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- PDB-9etn: Crystal structure of murine CRTAC1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9etn
タイトルCrystal structure of murine CRTAC1
要素Cartilage acidic protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / beta-propeller / potassium binding / calcium binding
機能・相同性
機能・相同性情報


olfactory bulb development / axonal fasciculation / regulation of synapse assembly / growth cone / postsynaptic density / calcium ion binding / glutamatergic synapse / extracellular region
類似検索 - 分子機能
ASPIC/UnbV / Cartilage acidic protein 1 / ASPIC and UnbV / FG-GAP-like repeat / FG-GAP repeat / : / Calcium-binding EGF domain / Integrin alpha, N-terminal / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. ...ASPIC/UnbV / Cartilage acidic protein 1 / ASPIC and UnbV / FG-GAP-like repeat / FG-GAP repeat / : / Calcium-binding EGF domain / Integrin alpha, N-terminal / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Cartilage acidic protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.584 Å
データ登録者Beugelink, J.W. / Hof, H. / Janssen, B.J.C.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO) オランダ
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: CRTAC1 has a Compact beta-propeller-TTR Core Stabilized by Potassium Ions.
著者: Beugelink, J.W. / Hof, H. / Janssen, B.J.C.
履歴
登録2024年3月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cartilage acidic protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,10912
ポリマ－64,1581
非ポリマー95111
水5,657314
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1600 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area20940 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)167.514, 84.204, 59.718
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.702, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-978-

HOH

21A-1100-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Cartilage acidic protein 1 / 68 kDa chondrocyte-expressed protein / CEP-68 / ASPIC / Protein CRTAC1-B


分子量: 64157.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Crtac1, Aspic1, Cep68 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8R555
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 324分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 100 mM sodium-malonate pH 5.0, 12% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.6702 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.6702 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.582→81.707 Å / Num. obs: 54952 / % possible obs: 86.5 % / 冗長度: 4.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 1.582→1.786 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.777 / Num. unique obs: 2748 / CC1/2: 0.667 / Rpim(I) all: 0.409 / Rrim(I) all: 0.885 / % possible all: 67.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0405精密化
autoPROCデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.584→81.707 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / WRfactor Rfree: 0.194 / WRfactor Rwork: 0.149 / Average fsc free: 0.9742 / Average fsc work: 0.9849 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.117 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1946 2798 5.092 %
Rwork0.1501 52152 -
all0.152 --
obs-54950 49.996 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 24.695 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.82 Å20 Å2-0.569 Å2
2---1.047 Å2-0 Å2
3---1.927 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.584→81.707 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4231 0 48 314 4593
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0124380
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0163962
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2981.6565955
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7251.5819101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6025563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_1_deg0.022202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg15.703538
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.72310.09666
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg15.61810222
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2643
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025364
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.021079
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2340.2800
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2110.23868
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.22179
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0860.22313
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.2309
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0970.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.20.29
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2050.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1770.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4652.4662206
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4512.4662206
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1854.4282755
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.1864.4292756
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6412.7922174
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.642.7932175
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4024.9993198
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.40253199
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it3.72924.4624874
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other3.47424.2654804
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.83438342
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.584-1.6250.30650.2391050.24281140.9740.9461.35570.232
1.625-1.6690.297220.2224140.22678610.9390.9645.54640.215
1.669-1.7180.294310.2257330.22876700.9460.9679.96090.219
1.718-1.770.247470.21410370.21574610.9680.97114.52890.205
1.77-1.8280.256630.20513550.20772230.9640.97619.63170.193
1.828-1.8930.229720.19811660.269550.9640.97717.80010.179
1.893-1.9640.224770.17516700.17767780.9650.98225.77460.147
1.964-2.0440.2151850.17535640.17765160.9730.98257.53530.147
2.044-2.1350.212130.16440150.16662610.9720.98567.52910.136
2.135-2.2390.212290.15939110.16259600.9740.98669.46310.13
2.239-2.360.2091850.14936390.15256600.9750.98767.56180.121
2.36-2.5030.2052450.15349490.15653710.9780.98796.70450.126
2.503-2.6760.2132620.14947780.15250450.9750.98899.90090.127
2.676-2.890.2022370.14544590.14847000.9760.98899.91490.131
2.89-3.1650.2052420.1540930.15343450.9690.98799.76990.143
3.165-3.5380.1842050.1537190.15239280.980.98799.89820.149
3.538-4.0840.1811320.13623580.13834830.9820.9971.49010.144
4.084-4.9990.1411610.11627910.11829540.990.99399.93230.133
4.999-7.0570.1961250.15821530.1622850.9790.98899.69370.178
7.057-81.7070.216600.18312430.18413080.9540.96299.61770.226

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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