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万見
- PDB-9emx: Nucleoside 2'deoxyribosyltransferase from Chroococcidiopsis therm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9emx
タイトルNucleoside 2'deoxyribosyltransferase from Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 Double Mutant Y7F A9S bound to Cordycepin
要素Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Mutant / Clofarabine / Ligand
機能・相同性5-hydroxymethyl-dUMP N-hydrolase activity / : / deoxyribonucleoside monophosphate catabolic process / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / transferase activity / metal ion binding / 3'-DEOXYADENOSINE / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase
機能・相同性情報
生物種Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Tang, P. / Harding, C.J. / Czekster, C.M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Other privateIBioIC 2020-2-1 英国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2025
タイトル: Improved Nucleoside (2'-Deoxy)Ribosyltransferases Maximize Enzyme Promiscuity while Maintaining Catalytic Efficiency.
著者: Tang, P. / Zickuhr, G.M. / Dickson, A.L. / Harding, C.J. / Devi, S. / Lebl, T. / Harrison, D.J. / da Silva, R.G. / Czekster, C.M.
履歴
登録2024年3月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02025年8月6日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_contact_author / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_torsion / refine / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range
Item: _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code ..._entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _pdbx_modification_feature.label_seq_id / _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_validate_planes.rmsd / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _software.version / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.seq_num / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
解説: Ligand geometry / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12025年11月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.22025年12月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase
B: Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase
C: Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase
D: Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,7628
ポリマ－70,7574
非ポリマー1,0054
水8,089449
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The corresponding mass of ~62kDa calculated from a calibration curve of Superdex 75 Increase 10/300 GL
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.380, 97.380, 66.456
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質
Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase


分子量: 17689.146 Da / 分子数: 4 / 変異: Y7F A9S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 (バクテリア)
遺伝子: Chro_1188 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: K9TVX3
#2: 化合物
ChemComp-3AD / 3'-DEOXYADENOSINE


分子量: 251.242 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 449 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.81 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris Propane, pH 8.33, 21.429% PEG Smear High, 0.05 M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→84.33 Å / Num. obs: 68981 / % possible obs: 99.64 % / 冗長度: 9.8 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.181 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.191 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 1.77→1.8 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 1.052 / Mean I/σ(I) obs: 0.2 / Num. unique obs: 3232 / CC1/2: 0.158 / Rpim(I) all: 0.459 / Rrim(I) all: 1.153 / % possible all: 92.21

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21.2_5419: ???)精密化
xia23.14.0データ削減
DIALS3.14.1-1-ge7f638df6-releaseデータスケーリング
PHENIX1.19.2-4158位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.77→42.17 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 33.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2158 1930 2.97 %
Rwork0.186 --
obs0.187 64882 93.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→42.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4958 0 72 449 5479
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085176
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8927038
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6311938
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055746
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01907
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.77-1.810.4889750.44442509X-RAY DIFFRACTION52
1.81-1.860.3762980.3883492X-RAY DIFFRACTION73
1.86-1.920.36821190.36974384X-RAY DIFFRACTION92
1.92-1.980.3831590.37834760X-RAY DIFFRACTION100
1.98-2.050.4691220.3944779X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.130.31281320.29154819X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.230.23521360.19314775X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.340.27971620.21594767X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.490.22621660.20194782X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.680.22531560.18634803X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.950.19381350.17544763X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.380.20011440.17454779X-RAY DIFFRACTION100
3.38-4.260.18581490.13484778X-RAY DIFFRACTION100
4.26-42.170.15781770.13664762X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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