PDB-9em4: OPR3 variant Y364P in its dimeric form obtained with ammonium sulfate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9em4

タイトル

OPR3 variant Y364P in its dimeric form obtained with ammonium sulfate

要素

12-oxophytodienoate reductase 3

キーワード

FLAVOPROTEIN / ene-reductase / Old Yellow Enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

12-oxophytodienoate reductase / 12-oxophytodienoate reductase activity / jasmonic acid biosynthetic process / oxylipin biosynthetic process / peroxisome / FMN binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Solanum lycopersicum (トマト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Bijelic, A. / Macheroux, P. / Kerschbaumer, B.

資金援助

オーストリア, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2024
タイトル: Analysis of homodimer formation in 12-oxophytodienoate reductase 3 in solutio and crystallo challenges the physiological role of the dimer.
著者: Kerschbaumer, B. / Macheroux, P. / Bijelic, A.

履歴

登録	2024年3月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年8月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9em4.cif.gz	299.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9em4.ent.gz	242.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9em4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9em4_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9em4_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9em4_validation.xml.gz	28.9 KB	表示
CIF形式データ	9em4_validation.cif.gz	40.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/9em4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/9em4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8qn1C 8qn9C 8s8vC 8s8yC 9em0C 9em2C 9em3C 9em5C 9em6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: 12-oxophytodienoate reductase 3

A: 12-oxophytodienoate reductase 3

ヘテロ分子

89.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.531, 89.640, 80.943
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.01, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	12-oxophytodienoate reductase 3 / 12-oxophytodienoate-10 / 11-reductase 3 / OPDA-reductase 3 / LeOPR3 分子量: 44335.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum lycopersicum (トマト) / 遺伝子: OPR3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9FEW9, 12-oxophytodienoate reductase
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID 分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.73 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES/Tris (6.5), 10 mM ammonium sulfate, 8-16% PEG8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.87 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.01→46.5 Å / Num. obs: 51254 / % possible obs: 99.26 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.99 / R_pim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 9.09
反射シェル	解像度: 2.01→2.05 Å / Num. unique obs: 2515 / CC_1/2: 0.53 / R_pim(I) all: 0.63

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21_5207: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.01→46.5 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.19 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2438	2470	4.82 %
R_work	0.2064	-	-
obs	0.2081	51234	99.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.01→46.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5618	0	79	158	5855

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	5854
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.742	7993
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.143	2068
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	887
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1042

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.01-2.05	0.3517	119	0.3245	2392	X-RAY DIFFRACTION	88
2.05-2.09	0.3243	154	0.315	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.14	0.3312	152	0.2976	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.19	0.3356	124	0.2862	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.24	0.3037	134	0.2788	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.3	0.321	122	0.2833	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.37	0.3323	126	0.2621	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.45	0.2922	109	0.2571	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.53	0.2905	164	0.2347	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.64	0.283	174	0.24	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.76	0.2564	146	0.2378	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-2.9	0.3015	154	0.2372	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-3.08	0.2721	157	0.2249	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.32	0.2503	100	0.2112	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.65	0.2423	123	0.1912	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
3.66-4.18	0.1998	131	0.1649	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
4.18-5.27	0.1768	149	0.1575	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
5.27-46.5	0.2	132	0.1701	2802	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6215	-0.3195	-0.0595	0.7225	-0.3588	3.9455	-0.0992	0.2251	0.2972	-0.3302	0.2332	0.1672	-0.6373	-0.5017	-0.1149	1.118	-0.0445	0.053	0.6896	0.0766	0.6028	17.4771	11.3572	-4.8974
2	1.7511	-0.3016	0.0239	0.9911	-1.1748	4.2314	-0.1633	0.0924	0.1842	-0.4002	0.1066	-0.3887	-0.424	0.8176	0.0515	1.0546	-0.1547	0.2349	0.6244	-0.0308	0.5663	32.165	7.5866	0.3289
3	0.4435	0.1422	-1.045	0.0444	-0.3348	2.4589	0.247	0.0416	0.0563	0.3955	0.1749	0.4263	0.0249	0.4519	-0.4048	0.8977	0.0189	0.1459	0.6173	-0.0249	0.5721	30.6597	-2.7398	-14.6368
4	3.0431	-0.4192	0.5706	2.0056	0.0053	2.4132	0.0223	0.4956	-0.4194	-0.6464	-0.012	0.3887	0.5387	-0.2855	0.0166	1.1681	-0.1467	0.1065	0.7175	-0.0007	0.6738	16.1152	-3.4456	-11.7203
5	1.4531	-0.1093	0.2334	2.4681	-0.4274	0.8246	0.0057	0.1234	-0.0049	-0.0629	0.0261	-0.207	0.0633	0.1029	-0.0367	0.295	0.0017	0.049	0.2675	-0.015	0.2435	45.4614	-3.5804	-43.7417
6	2.3948	0.1342	1.0118	3.9666	0.7218	2.3752	-0.0248	-0.0561	0.4016	0.2134	0.0763	-0.0588	-0.2552	0.0259	-0.0449	0.2827	-0.0054	0.0233	0.2489	-0.0095	0.3246	45.9726	11.3046	-41.1935
7	3.5202	-0.474	-2.7684	1.5307	1.2036	7.633	0.1992	-0.2794	0.1149	0.4763	-0.209	0.2014	-0.1688	-0.3912	-0.0755	0.4922	-0.0327	0.0874	0.3933	-0.026	0.4268	32.267	9.5287	-34.0785
8	1.7859	0.3548	0.249	2.7615	-0.4029	0.8229	-0.0104	0.0042	0.1952	-0.0155	0.0653	0.4405	-0.122	-0.1153	-0.0479	0.2778	0.0093	0.0542	0.2891	0.0075	0.354	27.2707	2.0964	-41.3487

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 11 through 156 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 157 through 270 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 271 through 296 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 297 through 384 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 10 through 229 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 230 through 270 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 271 through 298 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 299 through 385 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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