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- PDB-9eqg: CryoEM structure of human full-length alpha1beta3gamma2L GABA(A)R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9eqg
タイトルCryoEM structure of human full-length alpha1beta3gamma2L GABA(A)R in complex with GABA and puerarin
要素(Gamma-aminobutyric acid receptor subunit ...) x 3
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GABA(A) receptor / Inhibitory synapse / GABA / Puerarin / Fat regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


benzodiazepine receptor activity / circadian sleep/wake cycle, REM sleep / reproductive behavior / GABA receptor complex / hard palate development / cellular response to histamine / GABA receptor activation / inner ear receptor cell development / inhibitory synapse assembly / GABA-A receptor activity ...benzodiazepine receptor activity / circadian sleep/wake cycle, REM sleep / reproductive behavior / GABA receptor complex / hard palate development / cellular response to histamine / GABA receptor activation / inner ear receptor cell development / inhibitory synapse assembly / GABA-A receptor activity / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor complex / innervation / response to anesthetic / postsynaptic specialization membrane / inhibitory postsynaptic potential / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / synaptic transmission, GABAergic / cellular response to zinc ion / exploration behavior / chloride channel activity / motor behavior / adult behavior / roof of mouth development / Signaling by ERBB4 / cochlea development / social behavior / chloride channel complex / dendrite membrane / cytoplasmic vesicle membrane / chloride transmembrane transport / cerebellum development / post-embryonic development / learning / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / GABA-ergic synapse / memory / dendritic spine / postsynaptic membrane / postsynapse / response to xenobiotic stimulus / axon / cell surface / signal transduction / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Gamma-aminobutyric-acid A receptor, gamma 2 subunit / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-1/4 / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha 1 subunit / : / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha subunit / : / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, beta subunit / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. ...Gamma-aminobutyric-acid A receptor, gamma 2 subunit / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-1/4 / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha 1 subunit / : / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha subunit / : / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, beta subunit / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / DECANE / HEXANE / Chem-PGW / PALMITIC ACID / Chem-PT5 / 1,2-DILAUROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / HEXADECANE / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1 ...: / GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / DECANE / HEXANE / Chem-PGW / PALMITIC ACID / Chem-PT5 / 1,2-DILAUROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / HEXADECANE / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1 / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2 / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kasaragod, V.B. / Aricescu, A.R.
資金援助 英国, European Union, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/15 英国
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF137-2019European Union
H2020 Marie Curie Actions of the European CommissionGABAARComp-897707European Union
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: A brain-to-gut signal controls intestinal fat absorption.
著者: Qianqian Lyu / Wenzhi Xue / Ruixin Liu / Qinyun Ma / Vikram Babu Kasaragod / Shan Sun / Qian Li / Yanru Chen / Mingyang Yuan / Yuying Yang / Bing Zhang / Aifang Nie / Sheng Jia / Chongrong ...著者: Qianqian Lyu / Wenzhi Xue / Ruixin Liu / Qinyun Ma / Vikram Babu Kasaragod / Shan Sun / Qian Li / Yanru Chen / Mingyang Yuan / Yuying Yang / Bing Zhang / Aifang Nie / Sheng Jia / Chongrong Shen / Po Gao / Weifang Rong / Chenxi Yu / Yufang Bi / Chunlei Zhang / Fajun Nan / Guang Ning / Zihe Rao / Xiuna Yang / Jiqiu Wang / Weiqing Wang /
要旨: Although fat is a crucial source of energy in diets, excessive intake leads to obesity. Fat absorption in the gut is prevailingly thought to occur organ-autonomously by diffusion. Whether the ...Although fat is a crucial source of energy in diets, excessive intake leads to obesity. Fat absorption in the gut is prevailingly thought to occur organ-autonomously by diffusion. Whether the process is controlled by the brain-to-gut axis, however, remains largely unknown. Here we demonstrate that the dorsal motor nucleus of vagus (DMV) plays a key part in this process. Inactivation of DMV neurons reduces intestinal fat absorption and consequently causes weight loss, whereas activation of the DMV increases fat absorption and weight gain. Notably, the inactivation of a subpopulation of DMV neurons that project to the jejunum shortens the length of microvilli, thereby reducing fat absorption. Moreover, we identify a natural compound, puerarin, that mimics the suppression of the DMV-vagus pathway, which in turn leads to reduced fat absorption. Photoaffinity chemical methods and cryogenic electron microscopy of the structure of a GABA receptor-puerarin complex reveal that puerarin binds to an allosteric modulatory site. Notably, conditional Gabra1 knockout in the DMV largely abolishes puerarin-induced intestinal fat loss. In summary, we discover that suppression of the DMV-vagus-jejunum axis controls intestinal fat absorption by shortening the length of microvilli and illustrate the therapeutic potential of puerarin binding to GABRA1 in fat loss.
履歴
登録2024年3月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1
B: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3
C: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2
D: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1
E: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)286,63652
ポリマ－271,1165
非ポリマー15,52047
水4,648258
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

