PDB-9ep5: GH191 family Alpha-Galactosaminidase from Environmental sample (9...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 9ep5

タイトル

GH191 family Alpha-Galactosaminidase from Environmental sample (99.2% identity to Myxococcus fulvus enzyme)

要素

Glycoside-hydrolase family GH114 TIM-barrel domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / GH114 family / crystal pathology / environmental sample

生物種

environmental samples (珪藻)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Roth, C. / Moroz, O.V. / Miranda, S.A.D. / Jahn, L. / Blagova, E. / Lebedev, A.A. / Segura, D.R. / Stringer, M.A. / Friis, E.P. / Davies, G.J. / Wilson, K.S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2025
タイトル: Structures of alpha-galactosaminidases from the CAZy GH114 family and homologs defining a new GH191 family of glycosidases.
著者: Roth, C. / Moroz, O.V. / Miranda, S.A.D. / Jahn, L. / Blagova, E.V. / Lebedev, A.A. / Segura, D.R. / Stringer, M.A. / Friis, E.P. / Franco Cairo, J.P.L. / Davies, G.J. / Wilson, K.S.

履歴

登録	2024年3月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ep5.cif.gz	220.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ep5.ent.gz	171.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ep5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/9ep5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/9ep5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9ep6C C: 同じ文献を引用 (文献)
実験データセット #1	データ参照: 10.5281/zenodo.10936960 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glycoside-hydrolase family GH114 TIM-barrel domain-containing protein

D: Glycoside-hydrolase family GH114 TIM-barrel domain-containing protein

ヘテロ分子

65.8 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Glycoside-hydrolase family GH114 TIM-barrel domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.9 kDa, 1 ポリマー
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2

D: Glycoside-hydrolase family GH114 TIM-barrel domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.84, 185.324, 128.391
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-610- HOH
2	1	A-831- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 197 - 468 / Label seq-ID: 29 - 300

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Glycoside-hydrolase family GH114 TIM-barrel domain-containing protein 分子量: 32791.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: This entry is a periodic representation of an aperiodic partially disordered crystal, in which chain D has occupancy 1/3 and overlaps with its symmetry equivalent. The minimal periodic ...詳細: This entry is a periodic representation of an aperiodic partially disordered crystal, in which chain D has occupancy 1/3 and overlaps with its symmetry equivalent. The minimal periodic representation without overlaps has a three times larger unit cell and contains two additional chains B and C related to A by translation. In the latter representation, the chain D has occupancy 1 but the completeness of data is 1/3. 由来: (組換発現) environmental samples (珪藻) / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 464 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.18 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.6% Ammonium Sulphate, 3% PEG 1K,10% glycerol, 24 well format Linbro plate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9119 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9119 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.64→46.33 Å / Num. obs: 61821 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / B_iso Wilson estimate: 14.6 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.162 / R_pim(I) all: 0.067 / R_rim(I) all: 0.175 / Χ²: 1.15 / Net I/σ(I): 11.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
8.98-46.33	11.7	0.05	40	453	0.999	0.02	0.053	1.11	99.5
1.64-1.67	13.3	3.203	0.8	3055	0.467	1.313	3.466	0.9	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
xia2		データ削減
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.8.0425	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.64→46.33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.924 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.887 / SU B: 2.71 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.114 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2405	3200	5.18 %
R_work	0.1966	58581	-
all	0.199	-	-
obs	-	61781	99.989 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.374 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.469 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.567 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.035 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→46.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4231	0	10	464	4705

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	4380
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3977
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.45	1.8	5996
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.543	1.752	9119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.196	5	548
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.37	5	32
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.163	10	642
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.863	10	208
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	645
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	5396
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	467
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	2015
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	1130
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1162
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	290
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.202	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.144	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.542	1.937	2189
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.541	1.937	2189
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.161	3.476	2738
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.16	3.475	2739
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.037	2.067	2191
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.035	2.064	2188
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.095	3.746	3258
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.093	3.74	3253
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.963	21.14	3817
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.965	21.163	3811
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.077	0.05	9216

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07749	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07749	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.64-1.683	0.451	238	0.461	4291	X-RAY DIFFRACTION	100
1.683-1.729	0.387	238	0.395	4140	X-RAY DIFFRACTION	100
1.729-1.779	0.338	192	0.334	4069	X-RAY DIFFRACTION	99.9765
1.779-1.833	0.323	212	0.268	3962	X-RAY DIFFRACTION	99.9761
1.833-1.893	0.242	199	0.226	3851	X-RAY DIFFRACTION	100
1.893-1.96	0.253	208	0.212	3662	X-RAY DIFFRACTION	99.9742
1.96-2.034	0.218	198	0.185	3568	X-RAY DIFFRACTION	100
2.034-2.116	0.221	194	0.172	3457	X-RAY DIFFRACTION	100
2.116-2.21	0.184	194	0.166	3315	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.318	0.185	165	0.16	3185	X-RAY DIFFRACTION	100
2.318-2.443	0.211	146	0.144	3011	X-RAY DIFFRACTION	100
2.443-2.591	0.182	174	0.141	2849	X-RAY DIFFRACTION	100
2.591-2.769	0.183	148	0.137	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.769-2.99	0.177	121	0.149	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.274	0.215	127	0.178	2318	X-RAY DIFFRACTION	100
3.274-3.658	0.233	127	0.169	2094	X-RAY DIFFRACTION	100
3.658-4.22	0.175	117	0.15	1893	X-RAY DIFFRACTION	100
4.22-5.157	0.221	79	0.159	1613	X-RAY DIFFRACTION	100
5.157-7.249	0.312	71	0.254	1277	X-RAY DIFFRACTION	100
7.249-46.33	0.704	52	0.513	764	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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