PDB-9eob: Engineered GH181 sialidase from Akkermansia muciniphila

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9eob

タイトル

Engineered GH181 sialidase from Akkermansia muciniphila

要素

exo-alpha-sialidase

キーワード

HYDROLASE / Akkermansia muciniphila / gut microbiome / mucin / retaining mechanism / Sialidase

機能・相同性

BNR repeat-like domain / Sialidase / Sialidase superfamily / NICKEL (II) ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Exo-alpha-sialidase

機能・相同性情報

生物種

Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.77 Å

データ登録者

Pichler, M.J. / Banerjee, S. / Nielsen, T.S. / Morth, J.P. / Abou Hachem, M.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2025
タイトル: Engineered GH181 sialidase from Akkermansia muciniphila
著者: Pichler, M.J. / Corbella, M. / Banerjee, S. / Nielsen, T.S. / Morth, J.P. / Rovira, C. / Abou Hachem, M.

履歴

登録	2024年3月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9eob.cif.gz	154 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9eob.ent.gz	111.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9eob.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/9eob ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/9eob	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: exo-alpha-sialidase

ヘテロ分子

66.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.670, 88.189, 99.585
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	exo-alpha-sialidase 分子量: 64915.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835 (バクテリア) 遺伝子: HXS70_08015 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7G6DVF6, exo-alpha-sialidase

-
非ポリマー , 5種, 594分子

#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 566 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.3 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 10% PEG 8000 W/V, 9% Ethylene glycol (v/v), 0.1M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.77→66.02 Å / Num. obs: 64414 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 9.6 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 1.77→1.8 Å / Num. unique obs: 6073 / CC_1/2: 0.503

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
autoPROC		データ削減
TRUNCATE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.77→66.02 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 2.43 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.104 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1953	3267	5.072 %
R_work	0.1552	61147	-
all	0.157	-	-
obs	-	64414	99.473 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.106 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.045 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.647 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.692 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.77→66.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4572	0	88	566	5226

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	4852
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	4563
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.519	1.674	6556
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.515	1.593	10511
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.662	5	600
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.963	5	41
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.187	10	798
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.127	10	226
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	684
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	5867
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1157
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	782
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	4288
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	2259
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	2547
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	420
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.149	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.228	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.182	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.166	2.372	2370
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.165	2.372	2370
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.992	4.255	2980
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.992	4.255	2981
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.386	2.739	2482
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.385	2.74	2483
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.063	4.796	3576
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.062	4.798	3577
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.56	27.722	5328
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.417	26.224	5203

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.77-1.816	0.287	242	0.264	4207	X-RAY DIFFRACTION	94.2186
1.816-1.866	0.256	202	0.236	4328	X-RAY DIFFRACTION	98.6283
1.866-1.92	0.23	244	0.205	4253	X-RAY DIFFRACTION	99.9778
1.92-1.979	0.218	226	0.184	4100	X-RAY DIFFRACTION	100
1.979-2.044	0.224	222	0.17	4024	X-RAY DIFFRACTION	100
2.044-2.115	0.222	193	0.175	3912	X-RAY DIFFRACTION	100
2.115-2.195	0.174	202	0.141	3735	X-RAY DIFFRACTION	100
2.195-2.285	0.18	197	0.144	3618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.285-2.386	0.198	189	0.145	3482	X-RAY DIFFRACTION	100
2.386-2.502	0.19	200	0.147	3321	X-RAY DIFFRACTION	100
2.502-2.637	0.179	173	0.143	3140	X-RAY DIFFRACTION	100
2.637-2.797	0.191	157	0.144	3005	X-RAY DIFFRACTION	100
2.797-2.99	0.181	143	0.138	2859	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.229	0.184	142	0.148	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
3.229-3.536	0.219	118	0.163	2467	X-RAY DIFFRACTION	100
3.536-3.952	0.191	128	0.156	2209	X-RAY DIFFRACTION	100
3.952-4.561	0.148	98	0.128	1977	X-RAY DIFFRACTION	100
4.561-5.579	0.166	82	0.119	1709	X-RAY DIFFRACTION	100
5.579-7.862	0.207	57	0.163	1349	X-RAY DIFFRACTION	100
7.862-66.02	0.214	51	0.169	793	X-RAY DIFFRACTION	99.8817

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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