[日本語] English
万見
- PDB-9etm: cryoEM structure of the Drosophila melanogaster TOM core complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9etm
タイトルcryoEM structure of the Drosophila melanogaster TOM core complex
要素(Mitochondrial import receptor subunit ...) x 5
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Complex / outer membrane / mitochondria / TOM / translocase
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial outer membrane translocase complex / protein import into mitochondrial matrix / protein transmembrane transport / protein targeting to mitochondrion / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / porin activity / pore complex / protein insertion into mitochondrial outer membrane / protein transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport ...mitochondrial outer membrane translocase complex / protein import into mitochondrial matrix / protein transmembrane transport / protein targeting to mitochondrion / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / porin activity / pore complex / protein insertion into mitochondrial outer membrane / protein transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport / cellular response to hypoxia / mitochondrial outer membrane / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / Mitochondrial import receptor subunit TOM7 / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / TOM7 family / Mitochondrial outer membrane translocase complex, subunit Tom5 / Mitochondrial import receptor subunit or translocase / Tom40 / Eukaryotic porin/Tom40 / Eukaryotic porin / Porin domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / GEO13367p1 / Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog / RH17559p / Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog / Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Ornelas, P. / Kuehlbrandt, W.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: IUCrJ / 年: 2025
タイトル: Structure of an ex vivoDrosophila TOM complex determined by single-particle cryoEM.
著者: Agalya Periasamy / Pamela Ornelas / Thomas Bausewein / Naomi Mitchell / Jiamin Zhao / Leonie M Quinn / Werner Kuehlbrandt / Jacqueline M Gulbis /
要旨: Most mitochondrial precursor proteins are encoded in the cell nucleus and synthesized on cytoplasmic ribosomes. The translocase of the outer membrane (TOM) is the main protein-import pore of ...Most mitochondrial precursor proteins are encoded in the cell nucleus and synthesized on cytoplasmic ribosomes. The translocase of the outer membrane (TOM) is the main protein-import pore of mitochondria, recognizing nascent precursors of mitochondrially targeted proteins and transferring them across the outer membrane. A 3.3 Å resolution map and molecular model of a TOM complex from Drosophila melanogaster, obtained by single-particle electron cryomicroscopy, is presented. As the first reported structure of a transgenic protein expressed and purified ex vivo from Drosophila, the method provides impetus for parallel structural and genetic analyses of protein complexes linked to human pathology. The core TOM complex extracted from native membranes of the D. melanogaster retina contains transgenic Tom40 co-assembled with four endogenous TOM components: Tom22, Tom5, Tom6 and Tom7. The Drosophila TOM structure presented here shows that the human and Drosophila TOM are very similar, with small conformational changes at two subunit interfaces attributable to variation in lipid-binding residues. The new structure provides an opportunity to pinpoint general features that differentiate the TOM structures of higher and unicellular eukaryotes. While the quaternary fold of the assembly is retained, local nuances of structural elements implicated in precursor import are indicative of subtle evolutionary change.
履歴
登録2024年3月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
G: Mitochondrial import receptor subunit TOM6
I: Mitochondrial import receptor subunit TOM5
E: Mitochondrial import receptor subunit TOM7
C: Mitochondrial import receptor subunit TOM22
A: Mitochondrial import receptor subunit TOM40
H: Mitochondrial import receptor subunit TOM6
J: Mitochondrial import receptor subunit TOM5
F: Mitochondrial import receptor subunit TOM7
D: Mitochondrial import receptor subunit TOM22
B: Mitochondrial import receptor subunit TOM40
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,24415
ポリマ－102,12910
非ポリマー3,1145
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
Mitochondrial import receptor subunit ... , 5種, 10分子 GHIJEFCDAB

#1: タンパク質・ペプチド Mitochondrial import receptor subunit TOM6 / Mitochondrial import receptor subunit Tom6 / Translocase of outer membrane 6 kDa subunit homolog / ...Mitochondrial import receptor subunit Tom6 / Translocase of outer membrane 6 kDa subunit homolog / dtom6 / GEO13367p1


分子量: 4883.772 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q6IGW6
#2: タンパク質・ペプチド Mitochondrial import receptor subunit TOM5 / Mitochondrial import receptor subunit Tom5 / Translocase of outer membrane 5 kDa subunit homolog / ...Mitochondrial import receptor subunit Tom5 / Translocase of outer membrane 5 kDa subunit homolog / dtom5 / RH17559p


分子量: 4308.033 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q8IRD0
#3: タンパク質・ペプチド Mitochondrial import receptor subunit TOM7 / Mitochondrial import receptor subunit Tom7 / Translocase of outer membrane 7 kDa subunit homolog / ...Mitochondrial import receptor subunit Tom7 / Translocase of outer membrane 7 kDa subunit homolog / dtom7 / Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog


分子量: 5138.079 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q7K036
#4: タンパク質・ペプチド Mitochondrial import receptor subunit TOM22 / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / Translocase of outer membrane 22 kDa subunit homolog ...Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / Translocase of outer membrane 22 kDa subunit homolog / dtom22 / itochondrial import receptor subunit TOM22 homolog


分子量: 5352.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9I7T5
#5: タンパク質 Mitochondrial import receptor subunit TOM40 / Mitochondrial import receptor subunit Tom40 / Translocase of outer membrane 40 kDa subunit homolog ...Mitochondrial import receptor subunit Tom40 / Translocase of outer membrane 40 kDa subunit homolog / dtom40 / Male sterile protein 15 / Translocase of outer membrane 40 kDa subunit homolog 1


分子量: 31382.713 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Tom40, mit, ms(1)15, CG12157
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9U4L6

-
非ポリマー , 1種, 5分子

#6: 化合物
ChemComp-PLC / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン


分子量: 622.834 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H65NO8P / コメント: リン脂質*YM

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Translocase of the outer mitochondrial membrane core complex of Drosophila melanogaster
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
由来(組換発現)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1400 nm
撮影電子線照射量: 55 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 198185 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0037565
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6410221
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.8282747
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0441127
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0071286

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る