-
Gamma-aminobutyric acid receptor subunit ... , 3種, 5分子 ADBEC

#1: タンパク質 Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1 / GABA(A) receptor subunit alpha-1


分子量: 52916.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABRA1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P14867
#2: タンパク質 Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3 / GABA(A) receptor subunit beta-3


分子量: 54180.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABRB3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P28472
#3: タンパク質 Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2 / GABA(A) receptor subunit gamma-2


分子量: 56922.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABRG2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18507

-
糖 , 4種, 7分子

#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1721.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,10,9/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1_g3-h1_g6-i1_i2-j1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#15: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 11種, 298分子

#7: 化合物 ChemComp-PGW / (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Palmitoyl-2-Oleoyl-sn-Glycero-3-[Phospho-(1-glycerol)] / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / POPG


分子量: 749.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C40H77O10P / コメント: リン脂質*YM
#8: 化合物
ChemComp-D10 / DECANE / デカン


分子量: 142.282 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C10H22
#9: 化合物
ChemComp-HEX / HEXANE / ヘキサン


分子量: 86.175 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14
#10: 化合物 ChemComp-PT5 / [(2R)-1-octadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phospho ryl]oxy-propan-2-yl] (8Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate / PtdIns(4,5)P2


分子量: 1047.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C47H85O19P3 / コメント: リン脂質*YM
#11: 化合物
ChemComp-R16 / HEXADECANE / ヘキサデカン


分子量: 226.441 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C16H34
#12: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C16H32O2
#13: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Cl
#14: 化合物 ChemComp-ABU / GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / GAMMA(AMINO)-BUTYRIC ACID / GABA


分子量: 103.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C4H9NO2
#16: 化合物 ChemComp-A1H6W / Puerarin / Daidzein-8-C-glucoside / Kakonein / 8-[(2S,3R,4R,5S,6R)-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]-3-(4-hydroxyphenyl)-7-oxidanyl-chromen-4-one


分子量: 416.378 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C21H20O9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#17: 化合物 ChemComp-PX2 / 1,2-DILAUROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE


分子量: 535.671 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C27H52O8P
#18: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CryoEM structure of human full-length alpha1beta3gamma2L GABA(A)R in complex with GABA and puerarin
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.25 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293S
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 15 mM Hepes pH 7.4, 100 mM NaCl
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
115 mM4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acidHepes1
2100 mMsodium chlorideNaCl1
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 287 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 96000 X / 倍率（補正後）: 96000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Calibrated defocus min: 500 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 84 K / 最低温度: 84 K
撮影平均露光時間: 4.19 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8747
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Warp1.0.9粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7PHENIX1.19.2モデルフィッティング
9PHENIX1.19.2モデル精密化
10cryoSPARC4.4初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.4最終オイラー角割当
13cryoSPARC4.4３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1932720
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 122065 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 10 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: FSC at 0.5 / 詳細: Real space refinement with ADP correction.
原子モデル構築PDB-ID: 6HUP

6hup


Accession code: 6HUP / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00315548
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.73220978
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.5332719
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0922392
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042507

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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