PDB-9esa: Aurora-C with SER mutation in complex with INCENP peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9esa

タイトル

Aurora-C with SER mutation in complex with INCENP peptide

要素

Aurora kinase C
Inner centromere protein

キーワード

TRANSCRIPTION / surface entropy reduction / SER / KINASE / TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

central element / meiotic spindle midzone / meiotic spindle midzone assembly / positive regulation of mitotic sister chromatid separation / positive regulation of mitotic cytokinesis / metaphase chromosome alignment / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / mitotic spindle midzone assembly / attachment of spindle microtubules to kinetochore / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Hillig, R.C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2024
タイトル: Surface-mutagenesis strategies to enable structural biology crystallization platforms.
著者: Schaefer, M. / Putter, V. / Hilpmann, A. / Egner, U. / Holton, S.J. / Hillig, R.C.

履歴

登録	2024年3月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb9esa.ent.gz		表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9esa_validation.pdf.gz	458.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9esa_full_validation.pdf.gz	459.8 KB	表示
XML形式データ	9esa_validation.xml.gz	25.9 KB	表示
CIF形式データ	9esa_validation.cif.gz	33.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/9esa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/9esa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (6) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (1) #160 - 2013年4月アクチノマイシン (Actinomycin) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (6)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#160 - 2013年4月
アクチノマイシン (Actinomycin)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Aurora kinase C

BBB: Aurora kinase C

CCC: Inner centromere protein

DDD: Inner centromere protein

ヘテロ分子

83.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Aurora kinase C

CCC: Inner centromere protein

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
41.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Aurora kinase C

DDD: Inner centromere protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.280, 79.490, 265.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB
3	2	CCC
4	2	DDD

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	SER	SER	GLN	GLN	AAA	A	32 - 306	26 - 300
2	2	1	SER	SER	GLN	GLN	BBB	B	32 - 306	26 - 300
3	3	2	PRO	PRO	LYS	LYS	CCC	C	841 - 882	8 - 49
4	4	2	PRO	PRO	LYS	LYS	DDD	D	841 - 882	8 - 49

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4

#1: タンパク質	Aurora kinase C / Aurora 3 / Aurora/IPL1-related kinase 3 / ARK-3 / Aurora-related kinase 3 / Aurora/IPL1/Eg2 protein ...Aurora 3 / Aurora/IPL1-related kinase 3 / ARK-3 / Aurora-related kinase 3 / Aurora/IPL1/Eg2 protein 2 / Serine/threonine-protein kinase 13 / Serine/threonine-protein kinase aurora-C 分子量: 34988.336 Da / 分子数: 2 / 変異: R195A, R196A, K197A / 由来タイプ: 組換発現詳細: TRIPPLE SURFACE ENTROPY REDUCTION (SER) MUTATION R195A/R196A/K197A INTRODUCED TO FACILITATE CRYSTALLIZATION. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AURKC, AIE2, AIK3, AIRK3, ARK3, STK13 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9UQB9, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質	Inner centromere protein 分子量: 6857.935 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INCENP 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9NQS7
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.73 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH5.5, 0.025-0.05 M ammonium sulphate, 9-12% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5405 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年4月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5405 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→19.87 Å / Num. obs: 21012 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 6.1
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2057 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
CrystalClear	1.3.6sp3	データ削減
CrystalClear	1.3.6sp3	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.8→19.87 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.886 / SU B: 43.446 / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.433
詳細: Hydrogens have been added in their riding positions.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.294	1075	5.127 %	Random selection
R_work	0.2279	19891	-	-
all	0.231	-	-	-
obs	0.2313	20966	99.252 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.968 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.348 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.312 Å²	-0 Å²
3-	-	-	4.659 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5214	0	4	56	5274

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	5379
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	5222
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.279	1.65	7293
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.052	1.575	12041
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.453	5	639
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.31	20.6	300
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.002	15	956
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.167	15	49
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.048	0.2	676
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5912
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1238
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.19	0.2	1065
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.172	0.2	4664
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.156	0.2	2476
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	2606
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.276	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.21	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.055	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.087	3.604	2553
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.081	3.604	2552
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.054	8.095	3187
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.055	8.097	3188
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.202	3.927	2826
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.201	3.927	2826
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.297	8.619	4104
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.297	8.62	4105
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.902	43.238	5774
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.897	43.222	5772
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.099	0.05	8489
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.097	0.05	1139

