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万見
- PDB-9er3: Cyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1 E155R variant with a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9er3
タイトルCyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1 E155R variant with altered helical twist.
要素Cyanide dihydratase
キーワードHYDROLASE / Left-handed helix.
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrilase activity / detoxification of nitrogen compound / nitrile hydratase activity
類似検索 - 分子機能
Nitrilase/Cyanide hydratase / Nitrilases / cyanide hydratase signature 1. / Nitrilase/cyanide hydratase, conserved site / Carbon-nitrogen hydrolase superfamily / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase domain profile. / Carbon-nitrogen hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyanide dihydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus pumilus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Dlamini, L.S. / Woodward, J.D. / Sewell, B.T.
資金援助 南アフリカ, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation in South Africa 南アフリカ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1 E155R variant with altered helical twist
著者: Dlamini, L.S. / Woodward, J.D. / Sewell, B.T.
履歴
登録2024年3月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
S: Cyanide dihydratase
H: Cyanide dihydratase
L: Cyanide dihydratase
B: Cyanide dihydratase
A: Cyanide dihydratase
D: Cyanide dihydratase
M: Cyanide dihydratase
F: Cyanide dihydratase
G: Cyanide dihydratase
K: Cyanide dihydratase
I: Cyanide dihydratase
C: Cyanide dihydratase
N: Cyanide dihydratase
E: Cyanide dihydratase
O: Cyanide dihydratase
P: Cyanide dihydratase
J: Cyanide dihydratase
R: Cyanide dihydratase
T: Cyanide dihydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)687,77619
ポリマ－687,77619
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Cyanide dihydratase


分子量: 36198.730 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus pumilus (バクテリア) / 遺伝子: cynD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8GGL4

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1 E155R variant with altered helical twist.
タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.703 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Bacillus pumilus (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 50 mM NaCL, 50 mM Tris-HCl
緩衝液成分濃度: 50 mM / 名称: Tris-(hydroxymethyl) aminomethane / 式: Tris-HCl
試料濃度: 1.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2.04 sec. / 電子線照射量: 1 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 31418

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1RELION4.0.1粒子像選択
2EPU3.5.1画像取得
4RELION4.0.1CTF補正
7PHENIX1.2105207モデルフィッティング
10RELION4.0.1最終オイラー角割当
12RELION4.0.1３次元再構成
13PHENIX1.2105207モデル精密化real space refine
14UCSF ChimeraX1.6.1モデル精密化ISOLDE plugin
15Coot0.9.8.1モデル精密化Real space refine and rotamer fitting
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2387974
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 200866 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 50 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 101.248 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
原子モデル構築詳細: The initial model was built ab initio using the map and amino acid sequence.
Source name: Other / タイプ: other
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00549685
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.52767469
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.1776662
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0437087
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0058816

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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