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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9em6 | ||||||
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タイトル | OPR3 variant Y364P in its dimeric form obtained without ammonium sulfate | ||||||
![]() | 12-oxophytodienoate reductase 3 | ||||||
![]() | FLAVOPROTEIN / ene-reductase / Old Yellow Enzyme | ||||||
機能・相同性 | ![]() 12-oxophytodienoate reductase / 12-oxophytodienoate reductase activity / jasmonic acid biosynthetic process / oxylipin biosynthetic process / FMN binding / peroxisome / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bijelic, A. / Macheroux, P. / Kerschbaumer, B. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Analysis of homodimer formation in 12-oxophytodienoate reductase 3 in solutio and crystallo challenges the physiological role of the dimer 著者: Kerschbaumer, B. / Macheroux, P. / Bijelic, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 207.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 130.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44335.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.59 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Tris-HCl (7.5), 50 mM sodium tartrate, 8-16% PEG8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.72→46.81 Å / Num. obs: 81190 / % possible obs: 96.87 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 29.57 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 10.14 |
反射 シェル | 解像度: 1.72→1.74 Å / Num. unique obs: 1595 / CC1/2: 0.29 / Rpim(I) all: 0.98 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.02 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.72→46.81 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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