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万見
- PDB-9etd: Crystal structure of recombinant chicken liver Bile Acid Binding ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9etd
タイトルCrystal structure of recombinant chicken liver Bile Acid Binding Protein (cL-BABP) in complex with ursodeoxycholic acid
要素Fatty acid-binding protein, liver
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / fatty acid binding protein / chicken liver bile acid binding protein / recombinant / bile acid / ursodeoxycholic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid transport / fatty acid binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Calycin
類似検索 - ドメイン・相同性
ISO-URSODEOXYCHOLIC ACID / Fatty acid-binding protein, liver
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Tassone, G. / Pozzi, C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2024
タイトル: Exploiting the bile acid binding protein as transporter of a Cholic Acid/Mirin bioconjugate for potential applications in liver cancer therapy.
著者: Tassone, G. / Maramai, S. / Paolino, M. / Lamponi, S. / Poggialini, F. / Dreassi, E. / Petricci, E. / Alcaro, S. / Pozzi, C. / Romeo, I.
履歴
登録2024年3月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid-binding protein, liver
B: Fatty acid-binding protein, liver
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8124
ポリマ－29,0272
非ポリマー7852
水55831
1
A: Fatty acid-binding protein, liver
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9062
ポリマ－14,5141
非ポリマー3931
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Fatty acid-binding protein, liver
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9062
ポリマ－14,5141
非ポリマー3931
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.335, 60.631, 61.672
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Fatty acid-binding protein, liver / Fatty acid-binding protein 1 / Liver basic FABP / LB-FABP / Liver bile acid-binding protein / L- ...Fatty acid-binding protein 1 / Liver basic FABP / LB-FABP / Liver bile acid-binding protein / L-BABP / Liver-type fatty acid-binding protein / L-FABP


分子量: 14513.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: FABP1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P80226
#2: 化合物 ChemComp-IU5 / ISO-URSODEOXYCHOLIC ACID / イソウルソデオキシコ-ル酸


分子量: 392.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.43 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 12% wt/vol PEG-3500 and 100 mM sodium formate, pH 7.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月13日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→61.34 Å / Num. obs: 11971 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 58.6 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.687 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 1755 / CC1/2: 0.892 / Rpim(I) all: 0.273 / Rrim(I) all: 0.74 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→61.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 11.691 / SU ML: 0.273 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.369 / ESU R Free: 0.268 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27956 584 4.9 %RANDOM
Rwork0.22043 ---
obs0.22365 11375 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 62.515 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20.02 Å2
2--0.1 Å2-0 Å2
3----0.06 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.3821 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→61.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1824 0 56 31 1911
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0121912
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5861.6432612
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8065246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.59723.5978
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.93515285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.582157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2289
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021391
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.3796.747993
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.96710.0861236
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.3976.662919
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.05890.3232566
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 64 -
Rwork0.351 812 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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