PDB-9emy: P. falciparum FIKK13 in complex with ATPgammaS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9emy

タイトル

P. falciparum FIKK13 in complex with ATPgammaS

要素

Nanobody 2G9
Nanobody 9F10
non-specific serine/threonine protein kinase

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / Malaria / kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.814 Å

データ登録者

Purkiss, A.G. / Ogrodowicz, R.W. / Christodoulou, E. / Kjaer, S.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Evolution and inhibition of the FIKK effector kinase family in P. falciparum
著者: Purkiss, A.G. / Ogrodowicz, R.W. / Christodoulou, E. / Kjaer, S. / Belda, H. / Bradley, D. / Nofal, S.D. / Broncel, M. / Jones, D.A. / Davies, H. / Bertran, M.T. / Joshi, D. / OReilly, N. / ...

履歴

登録	2024年3月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9emy.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9emy.ent.gz	806.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9emy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9emy_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9emy_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	9emy_validation.xml.gz	90.9 KB	表示
CIF形式データ	9emy_validation.cif.gz	118.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/9emy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/9emy	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1)

登録構造単位

A: non-specific serine/threonine protein kinase

B: non-specific serine/threonine protein kinase

C: Nanobody 9F10

D: Nanobody 9F10

E: Nanobody 2G9

F: Nanobody 2G9

G: non-specific serine/threonine protein kinase

H: non-specific serine/threonine protein kinase

I: Nanobody 9F10

J: Nanobody 9F10

K: Nanobody 2G9

L: Nanobody 2G9

ヘテロ分子

318 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: non-specific serine/threonine protein kinase

C: Nanobody 9F10

E: Nanobody 2G9

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: homology, Apo structure is a pair of trimers. Each trimer comprising one copy each of FIKK13 and the two nanobodies., PISA analysis suggests the interface between FIKK monomers is much weaker ...根拠: homology, Apo structure is a pair of trimers. Each trimer comprising one copy each of FIKK13 and the two nanobodies., PISA analysis suggests the interface between FIKK monomers is much weaker than between FIKK monomers and each nanobody.
79.8 kDa, 3 ポリマー
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2

B: non-specific serine/threonine protein kinase

D: Nanobody 9F10

F: Nanobody 2G9

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
79.5 kDa, 3 ポリマー
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3

G: non-specific serine/threonine protein kinase

I: Nanobody 9F10

K: Nanobody 2G9

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
79.5 kDa, 3 ポリマー
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4

