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- PDB-9ep3: Structure of the SA2/SCC1/WAPL complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ep3
タイトルStructure of the SA2/SCC1/WAPL complex
要素
  • Cohesin subunit SA-2
  • Double-strand-break repair protein rad21 homolog
  • Wings apart-like protein homolog
キーワードGENE REGULATION / Cohesin / Complex / HEAT Repeat / DNA binding / chromatin binding
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of chromatin binding / ATP-dependent protein-DNA unloader activity / negative regulation of sister chromatid cohesion / negative regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / Cohesin Loading onto Chromatin / meiotic cohesin complex / Establishment of Sister Chromatid Cohesion / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / cohesin complex / mitotic cohesin complex ...negative regulation of chromatin binding / ATP-dependent protein-DNA unloader activity / negative regulation of sister chromatid cohesion / negative regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / Cohesin Loading onto Chromatin / meiotic cohesin complex / Establishment of Sister Chromatid Cohesion / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / cohesin complex / mitotic cohesin complex / positive regulation of sister chromatid cohesion / negative regulation of glial cell apoptotic process / negative regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / chromatin looping / reciprocal meiotic recombination / sister chromatid cohesion / negative regulation of interleukin-1 beta production / mitotic spindle pole / lncRNA binding / negative regulation of DNA replication / mitotic sister chromatid segregation / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of tumor necrosis factor production / chromosome, centromeric region / mitotic spindle assembly / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / intercellular bridge / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein localization to chromatin / Meiotic synapsis / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / condensed nuclear chromosome / meiotic cell cycle / chromosome segregation / fibrillar center / nuclear matrix / spindle pole / mitotic spindle / Separation of Sister Chromatids / double-strand break repair / chromosome / midbody / DNA recombination / Estrogen-dependent gene expression / DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of neuron apoptotic process / response to hypoxia / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleolus / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
WAPL domain / Wings apart-like protein, C-terminal / Wings apart-like protein / Wings apart-like protein regulation of heterochromatin / WAPL domain profile. / : / Cohesin subunit SCC3/SA, HEAT-repeats domain / STAG / Stromalin conservative domain / Cohesin subunit Scc3/SA ...WAPL domain / Wings apart-like protein, C-terminal / Wings apart-like protein / Wings apart-like protein regulation of heterochromatin / WAPL domain profile. / : / Cohesin subunit SCC3/SA, HEAT-repeats domain / STAG / Stromalin conservative domain / Cohesin subunit Scc3/SA / STAG domain / Stromalin conservative domain / Stromalin conservative (SCD) domain profile. / : / Rad21/Rec8-like protein, C-terminal, eukaryotic / Rad21/Rec8-like protein, N-terminal / Rad21/Rec8-like protein / Conserved region of Rad21 / Rec8 like protein / N terminus of Rad21 / Rec8 like protein / ScpA-like, C-terminal / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Double-strand-break repair protein rad21 homolog / Wings apart-like protein homolog / Cohesin subunit SA-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.08 Å
データ登録者Graham, J.J. / Panne, D.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust221881/Z/20/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/W001667/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for cohesin release and control of genome looping by WAPL
著者: Graham, J.J. / Panne, D.
履歴
登録2024年3月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cohesin subunit SA-2
B: Double-strand-break repair protein rad21 homolog
C: Wings apart-like protein homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,3023
ポリマ－132,3023
非ポリマー00
水1,06359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8440 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area47840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.433, 107.440, 181.913
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cohesin subunit SA-2 / SCC3 homolog 2 / Stromal antigen 2


分子量: 113610.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STAG2, SA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N3U4
#2: タンパク質 Double-strand-break repair protein rad21 homolog / 64-kDa carboxy-terminal product / 65-kDa carboxy-terminal product


分子量: 16049.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAD21, HR21, KIAA0078, NXP1, SCC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60216
#3: タンパク質・ペプチド Wings apart-like protein homolog / Friend of EBNA2 protein / WAPL cohesin release factor


