PDB-9eol: N-acetylglucosamine 6-phosphate dehydratase: inhibited 6-phosphog...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9eol

タイトル

N-acetylglucosamine 6-phosphate dehydratase: inhibited 6-phosphogluconic acid state of NagS

要素

UPF0309 protein SCO4393

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Central metabolism / Aminosugar dehydratase / GlcNac-6P / Aminosugar toxicity

機能・相同性

機能・相同性情報

D-sedoheptulose 7-phosphate isomerase activity / D-glycero-D-manno-heptose 7-phosphate biosynthetic process / carbohydrate derivative binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces coelicolor (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.69 Å

データ登録者

McNae, I.W. / Abrahams, J.P. / Li, C.

資金援助

中国,

オランダ, 2件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: A new pathway in central metabolism mediates nutrient control of development and antibiotic production by Streptomyces
著者: Li, C. / Urem, M. / Kotsogianni, I. / Lau, J. / Elsayed, S.S. / Martin, N.I. / McNae, I.W. / Voskamp, P. / Mayer, C. / Rigali, S. / Pannu, N. / Abrahams, J.P. / Schada von Borzyskowski, L. / van Wezel, G.P.

#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...

履歴

登録	2024年3月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9eol.cif.gz	306.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9eol.ent.gz	229.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9eol.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/9eol ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/9eol	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9f7oC 9f7vC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UPF0309 protein SCO4393

B: UPF0309 protein SCO4393

ヘテロ分子

53 kDa, 2 ポリマー
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1

A: UPF0309 protein SCO4393

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
26.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: UPF0309 protein SCO4393

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
26.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	87.668, 87.668, 278.810
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22
Space group name Hall	P6₅2(x,y,z+1/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+5/6 #3: y,-x+y,z+1/6 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+1/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+2/3 #10: -y,-x,-z+1/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+5/6

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-489- HOH
2	1	A-500- HOH
3	1	B-462- HOH
4	1	B-466- HOH

#1: タンパク質	UPF0309 protein SCO4393 分子量: 26150.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア) 遺伝子: SCO4393, SCD10.25c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K3V1
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 糖	ChemComp-6PG / 6-PHOSPHOGLUCONIC ACID / 6-ホスホグルコン酸タイプ: D-saccharide / 分子量: 276.135 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃O₁₀P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.4 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 2.0 M Ammonium sulphate, 0.1 M BIS-Tris, pH 5.5; after crystallosation, crystals were soaked in mother liquor with 10-20% glycerol as cryoprotectant

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.69→46.5 Å / Num. obs: 75437 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.7 % / B_iso Wilson estimate: 35.45 Å² / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 20.9
反射シェル	解像度: 1.69→1.72 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2724 / CC_1/2: 0.799

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21_5207	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.69→46.47 Å / SU ML: 0.1834 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.6337
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2051	3548	4.94 %
R_work	0.1803	68341	-
obs	0.1815	71889	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.69→46.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3626	0	44	181	3851

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0148	3720
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2281	5070
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0817	614
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.013	662
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.7519	1354

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.69-1.71	0.3527	144	0.3461	2580	X-RAY DIFFRACTION	98.62
1.71-1.74	0.3421	120	0.3174	2692	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.74-1.76	0.3143	132	0.3038	2706	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.76-1.79	0.2667	148	0.2819	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.79-1.82	0.2869	143	0.2653	2667	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.82-1.85	0.2769	129	0.2417	2713	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.85-1.89	0.2669	150	0.2343	2648	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.89-1.92	0.2554	127	0.2295	2720	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.92-1.96	0.2466	151	0.239	2697	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.96-2	0.3232	140	0.2519	2686	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2-2.05	0.2908	135	0.2259	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.1	0.2419	131	0.1978	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.16	0.206	125	0.1847	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.22	0.1834	138	0.1846	2723	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.22-2.29	0.1894	145	0.1762	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.38	0.1972	139	0.1829	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.47	0.2432	154	0.1911	2704	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.47-2.58	0.2055	158	0.1869	2744	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.58-2.72	0.1972	138	0.1785	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.89	0.2083	159	0.173	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
2.89-3.11	0.2122	138	0.1999	2795	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.42	0.2126	144	0.1859	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
3.43-3.92	0.1654	134	0.1605	2827	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.92-4.94	0.1669	150	0.1412	2874	X-RAY DIFFRACTION	100
4.94-46.47	0.2068	176	0.1705	3057	X-RAY DIFFRACTION	99.81

