PDB-9eqq: Uhgb_MS mannoside synthase from an unknown human gut bacterium in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9eqq

タイトル

Uhgb_MS mannoside synthase from an unknown human gut bacterium in complex with Mannose

要素

Uhgb_MS mannoside synthase from an unknown human gut bacterium

キーワード

CARBOHYDRATE / Carbohydrate methabolism / Carbohydrate assimilation / carbohydrate processing / Inflammatory bowel bisease

機能・相同性

alpha-D-mannopyranose

機能・相同性情報

生物種

metagenome (メタゲノム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Cioci, G. / Ladeveze, S. / Potocki-Veronese, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure-function studies of novel bacterial mannoside synthase
著者: Cioci, G. / Ladeveze, S.

履歴

登録	2024年3月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年10月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9eqq.cif.gz	89.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9eqq.ent.gz	64.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9eqq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9eqq_validation.pdf.gz	830.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9eqq_full_validation.pdf.gz	830.8 KB	表示
XML形式データ	9eqq_validation.xml.gz	18.3 KB	表示
CIF形式データ	9eqq_validation.cif.gz	25.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/9eqq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/9eqq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9ergC 9erhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uhgb_MS mannoside synthase from an unknown human gut bacterium

ヘテロ分子

39.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	176.629, 176.629, 83.539
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-575- HOH
2	1	A-584- HOH
3	1	A-648- HOH
4	1	A-656- HOH
5	1	A-660- HOH

#1: タンパク質

Uhgb_MS mannoside synthase from an unknown human gut bacterium

分子量: 39182.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)

#2: 糖

ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL

分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.38 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Calcium acetate, 0.1 M Imidazole pH 8.0, 20 %PEG 1000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978565 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月10日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978565 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→47.586 Å / Num. obs: 1030781 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 40.3 % / R_merge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 4.8
反射シェル	解像度: 2.55→2.69 Å / R_merge(I) obs: 0.718 / Num. unique obs: 3653

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.55→47.586 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 5.796 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.224 / ESU R Free: 0.186 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2067	1278	5.007 %
R_work	0.1795	24246	-
all	0.181	-	-
obs	-	25524	99.969 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.848 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.041 Å²	0.021 Å²	0 Å²
2-	-	0.041 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.134 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→47.586 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2733	0	16	160	2909

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	2820
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2587
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.392	1.822	3825
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.48	1.755	5989
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.675	5	346
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.089	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.441	10	460
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.744	10	131
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	411
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3293
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	631
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.185	0.2	462
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	2370
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	1321
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	1457
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	141
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.032	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.084	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.131	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.124	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.54	6.143	1387
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.537	6.143	1387
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.45	11.028	1732
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.449	11.03	1733
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.936	6.569	1433
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.934	6.568	1434
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.558	11.88	2093
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.556	11.879	2094
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.56	56.27	2998
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.575	56.238	2971

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	WR_factor R_work
2.55-2.616	0.311	85	0.26	1762	0.263	1847	0.954	0.969	0.227
2.616-2.688	0.33	95	0.246	1704	0.25	1799	0.947	0.974	0.213
2.688-2.765	0.274	89	0.223	1669	0.226	1758	0.959	0.975	0.193
2.765-2.85	0.269	85	0.214	1608	0.217	1693	0.959	0.975	0.185
2.85-2.943	0.242	95	0.197	1551	0.199	1646	0.965	0.977	0.172
2.943-3.046	0.269	78	0.206	1538	0.209	1616	0.959	0.973	0.185
3.046-3.16	0.231	87	0.207	1460	0.208	1547	0.967	0.973	0.191
3.16-3.289	0.233	77	0.216	1402	0.217	1479	0.97	0.972	0.203
3.289-3.434	0.242	82	0.21	1362	0.212	1444	0.966	0.974	0.202
3.434-3.601	0.273	72	0.222	1314	0.225	1386	0.952	0.972	0.216
3.601-3.795	0.199	49	0.189	1261	0.189	1310	0.975	0.981	0.186
3.795-4.023	0.164	70	0.168	1174	0.168	1244	0.985	0.986	0.17
4.023-4.299	0.162	44	0.147	1134	0.148	1178	0.982	0.988	0.153
4.299-4.64	0.147	61	0.133	1050	0.134	1111	0.987	0.99	0.144
4.64-5.078	0.185	32	0.128	975	0.13	1007	0.983	0.99	0.139
5.078-5.67	0.176	50	0.146	895	0.147	945	0.981	0.988	0.161
5.67-6.531	0.17	42	0.138	797	0.14	839	0.984	0.989	0.15
6.531-7.962	0.155	30	0.157	685	0.157	715	0.984	0.985	0.171
7.962-11.105	0.204	34	0.162	551	0.164	585	0.975	0.985	0.187
11.105-47.586	0.228	21	0.276	354	0.273	375	0.978	0.938	0.299

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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