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- PDB-9ena: Lysosomal glucocerebrosidase in complex with a stabilizing nanobody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ena
タイトルLysosomal glucocerebrosidase in complex with a stabilizing nanobody
要素
  • Chains: B
  • Glucosylceramidase
キーワードHYDROLASE / Glucosidase / Glucosyltransferase / Lipid metabolism / GCase / nanobody / complex / allosteric / stabilizer
機能・相同性
機能・相同性情報


steryl-beta-glucosidase activity / positive regulation of neuronal action potential / beta-glucoside catabolic process / cerebellar Purkinje cell layer formation / termination of signal transduction / galactosylceramidase / galactosylceramidase activity / glucosylceramidase / scavenger receptor binding / lymphocyte migration ...steryl-beta-glucosidase activity / positive regulation of neuronal action potential / beta-glucoside catabolic process / cerebellar Purkinje cell layer formation / termination of signal transduction / galactosylceramidase / galactosylceramidase activity / glucosylceramidase / scavenger receptor binding / lymphocyte migration / glucosylceramide catabolic process / regulation of lysosomal protein catabolic process / response to thyroid hormone / glucosylceramidase activity / sphingosine biosynthetic process / autophagosome organization / lysosomal protein catabolic process / microglial cell proliferation / glucosyltransferase activity / regulation of TOR signaling / Glycosphingolipid catabolism / microglia differentiation / lipid storage / ceramide biosynthetic process / positive regulation of type 2 mitophagy / : / brain morphogenesis / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / response to pH / pyramidal neuron differentiation / negative regulation of protein metabolic process / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / lysosome organization / neuromuscular process / response to dexamethasone / hematopoietic stem cell proliferation / antigen processing and presentation / response to testosterone / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / motor behavior / negative regulation of interleukin-6 production / homeostasis of number of cells / regulation of macroautophagy / establishment of skin barrier / negative regulation of protein-containing complex assembly / cholesterol metabolic process / mitophagy / cell maturation / negative regulation of MAPK cascade / lysosomal lumen / cellular response to starvation / respiratory electron transport chain / determination of adult lifespan / trans-Golgi network / autophagy / negative regulation of inflammatory response / response to estrogen / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / T cell differentiation in thymus / neuron apoptotic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of neuron apoptotic process / lysosome / signaling receptor binding / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 30, TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolase family 30 TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolase family 30, beta sandwich domain / Glycosyl hydrolase family 30 beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 30 / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Lysosomal acid glucosylceramidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Dal Maso, T. / Versees, W.
資金援助 米国, ベルギー, 5件
組織認可番号国
Michael J. Fox FoundationMJFF-17240 米国
Michael J. Fox FoundationMJFF-020706 米国
Research Foundation - Flanders (FWO)G031324N ベルギー
Other privateSRP50 ベルギー
Other privateSRP95 ベルギー
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Developing nanobodies as allosteric molecular chaperones of glucocerebrosidase function.
著者: Dal Maso, T. / Sinisgalli, C. / Zilio, G. / Franzin, E. / Tessari, I. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Ballet, S. / Greggio, E. / Versees, W. / Plotegher, N.
履歴
登録2024年3月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucosylceramidase
B: Chains: B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,95014
ポリマ－71,4872
非ポリマー1,46312
水14,556808
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4260 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area23980 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)113.209, 113.209, 257.373
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Space group name HallI42
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: x,-y,-z
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#11: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#12: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#13: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-751-

HOH

21A-827-

HOH

31A-1167-

HOH

41A-1184-

HOH

51A-1250-

HOH

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要素

-
タンパク質 / 抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glucosylceramidase / Acid beta-glucosidase / Alglucerase / Beta-glucocerebrosidase / Beta-GC / D-glucosyl-N- ...Acid beta-glucosidase / Alglucerase / Beta-glucocerebrosidase / Beta-GC / D-glucosyl-N-acylsphingosine glucohydrolase / Imiglucerase


分子量: 55640.168 Da / 分子数: 1 / 変異: R495H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GBA, GC, GLUC
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P04062, glucosylceramidase, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの, EC: 3.2.1.104
#2: 抗体 Chains: B


分子量: 15847.319 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): WK6

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糖 , 2種, 2分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 818分子

#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 808 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.35 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.6 M Magnesium sulfate heptahydrate, 0.1 M MES pH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→46.86 Å / Num. obs: 78278 / % possible obs: 84.9 % / 冗長度: 17.1 % / Biso Wilson estimate: 15.88 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 1.7→1.78 Å / Num. unique obs: 3915 / CC1/2: 0.52

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROC1.0.5data processing
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→46.86 Å / SU ML: 0.1505 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.9354
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1944 3902 4.99 %
Rwork0.1629 74370 -
obs0.1645 78272 85.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→46.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4942 0 84 808 5834
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00795185
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96217075
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0574763
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0088902
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.3946715
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.720.228928509X-RAY DIFFRACTION
1.72-1.740.2176411026X-RAY DIFFRACTION32.75
1.74-1.770.2469790.23641258X-RAY DIFFRACTION41.76
1.77-1.790.2455730.2231472X-RAY DIFFRACTION48.27
1.79-1.820.2545880.22361670X-RAY DIFFRACTION54.43
1.82-1.840.27321010.22771887X-RAY DIFFRACTION61.15
1.84-1.870.2291050.21652166X-RAY DIFFRACTION70.05
1.87-1.90.23841210.21332463X-RAY DIFFRACTION79.73
1.9-1.930.28181330.20972692X-RAY DIFFRACTION87.27
1.93-1.970.24381610.19162897X-RAY DIFFRACTION94.06
1.97-2.010.23491530.19153020X-RAY DIFFRACTION98.08
2.01-2.050.22841590.18143089X-RAY DIFFRACTION99.94
2.05-2.090.22131720.16953092X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.140.21211450.16863103X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.20.20571610.1613096X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.250.21811660.15943090X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.320.19861620.15683102X-RAY DIFFRACTION100
2.32-2.40.20571690.15993090X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.480.19711600.16373107X-RAY DIFFRACTION99.97
2.48-2.580.19471710.16723117X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.70.20581710.16893107X-RAY DIFFRACTION100
2.7-2.840.19371730.16613117X-RAY DIFFRACTION100
2.84-3.020.17891620.16613134X-RAY DIFFRACTION100
3.02-3.250.1881770.15613132X-RAY DIFFRACTION100
3.25-3.580.18321600.14073151X-RAY DIFFRACTION100
3.58-4.10.1431710.1293188X-RAY DIFFRACTION100
4.1-5.160.14381580.12973222X-RAY DIFFRACTION100
5.16-46.860.19581820.17223373X-RAY DIFFRACTION99.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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