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- PDB-9eth: Complex structure of IL-36R D1-D2 domain with 36R-P192 and BI6551... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9eth
タイトルComplex structure of IL-36R D1-D2 domain with 36R-P192 and BI655130 Fab
要素
  • (BI00655130 Fab ...) x 2
  • ACE-PHE-VAL-GLU-5CW-3PN-TRP-ASP-TYR-VAL-CHG-6G5-SER-GLU-CYS-NH2
  • Interleukin-1 receptor-like 2
キーワードCYTOKINE / Inhibitor / Complex / Fab
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-1, type I, activating receptor activity / Interleukin-36 pathway / interleukin-1 receptor activity / Interleukin-38 signaling / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / positive regulation of T cell differentiation / cellular defense response / positive regulation of interleukin-6 production / regulation of inflammatory response ...interleukin-1, type I, activating receptor activity / Interleukin-36 pathway / interleukin-1 receptor activity / Interleukin-38 signaling / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / positive regulation of T cell differentiation / cellular defense response / positive regulation of interleukin-6 production / regulation of inflammatory response / cell surface receptor signaling pathway / inflammatory response / innate immune response / cell surface / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 receptor type 1 / Interleukin-1 receptor type I/II / Interleukin-1 receptor family / TIR domain / Immunoglobulin domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Immunoglobulin subtype ...Interleukin-1 receptor type 1 / Interleukin-1 receptor type I/II / Interleukin-1 receptor family / TIR domain / Immunoglobulin domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-1 receptor-like 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Scheufler, C. / Wirth, E. / Lehmann, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Discovery of selective low molecular weight interleukin-36 receptor antagonists by encoded library technologies.
著者: Velcicky, J. / Cremosnik, G. / Scheufler, C. / Meier, P. / Wirth, E. / Felber, R. / Ramage, P. / Schaefer, M. / Kaiser, C. / Lehmann, S. / Kutil, R. / Singeisen, S. / Mueller-Ristig, D. / ...著者: Velcicky, J. / Cremosnik, G. / Scheufler, C. / Meier, P. / Wirth, E. / Felber, R. / Ramage, P. / Schaefer, M. / Kaiser, C. / Lehmann, S. / Kutil, R. / Singeisen, S. / Mueller-Ristig, D. / Popp, S. / Cebe, R. / Lehr, P. / Kaupmann, K. / Erbel, P. / Rohn, T.A. / Giovannoni, J. / Dumelin, C.E. / Martiny-Baron, G.
履歴
登録2024年3月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: BI00655130 Fab heavy chain
L: BI00655130 Fab light chain
P: ACE-PHE-VAL-GLU-5CW-3PN-TRP-ASP-TYR-VAL-CHG-6G5-SER-GLU-CYS-NH2
R: Interleukin-1 receptor-like 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,73617
ポリマ－73,0934
非ポリマー2,64313
水2,756153
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11360 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area28820 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)54.64, 175.35, 191.01
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-301-

SO4

21H-304-

NA

-
要素

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体 BI00655130 Fab heavy chain


分子量: 23783.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HELA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK / Variant (発現宿主): 293
#2: 抗体 BI00655130 Fab light chain


分子量: 23638.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HELA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK / Variant (発現宿主): 293

-
タンパク質・ペプチド / タンパク質 , 2種, 2分子 PR

#3: タンパク質・ペプチド ACE-PHE-VAL-GLU-5CW-3PN-TRP-ASP-TYR-VAL-CHG-6G5-SER-GLU-CYS-NH2


分子量: 2044.097 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Cyclic peptide, chemically synthesized, ligand/inhibitor of interest
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: タンパク質 Interleukin-1 receptor-like 2 / IL-36 receptor / IL-36R / Interleukin-1 receptor-related protein 2 / IL-1Rrp2 / IL1R-rp2


分子量: 23626.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal Hexa-Histidine-tag / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL1RL2, IL1RRP2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK
参照: UniProt: Q9HB29, ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase

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糖 , 3種, 3分子

#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1114.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-1/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 163分子

#7: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#10: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Citric acid pH5 3.1 M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 36731 / % possible obs: 88.8 % / 冗長度: 10.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 1.226 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1837 / CC1/2: 0.746 / Rpim(I) all: 0.394 / Rrim(I) all: 1.289 / % possible all: 47

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
autoPROCデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→32.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU R Cruickshank DPI: 0.291 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.292 / SU Rfree Blow DPI: 0.212 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.214
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2373 1781 -RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.2132 36718 88.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 59.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.9174 Å20 Å20 Å2
2--2.4806 Å20 Å2
3----0.5632 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→32.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4904 0 164 153 5221
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0075216HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.947140HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1710SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes868HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5216HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion717SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3913SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.31
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.89
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.33 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 42 -
Rwork0.2714 --
obs0.2728 735 41.14 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.8925-3.5208-4.53510.7921-2.068813.60630.2370.0344-0.29240.03440.1548-0.2218-0.2924-0.2218-0.39170.16760.01560.1446-0.145-0.0237-0.08970.628-34.587742.9917
21.68180.96730.58652.8779-0.09511.5122-0.145-0.02630.2464-0.0263-0.05820.38580.24640.38580.20320.02720.07070.09040.05590.0245-0.174712.26-30.56533.3325
31.0946-1.44850.24641.8439-0.95560.64780.03360.3434-0.16690.3434-0.08020.1709-0.16690.17090.0467-0.008-0.11340.00120.0907-0.0120.01640.37419.585416.5535
42.1101-2.4580.90693.9708-0.82850.9149-0.0464-0.2191-0.0074-0.21910.3234-0.0435-0.0074-0.0435-0.277-0.1452-0.11750.013-0.0380.14760.0809-16.93495.262611.6259
50-0.28060.86890.33510.646400.0032-0.012-0.0606-0.0120.0539-0.0784-0.0606-0.0784-0.05710.60380.0784-0.3040.4197-0.3040.59121.6734-4.333453.0185
601.57822.627400.74481.910.0012-0.1753-0.0085-0.1753-0.0403-0.3769-0.0085-0.37690.03910.17590.0858-0.02090.0360.01620.5835-7.8672-33.198427.1422
74.0255-1.46612.234514.9377-0.278514.0294-0.04590.69990.13950.69990.14830.34940.13950.3494-0.10240.47980.250.1027-0.12070.0783-0.214111.636-47.253549.054
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ P|* }P0 - 15
2X-RAY DIFFRACTION2{ R|21-217 }R21 - 217
3X-RAY DIFFRACTION3{ H|* }H1 - 220
4X-RAY DIFFRACTION4{ L|* }L1 - 212
5X-RAY DIFFRACTION5{ R|301 }R301
6X-RAY DIFFRACTION6{ B|* }B1 - 2
7X-RAY DIFFRACTION7{ C|* }C1 - 6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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