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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9eq3 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of IgE HMM5 bound to FceRIa cryo-EM class 8 | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / IgE / Fc receptor / allergy / antibody | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 high-affinity IgE receptor activity / type I hypersensitivity / eosinophil degranulation / IgE binding / type 2 immune response / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / mast cell degranulation / immunoglobulin mediated immune response / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / FCERI mediated Ca+2 mobilization ...high-affinity IgE receptor activity / type I hypersensitivity / eosinophil degranulation / IgE binding / type 2 immune response / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / mast cell degranulation / immunoglobulin mediated immune response / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCERI mediated MAPK activation / FCERI mediated NF-kB activation / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / cell surface / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.9 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Andersen, G.R. / Jensen, R.K. | ||||||||||||
資金援助 | デンマーク, 3件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Structure of IgE HMM5 bound to FceRIa cryo-EM class 8 著者: Andersen, G.R. / Jensen, R.K. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9eq3.cif.gz | 309.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9eq3.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 9eq3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9eq3_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9eq3_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 9eq3_validation.xml.gz | 60.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9eq3_validation.cif.gz | 88.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/9eq3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/9eq3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 19895MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 3分子 HXR
#1: タンパク質 | 分子量: 60203.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: タンパク質 | | 分子量: 19880.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FCER1A, FCE1A / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P12319 |
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-抗体 , 1種, 2分子 LY
#2: 抗体 | 分子量: 23384.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-糖 , 5種, 17分子
#4: 多糖 | #5: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #6: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #7: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #8: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: complex of IgE HMM5 and the ectodomain of FceRIa / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.21 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
撮影 | 電子線照射量: 59.16 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 6.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 19161 / 対称性のタイプ: POINT |