergic synapse / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.584 Å

データ登録者

Beugelink, J.W. / Hof, H. / Janssen, B.J.C.

資金援助

オランダ, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: CRTAC1 has a Compact beta-propeller-TTR Core Stabilized by Potassium Ions.
著者: Beugelink, J.W. / Hof, H. / Janssen, B.J.C.

履歴

登録	2024年3月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年8月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9etn.cif.gz	262.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9etn.ent.gz	193.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9etn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9etn_validation.pdf.gz	818.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9etn_full_validation.pdf.gz	818.5 KB	表示
XML形式データ	9etn_validation.xml.gz	23.2 KB	表示
CIF形式データ	9etn_validation.cif.gz	34.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/et/9etn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/et/9etn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (2) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (5) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Cartilage acidic protein 1

ヘテロ分子

65.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	167.514, 84.204, 59.718
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.702, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-978- HOH
2	1	A-1100- HOH

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質

Cartilage acidic protein 1 / 68 kDa chondrocyte-expressed protein / CEP-68 / ASPIC / Protein CRTAC1-B

分子量: 64157.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Crtac1, Aspic1, Cep68 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8R555

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 324分子

#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 100 mM sodium-malonate pH 5.0, 12% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.6702 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.6702 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.582→81.707 Å / Num. obs: 54952 / % possible obs: 86.5 % / 冗長度: 4.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.086 / R_pim(I) all: 0.042 / R_rim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 1.582→1.786 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.777 / Num. unique obs: 2748 / CC_1/2: 0.667 / R_pim(I) all: 0.409 / R_rim(I) all: 0.885 / % possible all: 67.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
autoPROC		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.584→81.707 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / WR_factor R_free: 0.194 / WR_factor R_work: 0.149 / Average fsc free: 0.9742 / Average fsc work: 0.9849 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.117 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1946	2798	5.092 %
R_work	0.1501	52152	-
all	0.152	-	-
obs	-	54950	49.996 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.695 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.82 Å²	0 Å²	-0.569 Å²
2-	-	-1.047 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.927 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.584→81.707 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4231	0	48	314	4593

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	4380
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	3962
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.298	1.656	5955
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.725	1.581	9101
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.602	5	563
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_1_deg	0.022	20	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	15.703	5	38
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.723	10.09	666
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.618	10	222
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	643
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5364
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	1079
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	800
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.211	0.2	3868
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	2179
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	2313
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	309
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.097	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.2	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.205	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.465	2.466	2206
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.451	2.466	2206
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.185	4.428	2755
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.186	4.429	2756
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.641	2.792	2174
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.64	2.793	2175
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.402	4.999	3198
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.402	5	3199
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.729	24.462	4874
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.474	24.265	4804
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.834	3	8342

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.584-1.625	0.306	5	0.239	105	0.242	8114	0.974	0.946	1.3557	0.232
1.625-1.669	0.297	22	0.222	414	0.226	7861	0.939	0.964	5.5464	0.215
1.669-1.718	0.294	31	0.225	733	0.228	7670	0.946	0.967	9.9609	0.219
1.718-1.77	0.247	47	0.214	1037	0.215	7461	0.968	0.971	14.5289	0.205
1.77-1.828	0.256	63	0.205	1355	0.207	7223	0.964	0.976	19.6317	0.193
1.828-1.893	0.229	72	0.198	1166	0.2	6955	0.964	0.977	17.8001	0.179
1.893-1.964	0.224	77	0.175	1670	0.177	6778	0.965	0.982	25.7746	0.147
1.964-2.044	0.215	185	0.175	3564	0.177	6516	0.973	0.982	57.5353	0.147
2.044-2.135	0.21	213	0.164	4015	0.166	6261	0.972	0.985	67.5291	0.136
2.135-2.239	0.21	229	0.159	3911	0.162	5960	0.974	0.986	69.4631	0.13
2.239-2.36	0.209	185	0.149	3639	0.152	5660	0.975	0.987	67.5618	0.121
2.36-2.503	0.205	245	0.153	4949	0.156	5371	0.978	0.987	96.7045	0.126
2.503-2.676	0.213	262	0.149	4778	0.152	5045	0.975	0.988	99.9009	0.127
2.676-2.89	0.202	237	0.145	4459	0.148	4700	0.976	0.988	99.9149	0.131
2.89-3.165	0.205	242	0.15	4093	0.153	4345	0.969	0.987	99.7699	0.143
3.165-3.538	0.184	205	0.15	3719	0.152	3928	0.98	0.987	99.8982	0.149
3.538-4.084	0.181	132	0.136	2358	0.138	3483	0.982	0.99	71.4901	0.144
4.084-4.999	0.141	161	0.116	2791	0.118	2954	0.99	0.993	99.9323	0.133
4.999-7.057	0.196	125	0.158	2153	0.16	2285	0.979	0.988	99.6937	0.178
7.057-81.707	0.216	60	0.183	1243	0.184	1308	0.954	0.962	99.6177	0.226

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