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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9epx | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human Casein Kinase II subunit alpha (CK2a1) in complex with allosteric ligand FGC3331 | ||||||
![]() | Casein kinase II subunit alpha | ||||||
![]() | TRANSFERASE / CK2 / Kinase / Chemical / allosteric Inhibitor | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / WNT mediated activation of DVL / Condensation of Prometaphase Chromosomes / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Synthesis of PC / Sin3-type complex / Maturation of hRSV A proteins ...regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / WNT mediated activation of DVL / Condensation of Prometaphase Chromosomes / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Synthesis of PC / Sin3-type complex / Maturation of hRSV A proteins / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / negative regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / chaperone-mediated protein folding / Signal transduction by L1 / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / peptidyl-threonine phosphorylation / Hsp90 protein binding / PML body / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / positive regulation of protein catabolic process / rhythmic process / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / KEAP1-NFE2L2 pathway / double-strand break repair / kinase activity / peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of cell growth / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein stabilization / regulation of cell cycle / non-specific serine/threonine protein kinase / negative regulation of translation / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cell population proliferation / DNA damage response / apoptotic process / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kraemer, A. / Greco, F. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of human Casein Kinase II subunit alpha (CK2a1) in complex with allosteric ligand FGC3331 著者: Kraemer, A. / Greco, F. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 287.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40327.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P68400, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-EDO / | #4: 化合物 | 分子量: 572.569 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H27Cl2N3O2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.04 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M bis-tris pH 5.5 23-26% (v/v) PEG 3350 0.2 M ammonia sulphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.000031 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→45.31 Å / Num. obs: 32423 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.72 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 3903 / CC1/2: 0.672 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.748 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.6→45.31 Å
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拘束条件 |
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