H: non-specific serine/threonine protein kinase

J: Nanobody 9F10

L: Nanobody 2G9

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
79.5 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	82.397, 121.657, 151.059
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90.02, 90
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	TYR	TYR	LYS	LYS	A	A	158 - 560	10 - 412
2	1	1	TYR	TYR	LYS	LYS	B	B	158 - 560	10 - 412
3	2	2	SER	SER	SER	SER	A	A	157 - 558	9 - 410
4	2	2	SER	SER	SER	SER	G	G	157 - 558	9 - 410
5	3	3	TYR	TYR	LYS	LYS	A	A	158 - 560	10 - 412
6	3	3	TYR	TYR	LYS	LYS	H	H	158 - 560	10 - 412
7	4	4	TYR	TYR	SER	SER	B	B	158 - 559	10 - 411
8	4	4	TYR	TYR	SER	SER	G	G	158 - 559	10 - 411
9	5	5	TYR	TYR	LYS	LYS	B	B	158 - 560	10 - 412
10	5	5	TYR	TYR	LYS	LYS	H	H	158 - 560	10 - 412
11	6	6	GLU	GLU	SER	SER	C	C	4 - 128	2 - 126
12	6	6	GLU	GLU	SER	SER	D	D	4 - 128	2 - 126
13	7	7	GLU	GLU	SER	SER	C	C	4 - 128	2 - 126
14	7	7	GLU	GLU	SER	SER	I	I	4 - 128	2 - 126
15	8	8	GLN	GLN	SER	SER	C	C	5 - 128	3 - 126
16	8	8	GLN	GLN	SER	SER	J	J	5 - 128	3 - 126
17	9	9	GLU	GLU	SER	SER	D	D	4 - 128	2 - 126
18	9	9	GLU	GLU	SER	SER	I	I	4 - 128	2 - 126
19	10	10	GLN	GLN	SER	SER	D	D	5 - 128	3 - 126
20	10	10	GLN	GLN	SER	SER	J	J	5 - 128	3 - 126
21	11	11	GLU	GLU	SER	SER	E	E	8 - 126	6 - 124
22	11	11	GLU	GLU	SER	SER	F	F	8 - 126	6 - 124
23	12	12	VAL	VAL	SER	SER	E	E	4 - 126	2 - 124
24	12	12	VAL	VAL	SER	SER	K	K	4 - 126	2 - 124
25	13	13	GLU	GLU	SER	SER	E	E	8 - 126	6 - 124
26	13	13	GLU	GLU	SER	SER	L	L	8 - 126	6 - 124
27	14	14	GLU	GLU	SER	SER	F	F	8 - 127	6 - 125
28	14	14	GLU	GLU	SER	SER	K	K	8 - 127	6 - 125
29	15	15	GLU	GLU	SER	SER	F	F	8 - 127	6 - 125
30	15	15	GLU	GLU	SER	SER	L	L	8 - 127	6 - 125
31	16	16	TYR	TYR	SER	SER	G	G	158 - 559	10 - 411
32	16	16	TYR	TYR	SER	SER	H	H	158 - 559	10 - 411
33	17	17	GLN	GLN	SER	SER	I	I	5 - 128	3 - 126
34	17	17	GLN	GLN	SER	SER	J	J	5 - 128	3 - 126
35	18	18	GLU	GLU	SER	SER	K	K	8 - 126	6 - 124
36	18	18	GLU	GLU	SER	SER	L	L	8 - 126	6 - 124

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12
7	Local NCS retraints between domains: 13 14
8	Local NCS retraints between domains: 15 16
9	Local NCS retraints between domains: 17 18
10	Local NCS retraints between domains: 19 20
11	Local NCS retraints between domains: 21 22
12	Local NCS retraints between domains: 23 24
13	Local NCS retraints between domains: 25 26
14	Local NCS retraints between domains: 27 28
15	Local NCS retraints between domains: 29 30
16	Local NCS retraints between domains: 31 32
17	Local NCS retraints between domains: 33 34
18	Local NCS retraints between domains: 35 36

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABGH

#1: タンパク質	non-specific serine/threonine protein kinase 分子量: 49764.645 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: CK202_4380, CYL21_5595 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) 参照: UniProt: A0A2I0BRS6, non-specific serine/threonine protein kinase

-
抗体 , 2種, 8分子 CDIJEFKL

#2: 抗体	Nanobody 9F10 分子量: 14703.017 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体	Nanobody 2G9 分子量: 14476.922 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)

-
非ポリマー , 3種, 23分子

#4: 化合物	ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S 分子量: 523.247 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₂P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物	ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 27.96 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M LiCl, 20% w/v PEG 6,000, 10% v/v Ethylene Glycol, 0.1M HEPES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.81→64.17 Å / Num. obs: 72257 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 55.6 Å² / CC_1/2: 0.995 / R split: 0.212 / R_merge(I) obs: 0.196 / R_pim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 6.8
反射シェル	解像度: 2.81→2.86 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 2.123 / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 3451 / CC_1/2: 0.614 / R_pim(I) all: 0.844 / R_rim(I) all: 2.286 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.88)	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.814→64.169 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.917 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.869 / WR_factor R_free: 0.246 / WR_factor R_work: 0.202 / SU B: 66.896 / SU ML: 0.534 / Average fsc free: 0.9301 / Average fsc work: 0.9516 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.434 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2862	3699	5.126 %
R_work	0.2423	68457	-
all	0.245	-	-
obs	-	72156	99.686 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 74.501 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.124 Å²	-0 Å²	-0.015 Å²
2-	-	-0.963 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.086 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.814→64.169 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19014	0	148	18	19180