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.83516977189	-0.50588695942	-2.61617013792	1.43542480958	-0.804102199985	5.56197037489	-0.0279885097808	0.005166456472	-0.444535089043	-0.385755171951	0.122723566201	0.25283937839	0.299633245805	-0.488202139096	-0.0036559252205	0.373668177893	-0.161836463685	-0.0514536236832	0.453410849284	0.0971720955256	0.435163034236	13.053965102	-49.424808214	-22.6031388763
2	0.87609025545	0.175068781968	0.215167662214	0.400283446533	-0.251691453126	0.576054858513	-0.0215382181014	-0.145790916451	0.0929064080451	0.0766497339308	0.011355292331	0.0433106284635	-0.0633336990019	-0.163450536877	0.060428997813	0.283942385077	0.0197420300561	-0.00539559452904	0.378089537203	0.012029803329	0.353132861944	28.1009441919	-31.4575679547	-12.5502078994
3	2.54530670829	-0.344801818001	-0.113338589905	0.121289850684	-0.122028701581	0.243108720508	-0.0537203600939	-0.389775792899	0.152078993711	0.167146951295	0.0867533998396	0.0891427002829	-0.180466889948	-0.0166444891521	-0.313145201172	0.362731812847	0.0361744920712	-0.00315940031907	0.451283666589	0.0199811881278	0.352948913591	28.9481381057	-33.2924504251	-6.51623541505
4	0.230576407914	-0.382790313914	-0.073604346677	0.985183262856	0.0106955356173	0.166309564627	-0.0220756721095	-0.414976286813	-0.0901285155473	0.221385306903	0.0480170152721	-0.0607044943857	0.155492257403	-0.042132077763	-0.402975340075	0.333250160221	-0.0135699329357	0.0109481291361	0.508891507863	0.037205502684	0.373694453988	28.8338399175	-38.9158661303	-3.62063801566
5	0.881544035658	0.575756483508	0.0239243812161	0.605702241057	-0.183193000537	2.08110389946	0.0013402448523	-0.192301517683	-0.0934500692188	-0.182052673821	0.122549368099	0.163535078622	0.156614694197	-0.328926087101	-0.0586414317813	0.288510871863	0.005827563954	-0.0113912195489	0.379502837617	0.0518480982086	0.345221397297	20.956035567	-39.1753481535	-14.4509196184
6	3.6718211406	0.249897416694	-2.27775417498	2.33572614966	-0.419024030339	1.79861000337	-0.0502129367135	0.265905378755	0.586730537349	-0.166903853668	-0.0653712386267	0.83995168434	-0.525038813075	-0.260125684337	-0.282513019278	0.51464924496	0.104281858758	-0.0552559137398	0.324810739481	-0.0651110249897	0.611848679902	21.8955185845	-14.1540170746	-17.5842059178
7	0.338826631739	0.0701083728224	-0.133413534428	0.112599503034	0.00356433754479	0.441356209153	-0.120587006915	0.0296419399998	-0.16555120754	0.0412736174339	-0.121194513741	-0.0566102286108	0.329933295386	0.305056481807	-0.582526022002	0.291501054214	0.609937560402	0.377607753074	0.858594170992	0.223690497895	0.504939944546	25.6261640983	-67.3870198221	17.9974209757
8	0.144923020191	0.0351460035535	0.037643906707	0.0616283802724	-0.0617457962291	0.113179474054	-0.00611730549222	0.022625484604	-0.0395840007557	0.0276716542994	-0.305205827875	-0.0937219518235	0.012173009471	0.308403486007	-0.48180126501	0.169467239987	-0.219917868818	-0.103155051756	1.1296847961	0.213390003683	0.508200801838	28.508108318	-43.0171609438	24.6484765138
9	0.30576441684	0.0745690643836	-0.246911017546	0.0502105757796	-0.113306127535	0.256971393498	0.0524736212624	-0.0109891712239	-0.0325418536631	0.00972221123394	-0.0959286187492	-0.0390330499627	0.0268603150044	0.405782862216	-0.000101378033566	0.318635362622	-0.0174545562158	0.00776428945084	0.463635707507	0.0642392198494	0.383488423778	8.67728642873	-46.2723522419	20.0347907833
10	0.0438303759505	-0.0748219690478	0.0742269058467	0.185785628153	-0.100481618028	0.211912170656	0.0793002960722	0.0625977506234	0.112255069256	-0.00947148065647	-0.318228383029	-0.10708107778	-0.0103865274179	0.48796764083	-0.0171009766325	0.32722331868	-0.0812807019502	-0.00497434943302	0.512741877509	0.0920480715582	0.36116670573	15.2408511152	-41.6965325088	16.6680821123
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12	0.131358328517	-0.000256647060902	0.0503014416677	0.0473278049358	-0.0639798379461	0.110174805096	0.0156950736429	0.154615339841	0.171438754975	-0.0833298049121	-0.362624537432	-0.127172981371	0.00653994960212	0.537315826174	-0.0339802445132	0.313150087657	0.00232864011528	0.0430856252632	0.633326789194	0.140062707553	0.433311160605	21.7032141956	-47.0905054348	10.849298702
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14	0.0377337296349	0.0298981448986	-0.00498395124039	0.0197244560975	-0.00388622572796	0.0116443389756	-0.183784165802	-0.462608899025	-0.0105576831158	0.303758197853	0.334314855695	0.108126227068	0.217206223594	0.430783565673	8.90348844211E-8	0.582268418245	-0.044906019222	-0.0312379435059	0.714557175348	-0.0204127009001	0.451293214083	11.5354801663	-41.3789917574	39.4229859371

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 4 through 24 )	A	A	4 - 24	1 - 21
2	2	chain 'A' and (resid 25 through 106 )	A	A	25 - 106	22 - 103
3	3	chain 'A' and (resid 107 through 124 )	A	A	107 - 124	104 - 121
4	4	chain 'A' and (resid 125 through 152 )	A	A	125 - 152	122 - 149
5	5	chain 'A' and (resid 153 through 231 )	A	A	153 - 231	150 - 228
6	6	chain 'A' and (resid 232 through 251 )	A	A	232 - 251	229 - 248
7	7	chain 'B' and (resid 4 through 24 )	B	D	4 - 24	1 - 21
8	8	chain 'B' and (resid 25 through 41 )	B	D	25 - 41	22 - 38
9	9	chain 'B' and (resid 42 through 106 )	B	D	42 - 106	39 - 103
10	10	chain 'B' and (resid 107 through 124 )	B	D	107 - 124	104 - 121
11	11	chain 'B' and (resid 125 through 137 )	B	D	125 - 137	122 - 134
12	12	chain 'B' and (resid 138 through 152 )	B	D	138 - 152	135 - 149
13	13	chain 'B' and (resid 153 through 231 )	B	D	153 - 231	150 - 228
14	14	chain 'B' and (resid 232 through 251 )	B	D	232 - 251	229 - 248

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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