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- PDB-9eqn: N-terminal domain of Infectious Bursal Disease Virus (IBDV) VP3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9eqn
タイトルN-terminal domain of Infectious Bursal Disease Virus (IBDV) VP3
要素Structural polyprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / dsRNA binding protein / Birnavirus / IBDV
機能・相同性
機能・相同性情報


T=13 icosahedral viral capsid / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / host cell cytoplasm / structural molecule activity / proteolysis / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Birnavirus VP3, domain 2 / Birnavirus VP3, domain 1 / Birnavirus VP2 protein / Birnavirus VP3 protein / Birnavirus VP4 protease domain / Birnavirus VP2 protein / Birnavirus VP3 protein / Birnavirus VP4 protein / Birnavirus VP4 protease domain profile. / Viral coat protein subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOL / Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Infectious bursal disease virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Ferrero, D.S. / Verdaguer, N.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2020-117976GB-I00 スペイン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the amino terminal domain of the Birnaviral multifunctional VP3 protein and its unexplored critical role
著者: Ferrero, D.S. / Verdaguer, N.
履歴
登録2024年3月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Structural polyprotein
B: Structural polyprotein
C: Structural polyprotein
D: Structural polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2756
ポリマ－33,1374
非ポリマー1382
水4,035224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3920 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area7530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.670, 55.761, 52.894
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Structural polyprotein / PP


分子量: 8284.283 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Infectious bursal disease virus (ウイルス)
プラスミド: pREST-C / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P61825
#2: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.89 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.5M NaCl, 0.1M Sodium Acetate pH4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→45.7 Å / Num. obs: 43928 / % possible obs: 94.94 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 15.13 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.08931 / Rpim(I) all: 0.03561 / Rrim(I) all: 0.09636 / Net I/σ(I): 13.19
反射 シェル解像度: 1.46→1.49 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.8215 / Mean I/σ(I) obs: 1.46 / Num. unique obs: 1925 / CC1/2: 0.517 / Rpim(I) all: 0.4776 / Rrim(I) all: 0.9567 / % possible all: 62.72

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_4788: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
Arcimboldo位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.46→45.7 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2084 2162 4.92 %Random selection
Rwork0.1747 ---
obs0.1764 43928 94.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.46→45.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2155 0 0 224 2379
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.993
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.67804
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067332
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007410
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.46-1.490.28711040.23591821X-RAY DIFFRACTION63
1.49-1.530.26411070.21522196X-RAY DIFFRACTION75
1.53-1.570.2621460.20622615X-RAY DIFFRACTION89
1.57-1.620.2511220.19382863X-RAY DIFFRACTION98
1.62-1.670.18461390.17452901X-RAY DIFFRACTION99
1.67-1.730.24221420.16032921X-RAY DIFFRACTION100
1.73-1.80.22781560.16432908X-RAY DIFFRACTION100
1.8-1.880.20611420.16112944X-RAY DIFFRACTION100
1.88-1.980.22391530.17122905X-RAY DIFFRACTION100
1.98-2.110.24061700.16462919X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.270.17691650.15662910X-RAY DIFFRACTION100
2.27-2.50.16711860.15212911X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.860.19941490.16842957X-RAY DIFFRACTION100
2.86-3.60.19671300.17452973X-RAY DIFFRACTION100
3.6-45.70.21981510.19423022X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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