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	19651
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.549	1.796	26740
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.796	5	2436
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	23.05	5	64
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.576	10	2966
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.689	10	846
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	2901
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	15316
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.235	0.2	8248
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.314	0.2	13230
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	485
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.32	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.238	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.219	2.402	9840
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.694	4.304	12244
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.632	2.488	9811
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.189	4.541	14496
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.863	28.642	80690
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.077	0.05	12224
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.059	0.05	12587
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.077	0.05	12208
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.082	0.05	12087
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.042	0.05	12739
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.116	0.05	3207
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.049	0.05	3626
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.121	0.05	3154
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.106	0.05	3233
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.084	0.05	3332
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.119	0.05	2932
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.091	0.05	3539
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.132	0.05	2964
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.115	0.05	2992
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.075	0.05	3046
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_16	0.082	0.05	12094
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_17	0.109	0.05	3190
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_18	0.123	0.05	3022

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07654	0.0501
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07654	0.0501
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05911	0.05011
2	4	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05911	0.05011
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07722	0.0501
3	6	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07722	0.0501
4	7	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08186	0.0501
4	8	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08186	0.0501
5	9	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04218	0.05011
5	10	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04218	0.05011
6	11	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11643	0.05011
6	12	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11643	0.05011
7	13	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04932	0.05013
7	14	I	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04932	0.05013
8	15	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12116	0.0501
8	16	J	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12116	0.0501
9	17	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10591	0.05011
9	18	I	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10591	0.05011
10	19	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08362	0.05011
10	20	J	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08362	0.05011
11	21	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11877	0.05009
11	22	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11877	0.05009
12	23	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09057	0.05011
12	24	K	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09057	0.05011
13	25	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13242	0.05009
13	26	L	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13242	0.05009
14	27	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11547	0.0501
14	28	K	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11547	0.0501
15	29	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07518	0.05011
15	30	L	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07518	0.05011
16	31	G	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08229	0.0501
16	32	H	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08229	0.0501
17	33	I	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10898	0.05011
17	34	J	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10898	0.05011
18	35	K	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1226	0.0501
18	36	L	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1226	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.814-2.887	0.417	285	0.395	4900	0.396	5334	0.873	0.893	97.2066	0.397
2.887-2.966	0.434	241	0.368	4964	0.371	5216	0.86	0.913	99.7891	0.364
2.966-3.052	0.366	247	0.357	4796	0.357	5051	0.914	0.917	99.8416	0.346
3.052-3.146	0.398	270	0.331	4600	0.335	4879	0.886	0.932	99.8155	0.312
3.146-3.249	0.323	213	0.314	4484	0.314	4708	0.929	0.939	99.7664	0.287
3.249-3.362	0.339	242	0.275	4356	0.279	4607	0.932	0.954	99.8046	0.243
3.362-3.489	0.31	278	0.266	4161	0.268	4443	0.938	0.958	99.91	0.232
3.489-3.631	0.259	212	0.239	4033	0.24	4247	0.953	0.967	99.9529	0.204
3.631-3.792	0.294	190	0.233	3931	0.236	4122	0.942	0.969	99.9757	0.197
3.792-3.976	0.274	192	0.208	3775	0.211	3968	0.949	0.975	99.9748	0.174
3.976-4.191	0.251	179	0.197	3530	0.2	3712	0.957	0.977	99.9192	0.161
4.191-4.444	0.231	214	0.189	3297	0.192	3513	0.969	0.98	99.9431	0.159
4.444-4.749	0.223	165	0.181	3174	0.182	3340	0.971	0.981	99.9701	0.15
4.749-5.127	0.216	145	0.196	2951	0.197	3096	0.97	0.977	100	0.161
5.127-5.613	0.266	121	0.21	2745	0.213	2867	0.943	0.974	99.9651	0.168
5.613-6.269	0.262	154	0.23	2435	0.232	2592	0.954	0.972	99.8843	0.184
6.269-7.227	0.288	127	0.243	2161	0.245	2289	0.941	0.968	99.9563	0.198
7.227-8.824	0.192	104	0.192	1858	0.192	1962	0.977	0.977	100	0.164
8.824-12.362	0.266	75	0.183	1459	0.187	1535	0.958	0.98	99.9349	0.173
12.362-64.169	0.527	45	0.402	847	0.408	895	0.854	0.902	99.6648	0.37

