[日本語] English
万見
- PDB-9etj: Mouse CNPase catalytic domain with nanobody 10E -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9etj
タイトルMouse CNPase catalytic domain with nanobody 10E
要素
  • 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase
  • Chains: C,D,F,H
キーワードPROTEIN BINDING / CNPase / myelin / nanobody / single-domain antibody / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic nucleotide catabolic process / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase activity / myelin sheath adaxonal region / myelin sheath abaxonal region / cyclic nucleotide binding / regulation of mitochondrial membrane permeability / oligodendrocyte differentiation / pseudopodium / microvillus ...cyclic nucleotide catabolic process / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase activity / myelin sheath adaxonal region / myelin sheath abaxonal region / cyclic nucleotide binding / regulation of mitochondrial membrane permeability / oligodendrocyte differentiation / pseudopodium / microvillus / forebrain development / axonogenesis / adult locomotory behavior / response to toxic substance / melanosome / myelin sheath / response to lipopolysaccharide / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / perinuclear region of cytoplasm / extracellular space / RNA binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclic nucleotide phosphodiesterase / : / 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase (CNP or CNPase) / Cyclic phosphodiesterase / AAA domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Markusson, S. / Raasakka, A. / Opazo, F. / Kursula, P.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mouse CNPase catalytic domain with nanobody 10E
著者: Markusson, S. / Raasakka, A. / Opazo, F. / Kursula, P.
履歴
登録2024年3月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase
C: Chains: C,D,F,H
B: 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase
D: Chains: C,D,F,H
E: 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase
F: Chains: C,D,F,H
G: 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase
H: Chains: C,D,F,H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,67515
ポリマ－154,3948
非ポリマー2817
水00
1
A: 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase
C: Chains: C,D,F,H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6794
ポリマ－38,5992
非ポリマー802
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase
D: Chains: C,D,F,H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6794
ポリマ－38,5992
非ポリマー802
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase
F: Chains: C,D,F,H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6393
ポリマ－38,5992
非ポリマー401
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase
H: Chains: C,D,F,H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6794
ポリマ－38,5992
非ポリマー802
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.730, 118.250, 122.450
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and resid 162 through 378)
d_2ens_1(chain "B" and (resid 162 through 207 or resid 216 through 290 or resid 297 through 378))
d_3ens_1(chain "E" and (resid 162 through 207 or resid 216 through 291 or resid 298 through 378))
d_4ens_1(chain "G" and (resid 162 through 207 or resid 216 through 291 or resid 298 through 378))
d_1ens_2chain "C"
d_2ens_2chain "D"
d_3ens_2chain "F"
d_4ens_2(chain "H" and resid 2 through 128)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1LYSLYSGLYGLYAA162 - 3784 - 220
d_21ens_1LYSLYSSERSERBC162 - 2074 - 49
d_22ens_1GLUGLUPROPROBC216 - 29058 - 132
d_23ens_1SERSERGLYGLYBC297 - 378139 - 220
d_31ens_1LYSLYSSERSEREE162 - 2074 - 49
d_32ens_1GLUGLUSERSEREE216 - 29158 - 133
d_33ens_1ALAALAGLYGLYEE298 - 378140 - 220
d_41ens_1LYSLYSSERSERGG162 - 2074 - 49
d_42ens_1GLUGLUSERSERGG216 - 29158 - 133
d_43ens_1ALAALAGLYGLYGG298 - 378140 - 220
d_11ens_2VALVALSERSERCB2 - 1282 - 131
d_21ens_2VALVALSERSERDD2 - 1282 - 131
d_31ens_2VALVALSERSERFF2 - 1282 - 131
d_41ens_2VALVALSERSERHH2 - 1282 - 131

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.997718933115, -0.0669895395897, -0.00832658928161), (-0.0672482097991, 0.997082411804, 0.0361156801215), (0.0058829229397, 0.0365932460625, -0.999312926745)17.2582267998, -3.82565677823, 61.5689119675
2given(0.841360488626, -0.404431204684, -0.358535812517), (0.407063957051, 0.910566438565, -0.0718866874289), (0.355543897499, -0.0854643881268, 0.930743990211)42.8021423571, -9.55805135475, -14.2656564156
3given(-0.802158524559, 0.466015114446, 0.373325078966), (0.476240654336, 0.876461668001, -0.0707798253938), (-0.360189589848, 0.12101593958, -0.92499654147)-22.309161563, -6.99960758458, 76.4426651998
4given(-0.997688178001, -0.0586009377953, -0.0344126367374), (-0.0590566794899, 0.998177875369, 0.0123789228693), (0.0336245161353, 0.0143826010613, -0.999331042599)18.1042159177, -3.30722000739, 61.563177991
5given(0.818783344445, -0.455529095725, -0.349409613214), (0.454682191435, 0.886118215291, -0.0897697795602), (0.350510969373, -0.085368328306, 0.932659803396)41.185358455, -9.24940574214, -14.2438138255
6given(-0.777396171421, 0.507643120811, 0.371421128308), (0.51162653962, 0.853815684869, -0.0961096260964), (-0.365914575573, 0.115313651254, -0.923476737778)-20.8033156934, -6.71343813289, 75.9644844074

-
要素

#1: タンパク質
2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase / CNP / CNPase


分子量: 24236.875 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Mouse CNPase catalytic domain / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cnp, Cnp1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P16330, 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase
#2: 抗体
Chains: C,D,F,H


