[日本語] English
万見
- PDB-9eow: The 5-terminal stem-loop RNA element of SARS-CoV-2 features highl... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9eow
タイトルThe 5-terminal stem-loop RNA element of SARS-CoV-2 features highly dynamic structural elements that are sensitive to differences in cellular pH
要素RNA (29-MER)
キーワードRNA / solution structure / conformational dynamics / PkA shift / adenosine protonation
機能・相同性: / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Wacker, A. / Schwalbe, H.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)495006306 ドイツ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: The 5'-terminal stem-loop RNA element of SARS-CoV-2 features highly dynamic structural elements that are sensitive to differences in cellular pH.
著者: Toews, S. / Wacker, A. / Faison, E.M. / Duchardt-Ferner, E. / Richter, C. / Mathieu, D. / Bottaro, S. / Zhang, Q. / Schwalbe, H.
履歴
登録2024年3月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RNA (29-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2051
ポリマ－9,2051
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: RNA鎖 RNA (29-MER)


分子量: 9204.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: NC_045512

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic21H-JR[15N]
121isotropic1NOESY[15N]-Imino
131isotropic2HSQC[15N]-Amino
141isotropic2HSQC[15N]-2J
151isotropic2TROSY[15N]
1161isotropic2NOESY-JR[15N]-Amino
1151isotropic2TOCSY
2142isotropic2HSQC[13C]-Aromaten
2132isotropic21H-JR[15N]
2122isotropic2NOESY[15N]-Imino
2112isotropic1HSQC[15N]-Amino
2102isotropic2HSQC[15N]-2J
292isotropic2TROSY[15N]
282isotropic1NOESY-JR[15N]-Amino
272isotropic3TOCSY
262isotropic2HSQC[13C]-Aromaten
3173isotropic3HSQC[13C]-Aromaten

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1150 uM [U-15N] 5_SL1 15N, 25 mM potassium phosphate, 50 mM KCl, 93% H2O/7% D2O5_SL193% H2O/7% D2O
solution2400 uM [U-13C; U-15N] 5_SL1 15N, 25 mM potassium phosphate, 50 mM KCl, 93% H2O/7% D2O5_SL193% H2O/7% D2O
solution3400 uM A,C-13C, U-15N 5_SL1 15N, 25 mM potassium phosphate, 50 mM KCl, 93% H2O/7% D2O5_SL193% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
150 uM5_SL1 15N[U-15N]1
25 mMpotassium phosphatenatural abundance1
50 mMKClnatural abundance1
400 uM5_SL1 15N[U-13C; U-15N]2
25 mMpotassium phosphatenatural abundance2
50 mMKClnatural abundance2
400 uM5_SL1 15NA,C-13C, U-15N3
25 mMpotassium phosphatenatural abundance3
50 mMKClnatural abundance3
試料状態

イオン強度: 75 mM / Ionic strength err: 1 / pH: 6.2 / 圧: 1 atm

Conditions-IDLabelPH err温度 (K)
15_SL1 13C 15N 283K0.1283 K
25_SL1 13C 15N 298K0.1298 K
35_SL1 13C 15N 298K1.5298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker Bruker Avance III HD 800BrukerBruker Avance III HD 800 8001
Bruker Bruker Avance III HD 700BrukerBruker Avance III HD 700 7002
Bruker Bruker Avance I 600BrukerBruker Avance I 600 6003

-
解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospinchemical shift assignment
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges精密化
NMRFAM-SPARKYWonghee Leepeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る