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- PDB-9eou: Crystal Structure of the b1b2 domains from Human Neuropilin-1 in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9eou
タイトルCrystal Structure of the b1b2 domains from Human Neuropilin-1 in complex with a peptide.
要素
  • Neuropilin-1
  • Osteopontin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / angiogenesis / Neuropilin-1
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of collateral sprouting of intact axon in response to injury / positive regulation of estradiol secretion / androgen catabolic process / endothelial tip cell fate specification / basal dendrite development / protein localization to early endosome / otic placode development / basal dendrite arborization / biomineral tissue development / dichotomous subdivision of terminal units involved in salivary gland branching ...negative regulation of collateral sprouting of intact axon in response to injury / positive regulation of estradiol secretion / androgen catabolic process / endothelial tip cell fate specification / basal dendrite development / protein localization to early endosome / otic placode development / basal dendrite arborization / biomineral tissue development / dichotomous subdivision of terminal units involved in salivary gland branching / retina vasculature morphogenesis in camera-type eye / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / vestibulocochlear nerve structural organization / dorsal root ganglion morphogenesis / ventral trunk neural crest cell migration / sympathetic neuron projection guidance / facioacoustic ganglion development / trigeminal ganglion development / neurofilament / response to macrophage colony-stimulating factor / postsynapse organization / trigeminal nerve structural organization / sensory neuron axon guidance / facial nerve structural organization / gonadotrophin-releasing hormone neuronal migration to the hypothalamus / branchiomotor neuron axon guidance / renal artery morphogenesis / axon extension involved in axon guidance / VEGF-activated neuropilin signaling pathway / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / sympathetic neuron projection extension / vascular endothelial growth factor binding / Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / endothelial cell chemotaxis / motor neuron migration / axonogenesis involved in innervation / sympathetic ganglion development / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / CHL1 interactions / vascular endothelial growth factor receptor activity / regulation of vesicle-mediated transport / Signaling by ROBO receptors / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / neuropilin signaling pathway / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / Signaling by PDGF / coronary artery morphogenesis / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / substrate-dependent cell migration, cell extension / outflow tract septum morphogenesis / semaphorin receptor activity / cellular response to testosterone stimulus / ion binding / CRMPs in Sema3A signaling / response to vitamin D / commissural neuron axon guidance / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / semaphorin receptor complex / extracellular matrix binding / cell migration involved in sprouting angiogenesis / axonal fasciculation / regulation of Cdc42 protein signal transduction / motor neuron axon guidance / response to steroid hormone / sprouting angiogenesis / neural crest cell migration / positive regulation of filopodium assembly / artery morphogenesis / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / retinal ganglion cell axon guidance / positive chemotaxis / cytokine binding / positive regulation of smooth muscle cell migration / growth factor binding / sorting endosome / positive regulation of focal adhesion assembly / semaphorin-plexin signaling pathway / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / decidualization / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / positive regulation of bone resorption / small molecule binding / vasculogenesis / Integrin cell surface interactions / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / coreceptor activity / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of stress fiber assembly / positive regulation of endothelial cell proliferation / embryo implantation / Degradation of the extracellular matrix / positive regulation of endothelial cell migration / GTPase activator activity / Signal transduction by L1 / cytokine activity / cell projection
類似検索 - 分子機能
Osteopontin / Osteopontin, conserved site / Osteopontin / Osteopontin signature. / Osteopontin / Neuropilin / Neuropilin, C-terminal / C-terminal domain of neuropilin glycoprotein / MAM domain signature. / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) ...Osteopontin / Osteopontin, conserved site / Osteopontin / Osteopontin signature. / Osteopontin / Neuropilin / Neuropilin, C-terminal / C-terminal domain of neuropilin glycoprotein / MAM domain signature. / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding-like domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Neuropilin-1 / Osteopontin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Caing-Carlsson, R. / Duelli, A. / Walse, B.
資金援助 デンマーク, スウェーデン, 3件
組織認可番号国
Novo Nordisk Foundation デンマーク
Swedish Research Council スウェーデン
Vinnova スウェーデン
引用ジャーナル: Pharmacol Res / 年: 2024
タイトル: Identification of an osteopontin-derived peptide that binds neuropilin-1 and activates vascular repair responses and angiogenesis.
著者: Chen, Y. / Gialeli, C. / Shen, J. / Duner, P. / Walse, B. / Duelli, A. / Caing-Carlsson, R. / Blom, A.M. / Zibert, J.R. / Nilsson, A.H. / Alenfall, J. / Liang, C. / Nilsson, J.
履歴
登録2024年3月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuropilin-1
P: Osteopontin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7352
ポリマ－37,7352
非ポリマー00
水4,161231
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area550 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area15070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.690, 34.910, 69.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Neuropilin-1 / Vascular endothelial cell growth factor 165 receptor


分子量: 36119.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NRP1, NRP, VEGF165R / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: O14786
#2: タンパク質・ペプチド Osteopontin / Bone sialoprotein 1 / Nephropontin / Secreted phosphoprotein 1 / SPP-1 / Urinary stone protein / Uropontin


分子量: 1614.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P10451
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.81 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium malonate pH 6.0, 9% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→42.57 Å / Num. obs: 45579 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 1
反射 シェル解像度: 1.55→1.58 Å / Num. unique obs: 2252 / CC1/2: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→42.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 3.946 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20249 2255 4.9 %RANDOM
Rwork0.16933 ---
obs0.171 43313 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.04 Å20 Å20.3 Å2
2---1.18 Å2-0 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.55→42.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2507 0 0 231 2738
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0132620
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0182493
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8791.6493545
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4531.5855754
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6435325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.35121.329143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.19515480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4171522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2338
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.022951
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02633
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.792.2451267
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7892.2451266
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6473.3551582
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6463.3551583
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8172.6121353
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8172.6121353
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.3563.7671956
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.89626.3422882
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.89526.3392883
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 192 -
Rwork0.297 3186 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.11980.13630.30750.31580.20790.9229-0.0033-0.01760.03570.0093-0.04190.0967-0.0087-0.0170.04510.01260.01060.00780.0341-0.01440.0348.9066-5.942834.5056
20000000000000000.0203000.020300.0203000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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