分子量: 14361.681 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Anti-CNPase nanobody 10E / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M Na malonate, 20% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 48792 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 78.4 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.55→2.62 Å / 冗長度: 7.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 3546 / CC1/2: 0.335 / Rrim(I) all: 3.496 / % possible all: 0.998

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21rc1_5127精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.55→47.95 Å / SU ML: 0.5623 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 40.225
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3044 2002 4.12 %
Rwork0.2521 46600 -
obs0.2542 48602 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 102.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→47.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10487 0 7 0 10494
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0210744
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.61214530
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07451529
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01281872
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.75823899
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.954295814699
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.31790697938
ens_1d_4AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.44833835973
ens_2d_2BCX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.909642844111
ens_2d_3BCX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.23833881777
ens_2d_4BCX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.15018776883
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.55-2.610.46531390.42993250X-RAY DIFFRACTION98.63
2.61-2.680.49351390.42623267X-RAY DIFFRACTION99.39
2.68-2.760.53061440.42683272X-RAY DIFFRACTION99.56
2.76-2.850.51721440.41053291X-RAY DIFFRACTION99.74
2.85-2.950.37931390.36253304X-RAY DIFFRACTION99.74
2.95-3.070.36681390.31843291X-RAY DIFFRACTION99.62
3.07-3.210.35551410.32013309X-RAY DIFFRACTION99.65
3.21-3.380.35031430.32013329X-RAY DIFFRACTION99.91
3.38-3.590.37821410.27733316X-RAY DIFFRACTION99.65
3.59-3.870.32971400.2753322X-RAY DIFFRACTION99.48
3.87-4.260.26851470.23643341X-RAY DIFFRACTION99.63
4.26-4.880.23611420.19183375X-RAY DIFFRACTION99.97
4.88-6.140.27491460.22033403X-RAY DIFFRACTION99.86
6.14-47.950.25331580.2013530X-RAY DIFFRACTION99.41
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.572078418240.4101475317341.733663678642.619091743671.000046121953.416109679-0.156188281634-0.7049144523510.8128677678670.218436463132-0.01092717397240.251142874484-0.648127493068-0.4154993001820.1811881466280.7622997915240.143416987646-0.02407419864030.638954698883-0.06996557513870.636752453194-20.0794836726-6.4538043339822.1940122899
24.78113336822-0.8104166122252.628369083574.01266331828-3.9307351669.487648878130.117389460847-0.0592622846476-0.457380491907-0.0526155500217-0.0326925154092-0.1511390284281.214293720580.648365585571-0.1248226377480.5702689566190.1380889977260.0623989905350.5470266496530.003857467399880.640971901966-7.45925002889-32.049340946925.8460100639
33.181282402790.369131324659-0.352555592333.175623945320.4819530611045.502436878080.04307888194680.6215989955970.594686619996-0.7900031366340.0430211299023-0.188929747316-2.032943831720.379354347814-0.05258331958311.37000305538-0.2250158455950.08079119467920.7637829280430.04445338319930.64227503137437.3189434161-7.9976386216939.004279956
47.678600826852.107866819523.662467027483.201198959941.938144458459.192041917370.09291976340660.347086603641-0.276000613793-0.0480423036511-0.04213065264350.09782949819290.754108427665-0.507536424209-0.09198152724520.4681360762-0.07798739606150.1304111293360.452542623799-0.07447393642690.65156261654626.5373881033-34.538637045535.0237529026
52.32811671123-0.1809106542350.04867047370883.106370420121.695511740566.677787059850.0667635135543-0.02453294363630.2202864590830.0446007888292-0.165235228330.640641319817-0.746209470333-1.060673293980.1466537147680.6828737351160.1953633049310.073020491310.8329998558960.07816134112650.68649701026220.5393983053-25.44201346460.156974669925
63.89548899346-0.222508519797-0.9021799942494.99863071231-2.802654453269.05241667292-0.121786107712-0.202426904011-0.2192854904490.389108663284-0.0921615509645-0.5261639227021.034517120331.271511147160.2919038796710.7011551739480.134671928702-0.02689827910790.570408153121-0.03708984940730.65104432090740.648764409-43.36316083439.98354021541
73.110799566660.344929990434-0.5643137651041.363004588590.1806743025336.503482371730.07097265619010.120518583280.527222618224-0.4435591603810.222986333877-0.550753062596-0.9130545321461.51953280218-0.2581894868670.642652059913-0.2016846945190.06108638033260.907629430094-0.09233486338060.769656989547-0.910969399555-23.968895113462.0017494517
84.79544043571-0.332460196392-0.01709172242575.415041159691.57592794945.986008407050.3566743398750.424846830318-0.122215203503-0.817301012099-0.164630942410.464160878833-0.0715753259764-0.843320568132-0.1434420861950.570431874037-0.00979853061665-0.1198236047740.5413085185410.01055872082620.690377662508-21.7023416411-40.531622796351.2486931452
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'A' and resid 161 through 378)AA161 - 3781 - 204
22(chain 'C' and resid 2 through 128)CB2 - 1281 - 130
33(chain 'B' and resid 162 through 378)BC162 - 3781 - 205
44(chain 'D' and resid 2 through 128)DD2 - 1281 - 130
55(chain 'E' and resid 161 through 378)EE161 - 3781 - 211
66(chain 'F' and resid 2 through 128)FF2 - 1281 - 130
77(chain 'G' and resid 161 through 378)GG161 - 3781 - 211
88(chain 'H' and resid 1 through 128)HH1 - 1281 - 131

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る