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09864	0.05009
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09864	0.05009
2	3	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09734	0.05007
2	4	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09734	0.05007

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.871	0.395	63	0.364	1415	X-RAY DIFFRACTION	99.8649
2.871-2.948	0.402	79	0.318	1435	X-RAY DIFFRACTION	100
2.948-3.032	0.332	69	0.294	1314	X-RAY DIFFRACTION	100
3.032-3.123	0.331	80	0.289	1374	X-RAY DIFFRACTION	100
3.123-3.223	0.221	64	0.238	1254	X-RAY DIFFRACTION	99.9242
3.223-3.333	0.313	70	0.241	1245	X-RAY DIFFRACTION	99.924
3.333-3.455	0.324	70	0.25	1195	X-RAY DIFFRACTION	100
3.455-3.591	0.255	60	0.228	1162	X-RAY DIFFRACTION	99.8366
3.591-3.745	0.315	59	0.244	1126	X-RAY DIFFRACTION	99.4962
3.745-3.921	0.318	63	0.216	1050	X-RAY DIFFRACTION	99.9102
3.921-4.124	0.334	51	0.221	1020	X-RAY DIFFRACTION	99.6279
4.124-4.363	0.22	55	0.204	970	X-RAY DIFFRACTION	99.7082
4.363-4.648	0.231	43	0.182	944	X-RAY DIFFRACTION	99.697
4.648-4.998	0.302	48	0.209	847	X-RAY DIFFRACTION	99.8884
4.998-5.441	0.392	49	0.238	788	X-RAY DIFFRACTION	99.4062
5.441-6.027	0.266	46	0.232	723	X-RAY DIFFRACTION	99.354
6.027-6.855	0.315	41	0.216	651	X-RAY DIFFRACTION	98.8571
6.855-8.156	0.24	32	0.19	579	X-RAY DIFFRACTION	98.3897
8.156-10.671	0.199	16	0.175	466	X-RAY DIFFRACTION	96.7871
10.671-19.87	0.239	17	0.209	333	X-RAY DIFFRACTION	94.851

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4097	1.2033	-0.2203	3.8749	1.0157	6.9037	-0.0415	-0.2747	0.3991	0.5175	0.0861	-0.0891	-0.1369	-0.0793	-0.0447	0.2244	0.0957	-0.0438	0.382	-0.0467	0.0482	-0.745	-18.635	-39.87
2	3.9912	-0.2158	1.0078	1.8599	0.211	3.6092	0.0838	0.1595	0.2166	0.1379	-0.0089	-0.2995	0.0759	0.5806	-0.0749	0.2807	0.0308	-0.0192	0.6014	0.0049	0.0591	20.248	-27.627	-53.598
3	3.9198	0.9346	0.7264	4.7184	-0.4094	5.8812	0.0507	0.5819	-0.062	-0.2934	-0.0206	0.4619	-0.1663	-0.1971	-0.0301	0.2219	0.087	-0.0493	0.4968	-0.0499	0.0537	-21.096	0.728	-26.45
4	1.3962	-0.3475	0.5342	4.4769	0.9596	3.5035	0.0058	0.0427	-0.2734	0.2187	0.0415	0.2146	0.6394	0.1032	-0.0473	0.4098	0.0312	0.0206	0.5392	0.0027	0.0591	-12.03	-20.396	-12.616
5	3.2704	0.6544	1.8035	1.187	1.2427	6.9676	-0.2187	-0.0414	0.4486	0.2174	0.0818	0.252	0.0587	-0.2482	0.1369	0.1724	0.061	-0.0006	0.5407	-0.0251	0.1033	-6.191	-20.891	-45.255
6	2.3197	1.2351	2.1927	4.943	0.9365	6.0555	-0.0708	0.2452	0.065	-0.0734	-0.1054	0.365	-0.5992	0.0113	0.1762	0.2412	0.1247	-0.0162	0.439	-0.0242	0.0322	-19.054	6.036	-21.277

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	32 - 123
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	AAA	124 - 306
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	BBB	32 - 123
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	BBB	124 - 306
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	CCC	841 - 883
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	DDD	841 - 884

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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万見 (Yorodumi)