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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9em4 | ||||||
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タイトル | OPR3 variant Y364P in its dimeric form obtained with ammonium sulfate | ||||||
要素 | 12-oxophytodienoate reductase 3 | ||||||
キーワード | FLAVOPROTEIN / ene-reductase / Old Yellow Enzyme | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 12-oxophytodienoate reductase / 12-oxophytodienoate reductase activity / jasmonic acid biosynthetic process / oxylipin biosynthetic process / peroxisome / FMN binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Solanum lycopersicum (トマト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å | ||||||
データ登録者 | Bijelic, A. / Macheroux, P. / Kerschbaumer, B. | ||||||
資金援助 | オーストリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2024 タイトル: Analysis of homodimer formation in 12-oxophytodienoate reductase 3 in solutio and crystallo challenges the physiological role of the dimer. 著者: Kerschbaumer, B. / Macheroux, P. / Bijelic, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9em4.cif.gz | 299.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9em4.ent.gz | 242.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9em4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9em4_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9em4_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 9em4_validation.xml.gz | 28.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9em4_validation.cif.gz | 40.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/9em4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/9em4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44335.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum lycopersicum (トマト) / 遺伝子: OPR3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9FEW9, 12-oxophytodienoate reductase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 化合物 | ChemComp-MES / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.73 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES/Tris (6.5), 10 mM ammonium sulfate, 8-16% PEG8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.87 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.01→46.5 Å / Num. obs: 51254 / % possible obs: 99.26 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 9.09 |
反射 シェル | 解像度: 2.01→2.05 Å / Num. unique obs: 2515 / CC1/2: 0.53 / Rpim(I) all: 0.63 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.01→46.5 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.19 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.01→46.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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