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万見
- PDB-9ep9: NMR solution structure of lipid transfer protei Sola l7 from toma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ep9
タイトルNMR solution structure of lipid transfer protei Sola l7 from tomato seeds
要素Non-specific lipid-transfer protein
キーワードALLERGEN / Lipid transfer protein fatty acids
機能・相同性Plant lipid transfer proteins signature. / Plant non-specific lipid-transfer protein/Par allergen / Protease inhibitor/seed storage/LTP family / Plant lipid transfer protein / seed storage protein / trypsin-alpha amylase inhibitor domain family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / lipid transport / lipid binding / Non-specific lipid-transfer protein
機能・相同性情報
生物種Solanum lycopersicum (トマト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Parron-Ballesteros, J. / Mantin-Pedraz, L. / G.Gordo, R. / Mayorga, C. / Villaba, M. / Batanero, E. / Pantoja-Uceda, D. / Turnay, J.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN) スペイン
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Long-chain fatty acids block allergic reaction against lipid transfer protein Sola l 7 from tomato seeds.
著者: Parron-Ballesteros, J. / Martin-Pedraza, L. / Gordo, R.G. / Mayorga, C. / Pastor-Vargas, C. / Titaux-Delgado, G.A. / Villalba, M. / Batanero, E. / Pantoja-Uceda, D. / Turnay, J.
履歴
登録2024年3月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-specific lipid-transfer protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4541
ポリマ－9,4541
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Non-specific lipid-transfer protein


分子量: 9453.610 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum lycopersicum (トマト) / 遺伝子: 101259287 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: A0A3Q7EJP1
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic12D 1H-1H TOCSY
122isotropic12D 1H-1H NOESY
133isotropic12D 1H-1H TOCSY
143isotropic12D 1H-1H NOESY
151isotropic12D 1H-15N HSQC
161isotropic12D 1H-13C HSQC
171isotropic13D HNCO
181isotropic13D HNCOi
191isotropic13D HNCA
1101isotropic13D HNCAi
1111isotropic13D CBCA(CO)NH
1121isotropic13D HN(CA)CB
1131isotropic13D H(CCO)NH
1141isotropic13D (H)CC(CO)NH
1151isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1161isotropic13D HC(C)-TOCSY
1171isotropic13D H(NCOCA)NH
1181isotropic13D (H)N(COCA)NH

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution10.7 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] rSolal7, 1 % NA DSS, 90% H2O/10% D2Orecombinant15N_13C_sample90% H2O/10% D2O
solution20.7 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] rSolal7, 1 % NA DSS, 90% H2O/10% D2Orecombinant1H_sample90% H2O/10% D2O
solution30.7 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] rSolal7, 1 % NA DSS, 100% D2Orecombinant1H_sample100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.7 mMrSolal7[U-100% 13C; U-100% 15N]1
1 %DSSNA1
0.7 mMrSolal7[U-100% 13C; U-100% 15N]2
1 %DSSNA2
0.7 mMrSolal7[U-100% 13C; U-100% 15N]3
1 %DSSNA3
試料状態イオン強度: NA Not defined / Label: conditions_1 / pH: 5.5 / 圧: NA atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz / 詳細: TCI cryoprobe

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardデータ解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
TALOS+Yang Shen, Frank Delaglio, Gabriel Cornilescu & Ad Baxデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
PyMOLSchrodingerデータ解析
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 7
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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