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5254	0.0751	-0.4022	1.7357	-0.1936	0.8591	-0.0787	-0.0412	-0.1213	0.0375	0.0985	-0.1706	0.0997	0.1913	-0.0198	0.8972	0.0493	-0.0485	0.4066	-0.0503	0.0355	22.9319	-6.8028	22.5341
2	1.3787	-0.2132	-0.1698	1.4341	0.564	1.4718	-0.113	-0.0784	0.0856	0.0467	0.1135	0.1262	0.1374	-0.0411	-0.0004	0.9948	0.0851	0.053	0.4536	0.0578	0.029	-3.8799	19.3371	54.7435
3	2.2584	1.2856	3.1272	2.3233	1.7901	4.9265	-0.0021	0.3414	-0.3622	-0.0539	0.1116	0.1264	-0.0096	0.0915	-0.1095	0.7757	0.0654	0.0181	0.4691	-0.1951	0.4728	-2.2749	-23.5419	2.2867
4	2.268	-0.249	-0.6503	1.3435	-0.5689	2.6657	-0.0022	-0.0372	-0.788	-0.3538	-0.0768	0.4028	0.2118	-0.5337	0.079	1.1295	-0.0403	0.0222	0.6906	0.0437	0.5346	-31.6432	-1.7055	63.6093
5	3.7465	-3.0766	-0.0958	4.0341	0.944	2.1556	-0.0202	0.4304	0.076	-0.1921	-0.1393	0.475	-0.2871	-0.2576	0.1595	0.8619	0.0277	-0.0235	0.5312	0.0223	0.2461	-9.9687	10.523	16.573
6	1.3086	-1.1375	-0.945	4.5397	0.7322	2.1606	-0.0142	-0.3785	-0.2236	0.2196	-0.0481	0.25	0.1456	-0.0144	0.0623	0.8886	0.0227	0.0757	0.519	0.0863	0.1788	2.8845	-17.7403	53.6404
7	1.283	-0.2258	0.418	1.6275	-0.2533	1.0431	-0.0676	-0.0308	0.1318	-0.0393	0.1026	-0.1761	-0.0797	0.1808	-0.0349	0.8907	-0.0543	0.0164	0.4042	-0.0683	0.0418	64.2235	67.4122	53.1029
8	1.2739	0.1748	0.2101	1.5892	0.5614	1.1941	-0.1248	0.1046	-0.0376	-0.0641	0.1142	0.128	-0.136	-0.0476	0.0106	0.9839	-0.0916	-0.067	0.4508	0.0544	0.0221	37.1105	41.7229	20.6311
9	2.0858	-1.263	-2.9618	2.7464	1.686	4.9737	-0.0147	-0.3011	0.3558	0.0721	0.0874	0.1904	0.0122	0.0393	-0.0727	0.7784	-0.0424	-0.0238	0.4809	-0.1936	0.4654	38.8601	84.3926	73.2982
10	2.4533	0.3784	0.4854	1.5335	-0.7887	1.5374	0.0941	-0.0013	0.8459	0.4041	-0.1463	0.3553	-0.1825	-0.5596	0.0521	1.1384	0.026	-0.0446	0.7156	0.0438	0.503	9.4779	62.3207	11.9507
11	4.1313	3.1744	0.0825	4.4474	0.8506	1.9759	-0.0521	-0.3116	-0.098	0.22	-0.087	0.4583	0.2948	-0.1988	0.1391	0.853	-0.0312	0.009	0.529	0.0076	0.1973	31.3502	50.0893	58.8446
12	0.8075	1.322	1.1067	5.4195	1.4711	2.7107	0.0289	0.3232	0.1458	-0.2389	-0.0569	0.21	-0.149	-0.0583	0.0281	0.8663	-0.0083	-0.0658	0.574	0.1139	0.1949	43.8873	78.5425	21.7848

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	Ap	157 - 601
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	Bp	158 - 602
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	Cp	4 - 128
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	Dp	4 - 129
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	Ep	3 - 127
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	Fp	8 - 127
7	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	Gp	157 - 601
8	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	Hp	158 - 601
9	X-RAY DIFFRACTION	9	ALL	Ip	4 - 128
10	X-RAY DIFFRACTION	10	ALL	Jp	5 - 129
11	X-RAY DIFFRACTION	11	ALL	Kp	4 - 127
12	X-RAY DIFFRACTION	12	ALL	Lp	8 - 127

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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