PDB-9erg: Uhgb_MS mannoside synthase from an unknown human gut bacterium in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9erg

タイトル

Uhgb_MS mannoside synthase from an unknown human gut bacterium in complex with Mannose-1-Phosphate

要素

Uhgb_MS mannoside synthase from an unknown human gut bacterium

キーワード

CARBOHYDRATE / Carbohydrate methabolism / Carbohydrate assimilation / carbohydrate processing / Inflammatory bowel bisease

機能・相同性

1-O-phosphono-alpha-D-mannopyranose

機能・相同性情報

生物種

metagenome (メタゲノム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Cioci, G. / Ladeveze, S. / Potocki-Veronese, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure-function studies of novel bacterial mannoside synthase
著者: Cioci, G. / Ladeveze, S.

履歴

登録	2024年3月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年10月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9erg.cif.gz	370.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9erg.ent.gz	231.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9erg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9erg_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9erg_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9erg_validation.xml.gz	32.7 KB	表示
CIF形式データ	9erg_validation.cif.gz	45 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/9erg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/9erg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9eqqC 9erhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uhgb_MS mannoside synthase from an unknown human gut bacterium

B: Uhgb_MS mannoside synthase from an unknown human gut bacterium

ヘテロ分子

79.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, dimer

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.534, 83.368, 73.206
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.352, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 346 / Label seq-ID: 1 - 346

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質

Uhgb_MS mannoside synthase from an unknown human gut bacterium

分子量: 39295.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)

#2: 糖

ChemComp-M1P / 1-O-phosphono-alpha-D-mannopyranose / ALPHA-D-MANNOSE 1-PHOSPHATE / 1-O-phosphono-alpha-D-mannose / 1-O-phosphono-D-mannose / 1-O-phosphono-mannose

タイプ: D-saccharide / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.93 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979261 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979261 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→48.7 Å / Num. obs: 40738 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 7.1
反射シェル	解像度: 2.1→2.21 Å / R_merge(I) obs: 0.707 / Num. unique obs: 3664

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→45.184 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / WR_factor R_free: 0.196 / WR_factor R_work: 0.164 / SU B: 10.913 / SU ML: 0.139 / Average fsc free: 0.9628 / Average fsc work: 0.9732 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.232 / ESU R Free: 0.175 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2093	2073	5.091 %
R_work	0.1754	38643	-
all	0.177	-	-
obs	-	40716	96.522 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.547 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.772 Å²	-0 Å²	-1.07 Å²
2-	-	0.126 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.231 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→45.184 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5441	0	32	318	5791

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	5611
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5161
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.312	1.822	7616
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.46	1.757	11958
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.257	5	689
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.197	5	22
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.526	10	920
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.086	10	256
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	826
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6515
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1229
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.184	0.2	815
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	4620
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	2572
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	2722
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	262
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.111	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.211	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.647	2.701	2768
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.647	2.701	2768
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.509	4.85	3453
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.509	4.85	3454
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.228	2.93	2843
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.228	2.93	2844
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.594	5.285	4163
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.594	5.285	4164
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.163	27.148	5784
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.128	26.714	5731
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.077	0.05	10867

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07696	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07696	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.1-2.154	0.33	116	0.315	2220	0.316	3113	0.923	0.934	75.0402	0.311
2.154-2.213	0.33	130	0.286	2464	0.288	3017	0.925	0.944	85.9794	0.275
2.213-2.277	0.299	156	0.283	2589	0.284	2919	0.939	0.945	94.0391	0.268
2.277-2.347	0.298	127	0.243	2694	0.245	2838	0.942	0.96	99.401	0.221
2.347-2.424	0.233	149	0.207	2636	0.209	2792	0.962	0.971	99.7493	0.187
2.424-2.509	0.265	151	0.196	2506	0.199	2662	0.962	0.977	99.8122	0.174
2.509-2.603	0.276	127	0.191	2480	0.195	2615	0.961	0.979	99.6941	0.171
2.603-2.709	0.229	120	0.176	2356	0.178	2485	0.972	0.982	99.6378	0.157
2.709-2.829	0.237	115	0.172	2257	0.175	2378	0.971	0.984	99.7477	0.157
2.829-2.967	0.191	108	0.173	2176	0.174	2288	0.975	0.982	99.8252	0.159
2.967-3.126	0.218	105	0.174	2062	0.176	2174	0.972	0.982	99.678	0.162
3.126-3.315	0.192	103	0.182	1965	0.183	2069	0.973	0.982	99.9517	0.173
3.315-3.543	0.212	96	0.178	1828	0.18	1928	0.978	0.984	99.7925	0.171
3.543-3.824	0.187	93	0.168	1712	0.169	1807	0.979	0.986	99.8893	0.164
3.824-4.186	0.171	84	0.138	1598	0.14	1684	0.984	0.99	99.8812	0.139
4.186-4.676	0.144	79	0.119	1411	0.12	1498	0.988	0.992	99.466	0.122
4.676-5.389	0.18	76	0.128	1264	0.131	1340	0.983	0.992	100	0.133
5.389-6.577	0.211	62	0.167	1082	0.169	1145	0.983	0.988	99.9127	0.172
6.577-9.205	0.174	49	0.161	849	0.162	903	0.981	0.986	99.4463	0.166
9.205-45.184	0.209	27	0.186	494	0.187	523	0.989	0.982	99.6176	0.2

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2534	-0.4861	-0.4217	2.1145	-0.1239	1.9728	-0.0294	-0.0671	-0.0722	0.1548	0.0453	-0.3693	0.0813	0.3027	-0.0159	0.0215	0.0237	-0.0375	0.0553	-0.0208	0.0952	15.5096	-10.9413	16.8143
2	1.5236	-0.1512	-0.2559	1.5579	0.1687	1.138	0.0084	-0.0895	0.1165	0.1422	0.0299	-0.0585	-0.1698	0.0999	-0.0383	0.0567	-0.0105	-0.0197	0.0122	-0.0114	0.0369	3.8062	22.9803	19.9413

精密化 TLSグループ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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