PDB-9ep2: Crystal structure of the complex of human carbonic anhydrase I wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ep2

タイトル

Crystal structure of the complex of human carbonic anhydrase I with 4-sulfamoylphenyl 3-(p-tolylthio)propanoate

要素

Carbonic anhydrase 1

キーワード

LYASE / carbonic anhydrase / sulfonamide / inhibitor / metalloenzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

hydro-lyase activity / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.47 Å

データ登録者

Angeli, A. / Ferraroni, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2024
タイトル: Thia- and Seleno-Michael Reactions for the Synthesis of Carbonic Anhydrases Inhibitors.
著者: Angeli, A. / Occhini, A. / Renzi, G. / Capperucci, A. / Ferraroni, M. / Tanini, D. / Supuran, C.T.

履歴

登録	2024年3月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年10月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ep2.cif.gz	227.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ep2.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ep2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ep2_validation.pdf.gz	943.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ep2_full_validation.pdf.gz	942.5 KB	表示
XML形式データ	9ep2_validation.xml.gz	30.2 KB	表示
CIF形式データ	9ep2_validation.cif.gz	41.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/9ep2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/9ep2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #128 - 2010年8月インターフェロン (Interferons) 類似性 (1) #94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Carbonic anhydrase 1

BBB: Carbonic anhydrase 1

ヘテロ分子

58.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Carbonic anhydrase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Carbonic anhydrase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.640, 70.900, 121.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 1 / Carbonate dehydratase I / Carbonic anhydrase B / CAB / Carbonic anhydrase I / CA-I 分子量: 28906.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00915, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-A1H6C / (4-sulfamoylphenyl) 3-(4-methylphenyl)sulfanylpropanoate / 4-sulfamoylphenyl 3-(p-tolylthio)propanoate 分子量: 351.440 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₇NO₄S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 442 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.18 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 28-31% PEG4000, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris pH 9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.47→61.2 Å / Num. obs: 92188 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.43 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.074 / R_rim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 17.35
反射シェル	解像度: 1.47→1.51 Å / 冗長度: 12.29 % / R_merge(I) obs: 1.27 / Mean I/σ(I) obs: 2.27 / Num. unique obs: 6734 / CC_1/2: 0.826 / R_rim(I) all: 1.325 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.47→61.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / SU B: 7.099 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.072 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2086	4708	5.107 %
R_work	0.1603	87480	-
all	0.163	-	-
obs	-	92188	99.891 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.347 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.616 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	6.008 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-4.391 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.47→61.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4042	0	56	442	4540

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	4284
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.017	3765
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.775	1.635	5846
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.5	1.586	8815
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.476	5	537
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.175	23.619	210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.772	15	679
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.446	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	544
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	4924
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	881
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	842
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	3615
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	2039
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1784
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	361
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.08	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.088	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.212	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.214	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.219	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.582	2.534	2091
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.58	2.533	2090
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.903	3.818	2614
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.903	3.818	2615
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.117	2.905	2193
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.116	2.905	2194
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.671	4.205	3221
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.67	4.205	3222
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.566	31.305	4875
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.566	31.305	4876
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	12.796	3	8049

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.471-1.509	0.332	332	0.302	6382	X-RAY DIFFRACTION	99.6438
1.509-1.551	0.279	324	0.27	6289	X-RAY DIFFRACTION	100
1.551-1.596	0.289	308	0.245	6064	X-RAY DIFFRACTION	99.9843
1.596-1.645	0.283	340	0.227	5886	X-RAY DIFFRACTION	99.9198
1.645-1.699	0.256	308	0.21	5705	X-RAY DIFFRACTION	100
1.699-1.758	0.242	310	0.204	5528	X-RAY DIFFRACTION	99.9658
1.758-1.825	0.224	286	0.18	5346	X-RAY DIFFRACTION	99.9468
1.825-1.899	0.246	299	0.18	5159	X-RAY DIFFRACTION	99.9268
1.899-1.983	0.225	262	0.162	4910	X-RAY DIFFRACTION	99.8648
1.983-2.08	0.226	255	0.157	4742	X-RAY DIFFRACTION	99.8801
2.08-2.192	0.214	250	0.15	4507	X-RAY DIFFRACTION	99.958
2.192-2.325	0.222	194	0.146	4328	X-RAY DIFFRACTION	99.9116
2.325-2.485	0.202	200	0.14	4053	X-RAY DIFFRACTION	99.9295
2.485-2.684	0.216	212	0.141	3743	X-RAY DIFFRACTION	99.9242
2.684-2.94	0.184	179	0.134	3494	X-RAY DIFFRACTION	99.9184
2.94-3.286	0.205	167	0.156	3160	X-RAY DIFFRACTION	99.8499
3.286-3.792	0.219	167	0.159	2801	X-RAY DIFFRACTION	99.9327
3.792-4.64	0.155	131	0.127	2384	X-RAY DIFFRACTION	99.9603
4.64-6.544	0.174	123	0.137	1877	X-RAY DIFFRACTION	100
6.544-61.2	0.158	61	0.168	1122	X-RAY DIFFRACTION	99.4118

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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