PDB-9emu: RosC-8-demethyl-8-amino-FMN - Phosphate complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9emu

タイトル

RosC-8-demethyl-8-amino-FMN - Phosphate complex

要素

Phosphoglycerate mutase

キーワード

HYDROLASE / RosC / phosphatase / roseoflavin / riboflavin / antibiotics / Streptomyces davaonensis

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphatase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces davaonensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Ermler, U. / Mack, M. / Demmer, U.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: The Phosphatase RosC from Streptomyces davaonensis is Used for Roseoflavin Biosynthesis and has Evolved to Largely Prevent Dephosphorylation of the Important Cofactor Riboflavin-5'-phosphate.
著者: Joshi, T. / Demmer, U. / Schneider, C. / Glaser, T. / Warkentin, E. / Ermler, U. / Mack, M.

履歴

登録	2024年3月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9emu.cif.gz	363.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9emu.ent.gz	295.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9emu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/9emu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/9emu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8s6qC 8s6rC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (4) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (4) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphoglycerate mutase

B: Phosphoglycerate mutase

C: Phosphoglycerate mutase

D: Phosphoglycerate mutase

ヘテロ分子

105 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphoglycerate mutase

B: Phosphoglycerate mutase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
52.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Phosphoglycerate mutase

D: Phosphoglycerate mutase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
52.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.850, 51.900, 81.820
Angle α, β, γ (deg.)	73.46, 81.72, 70.52
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Phosphoglycerate mutase 分子量: 25478.873 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces davaonensis (バクテリア) 遺伝子: BN159_8033 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: K4R812
#2: 化合物	ChemComp-RS3 / 1-deoxy-1-[8-(dimethylamino)-7-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydrobenzo[g]pteridin-10(2H)-yl]-D-ribitol / Roseoflavin / ロセオフラビン分子量: 405.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₃N₅O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.7 / 詳細: PEG 1500, TBG, pH 5.5, KH2PO4 pH 7.4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 138597 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 3.6 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.053 / R_rim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 15.7

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
1.4-1.5	0.76	20562	0.716	0.906	1
1.5-1.7	0.412	36602	0.908	0.482	1
1.7-2	0.133	31390	0.982	0.158	1
2-2.4	0.059	21042	0.993	0.07	1
2.4-3	0.039	14089	0.996	0.047	1
3-3.8	0.031	7575	0.997	0.037	1
3.8-4.6	0.029	3160	0.995	0.035	1
4.6-5.9	0.027	2189	0.997	0.032	1
5.9-8	0.022	1187	0.999	0.026	1
8-12	0.021	582	0.998	0.025	1
12-50	0.024	219	0.998	0.029	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→34.82 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 20.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.203	4022	2.9 %
R_work	0.1638	-	-
obs	0.1649	138577	91.39 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→34.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6749	0	230	384	7363

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.868
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.631	2681
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	1104
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1292

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.42	0.3152	72	0.2621	2703	X-RAY DIFFRACTION	53
1.42-1.43	0.3071	92	0.2278	3042	X-RAY DIFFRACTION	60
1.43-1.45	0.2594	108	0.2059	3396	X-RAY DIFFRACTION	68
1.45-1.47	0.2968	116	0.1943	4181	X-RAY DIFFRACTION	82
1.47-1.49	0.2499	158	0.1754	4664	X-RAY DIFFRACTION	92
1.49-1.51	0.2299	127	0.1631	4782	X-RAY DIFFRACTION	94
1.51-1.54	0.2364	166	0.1601	4769	X-RAY DIFFRACTION	94
1.54-1.56	0.2155	132	0.1569	4779	X-RAY DIFFRACTION	94
1.56-1.58	0.2272	131	0.1541	4825	X-RAY DIFFRACTION	95
1.58-1.61	0.2244	156	0.1484	4818	X-RAY DIFFRACTION	95
1.61-1.64	0.2302	142	0.1512	4789	X-RAY DIFFRACTION	95
1.64-1.67	0.2249	146	0.1465	4950	X-RAY DIFFRACTION	95
1.67-1.71	0.2295	151	0.1508	4771	X-RAY DIFFRACTION	95
1.71-1.74	0.174	127	0.1512	4851	X-RAY DIFFRACTION	95
1.74-1.78	0.2229	149	0.1529	4880	X-RAY DIFFRACTION	96
1.78-1.83	0.2029	141	0.1527	4821	X-RAY DIFFRACTION	96
1.83-1.88	0.2063	146	0.1546	4898	X-RAY DIFFRACTION	96
1.88-1.93	0.1884	157	0.1523	4872	X-RAY DIFFRACTION	96
1.93-2	0.1681	145	0.1518	4946	X-RAY DIFFRACTION	97
2-2.07	0.1838	154	0.148	4894	X-RAY DIFFRACTION	96
2.07-2.15	0.1939	133	0.1549	4876	X-RAY DIFFRACTION	96
2.15-2.25	0.2181	153	0.155	4842	X-RAY DIFFRACTION	96
2.25-2.37	0.2162	142	0.1633	4894	X-RAY DIFFRACTION	96
2.37-2.52	0.18	139	0.1682	4804	X-RAY DIFFRACTION	95
2.52-2.71	0.2171	141	0.1725	4870	X-RAY DIFFRACTION	96
2.71-2.98	0.1991	155	0.176	4889	X-RAY DIFFRACTION	97
2.98-3.41	0.1965	149	0.1709	4939	X-RAY DIFFRACTION	97
3.41-4.3	0.2047	147	0.1609	4898	X-RAY DIFFRACTION	96
4.3-34.82	0.1796	147	0.1701	4912	X-RAY DIFFRACTION	97

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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