分子量: 2641.894 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z5K2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.54 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.06M Morpheus Divalents mix, 0.1M Morpheus buffer system 1, 48% (v/v) Morpheus EOD_P8K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.9655 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9655 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.08→47.97 Å / Num. obs: 28667 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 3.08→3.26 Å / Num. unique obs: 2797 / CC1/2: 0.375 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.08→47.97 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2682 1391 4.85 %
Rwork0.2244 --
obs0.2265 28667 97.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.08→47.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8314 0 0 60 8374
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038473
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.52211427
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.3361104
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0331295
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031447
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.08-3.190.41841290.39382594X-RAY DIFFRACTION95
3.19-3.310.36721330.31972726X-RAY DIFFRACTION99
3.31-3.460.27391310.28512707X-RAY DIFFRACTION98
3.46-3.650.39291370.28052705X-RAY DIFFRACTION99
3.65-3.870.26361470.22042728X-RAY DIFFRACTION99
3.88-4.170.25541290.21052746X-RAY DIFFRACTION99
4.17-4.590.25361320.19642766X-RAY DIFFRACTION99
4.59-5.260.22731700.20212709X-RAY DIFFRACTION98
5.26-6.620.30161520.24932794X-RAY DIFFRACTION99
6.62-47.970.23321310.19092801X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.22541.46673.28732.61580.25226.60420.42480.2632-0.5601-0.0950.1831-0.5280.00080.71870.60921.332-0.059-0.36371.3556-0.46880.589-45.2292-40.9287-23.4529
25.67841.1388-2.4233.8036-1.06013.3211-0.51571.0336-1.1238-0.53530.0979-0.66690.6274-0.05640.15370.7494-0.0414-0.03510.6511-0.06990.705-42.8883-42.4471-13.1391
32.16760.5772-1.40041.66190.67152.1460.4559-0.3341-0.74550.3828-0.4850.539-0.3337-0.93170.33340.67020.05080.05940.41650.11750.6947-51.8717-36.40654.8284
47.46773.8494-1.34765.6365-0.60810.18190.305-0.5567-0.62930.7306-0.2661-0.0045-0.0366-0.24170.02160.67190.01670.03520.38860.05360.5556-42.8149-27.27973.7109
52.99193.31361.59428.29145.5215.5056-0.85480.58360.46631.127-0.18012.55930.04322.23460.75951.2746-0.06620.53531.46320.06212.1472-52.5846-13.75848.1882
63.3813-1.15752.55334.0432-3.79496.938-0.1718-0.44930.18620.2129-0.135-0.3955-0.4673-0.26960.21210.72950.08730.1210.54290.01010.7011-40.5761-2.67221.1304
75.84950.9976-0.39781.69280.64756.84830.0260.5295-0.2960.4599-0.03110.00960.5209-0.38670.5430.75090.19720.22620.44360.17410.2579-50.794210.9222-1.5304
89.76540.7393-0.54891.59820.72948.08180.1538-0.35-0.00810.22190.2027-0.2501-0.2754-0.9188-0.20951.07060.15170.10820.56750.17080.9138-49.872215.3907-8.9856
97.0523-0.54451.43742.54550.42927.9795-0.15440.0868-0.0537-0.4602-0.37841.3808-0.81880.01050.18550.96280.2580.09140.65240.25610.849-51.030215.7782-15.6019
105.27120.4165-1.69973.5264-1.63734.88610.37120.63420.5238-0.17680.19060.8138-0.2078-0.8787-0.2530.91920.27420.08160.84580.31211.0663-53.2330.983-23.6074
111.42351.36830.79353.6578-0.48364.42740.86440.36661.65070.90610.06152.6407-0.82990.036-0.43061.41580.14550.64880.69340.20791.6111-38.54348.5482-32.0401
126.47490.635-0.23262.81741.58144.17560.09510.72320.4792-0.01570.55150.0657-0.7060.1495-0.52011.2810.03060.30310.87010.29071.1316-31.828740.4494-34.9558
132.3953-1.5888-3.60576.1059-2.00229.23790.07221.47091.0858-1.595-0.9743-1.14480.73470.46110.78041.56050.12630.44311.34670.2561.131-24.504136.005-45.1503
144.5523-0.61381.36823.45972.0375.1721-0.24611.35761.3196-0.5119-0.09870.0366-0.75340.6673-0.15071.21130.04590.38141.2574-0.05520.9066-23.876226.1077-43.548
155.50291.571-6.61495.5370.32848.9255-0.2737-0.37540.33520.1790.8775-1.3116-0.88730.0754-0.8071.29160.4938-0.11681.4882-0.19250.801-14.086720.1874-24.1208
163.089-0.66910.84313.89250.48322.2715-0.0346-0.56680.72660.3078-0.68811.0279-2.692-1.3252-0.13092.09850.69770.18021.2394-0.07950.791-22.8819.4222-20.2214
175.6046-3.74541.67348.90551.73834.0633-0.21580.558-0.1947-0.32710.511-0.71980.17290.613-0.30530.9970.08870.18950.9981-0.20840.6639-14.536810.1614-36.8523
187.10280.1355-0.71073.4354-2.88146.44910.63840.0438-0.0170.18180.0923-0.13731.4753-0.7001-0.72411.22430.02150.31681.4324-0.27511.1101-2.94130.7192-38.0962
199.0811-6.1709-5.33755.15494.10853.7745-1.6510.8585-0.47520.90531.3488-1.94321.76930.60120.40771.2397-0.05990.29711.3367-0.39151.635715.58914.0329-40.366
204.67550.9709-1.00899.72973.24855.1361-0.0996-0.5512-1.1364-0.6774-0.0786-0.5831-0.27631.09650.57171.45870.31290.24671.2646-0.12731.45234.8809-7.4878-43.2811
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 80:90)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 91:200)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 201:264)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 265:355)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 356:363)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 364:423)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 424:468)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 469:502)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 503:557)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 558:651)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 652:675)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 676:755)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 756:777)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and resid 778:823)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain A and resid 824:852)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain A and resid 853:861)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain A and resid 862:930)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain A and resid 931:984)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain A and resid 985:998)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain A and resid 999:1048)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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