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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9emw | ||||||
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タイトル | Nucleoside 2'deoxyribosyltransferase from Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 Y7F Mutant bound to ImmH-Forodesine | ||||||
![]() | Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Mutant / Clofarabine / Ligand | ||||||
機能・相同性 | deoxyribonucleoside monophosphate catabolic process / 5-hydroxymethyl-dUMP N-hydrolase activity / : / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / transferase activity / metal ion binding / Chem-IMH / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tang, P. / Harding, C.J. / Czekster, C.M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Engineered nucleoside 2'-deoxyribonsyltransferase enzymes enable scalable synthesis of diverse nucleoside analogues 著者: Tang, P. / Harding, C.J. / Czekster, C.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 137.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 107.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9emxC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17673.146 Da / 分子数: 4 / 変異: Y7F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: PCC 7203 / 遺伝子: Chro_1188 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-IMH / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | Has protein modification | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.89 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Tris pH 8.0, 0.002 M Zinc chloride, 20% w/v PEG6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.44→70.21 Å / Num. obs: 33966 / % possible obs: 99.12 % / 冗長度: 16.1 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.165 / Net I/σ(I): 9.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.44→2.48 Å / Rmerge(I) obs: 1.833 / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / Num. unique obs: 1529 / CC1/2: 0.295 / Rpim(I) all: 0.859 / Rrim(I) all: 2.036 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 71.296 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.51→70.21 Å
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拘束条件 |
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