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- PDB-9erv: Structure of Salmonella CapRel bound to Bas11 Gp54 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9erv
タイトルStructure of Salmonella CapRel bound to Bas11 Gp54
要素
  • GP54
  • RelA/SpoT family protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / tRNA pyrophosphokinase / activated enzyme complex
機能・相同性ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
機能・相同性情報
生物種Salmonella (サルモネラ菌)
Bacteriophage sp. (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.253 Å
データ登録者Garcia-Pino, A.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)864311European Union
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: A bacterial immunity protein directly senses two disparate phage proteins.
著者: Zhang, T. / Cepauskas, A. / Nadieina, A. / Thureau, A. / Coppieters 't Wallant, K. / Martens, C. / Lim, D.C. / Garcia-Pino, A. / Laub, M.T.
履歴
登録2024年3月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref / struct_ref_seq
Item: _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name ..._struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.22024年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RelA/SpoT family protein
B: GP54
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3286
ポリマ－51,6812
非ポリマー6474
水6,377354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4680 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area19630 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)49.695, 103.264, 209.235
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 RelA/SpoT family protein


分子量: 42710.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Salmonella (サルモネラ菌) / 遺伝子: J46_0058
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: タンパク質 GP54


分子量: 8971.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacteriophage sp. (ファージ)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)

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非ポリマー , 5種, 358分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 25% PEG 1500 / PH範囲: 7.5-8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50.13 Å / Num. obs: 22597 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 34.69 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.27 / Rpim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.25→2.36 Å / Num. unique obs: 1611 / CC1/2: 0.29

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (24-FEB-2021)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.253→50.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU R Cruickshank DPI: 0.297 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.345 / SU Rfree Blow DPI: 0.235 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.226
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 1127 4.99 %RANDOM
Rwork0.1988 ---
obs0.2011 22597 86.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 32.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.8625 Å20 Å20 Å2
2--2.2246 Å20 Å2
3----0.3621 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.253→50.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3097 0 39 353 3489
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0083187HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.924288HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1175SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes537HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3182HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.02
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.23
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion421SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2618SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.253→2.29 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3598 -3.54 %
Rwork0.2879 436 -
obs--40.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0210.30570.06660.34120.0280.3952-0.00290.03310.0139-0.0210.01650.0101-0.01490.0074-0.0136-0.05010.00930.0004-0.0248-0.0147-0.040111.437372.395184.0008
23.2254-0.3677-0.30691.93491.33616.93380.0161-0.042-0.10050.04820.1333-0.11150.5420.2764-0.1494-0.0888-0.0069-0.0116-0.0468-0.0014-0.19491.347459.153265.7593
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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