PDB-9em0: OPR3 wild type in its dimeric form with special L6 conformation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9em0

タイトル

OPR3 wild type in its dimeric form with special L6 conformation

要素

12-oxophytodienoate reductase 3

キーワード

FLAVOPROTEIN / ene-reductase / Old Yellow Enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

12-oxophytodienoate reductase / 12-oxophytodienoate reductase activity / jasmonic acid biosynthetic process / oxylipin biosynthetic process / peroxisome / FMN binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Solanum lycocarpum (ナス科)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Bijelic, A. / Macheroux, P. / Kerschbaumer, B.

資金援助

オーストリア, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2024
タイトル: Analysis of homodimer formation in 12-oxophytodienoate reductase 3 in solutio and crystallo challenges the physiological role of the dimer.
著者: Kerschbaumer, B. / Macheroux, P. / Bijelic, A.

履歴

登録	2024年3月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年8月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9em0.cif.gz	351.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9em0.ent.gz	237.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9em0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/9em0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/9em0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8qn1C 8qn9C 8s8vC 8s8yC 9em2C 9em3C 9em4C 9em5C 9em6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 12-oxophytodienoate reductase 3

B: 12-oxophytodienoate reductase 3

ヘテロ分子

90 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.695, 89.659, 80.148
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.171, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	12-oxophytodienoate reductase 3 / 12-oxophytodienoate-10 / 11-reductase 3 / OPDA-reductase 3 / LeOPR3 分子量: 44401.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum lycocarpum (ナス科) / 遺伝子: OPR3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9FEW9, 12-oxophytodienoate reductase
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M MES/Tris (6.5), 50 mM ammonium sulfate, 16% PEG8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.8731 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→47.46 Å / Num. obs: 102435 / % possible obs: 97.19 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 29.22 Å² / CC_1/2: 0.96 / R_pim(I) all: 0.23 / Net I/σ(I): 2.47
反射シェル	解像度: 1.99→2.09 Å / Num. unique obs: 10325 / CC_1/2: 0.15 / R_pim(I) all: 1.71

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21_5207	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→47.46 Å / SU ML: 0.3589 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.3746
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2768	825	2.05 %
R_work	0.249	39430	-
obs	0.2496	40255	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5675	0	78	61	5814

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	5890
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4598	8029
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0399	886
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0039	1044
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.5479	2086

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.34	0.3386	137	0.3157	6562	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.34-2.52	0.3505	138	0.3121	6552	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.52-2.77	0.3052	137	0.2917	6553	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.77-3.17	0.3329	137	0.2767	6534	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.17-4	0.2447	137	0.2257	6582	X-RAY DIFFRACTION	99.9
4-47.46	0.2278	139	0.2037	6647	X-RAY DIFFRACTION	99.68

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.00882542511	-0.528685419735	-0.635996815868	1.48723107544	0.404416444835	0.408026796476	0.0978029574238	0.212129245171	-0.0380869748136	-0.29316204538	-0.105621004206	0.23515347561	-0.0440094750479	-0.0478723789968	-0.0486482345414	0.211049105543	-0.00501956611481	0.0654716656657	0.155997327826	-0.00304475894441	0.132964159788	10.9702990881	-2.64156056781	28.0204158081
2	0.417293493211	-0.148460193682	-0.165368171298	0.263748676691	0.0145675463434	0.376654911428	-0.0478972522631	0.193263947182	0.0437469965652	-0.127224761693	-0.0684755001947	-0.202576212528	0.00396515753773	-0.0182239651485	-2.91731613321	0.394124498282	0.0321853430991	0.145757112758	0.0621042092835	-0.0188214921238	0.0790318839101	25.4556077221	-4.93698814467	35.3942566769
3	1.20659546862	-0.507049499123	0.154104573766	0.458934546387	0.270847339504	0.484612099931	-0.0659904071847	0.0307801665743	0.202734239147	0.00639386337969	0.0300115138181	-0.264135701137	-0.0303267561752	0.0701443225073	-0.145181276114	0.409376139368	-0.00533004354211	0.1110537519	0.138786924317	0.00381101900595	0.222406323154	27.8000702429	11.7137762227	35.8758957509
4	1.37948054964	0.0435867820505	0.229043762889	0.389472905124	-0.270110366603	0.589154125225	-0.0888012682091	-0.212620527217	0.0101178945664	0.290554238436	-0.0620752134224	0.0333836058159	-0.0438669238892	-0.0216121629969	0.0624654458521	0.409385851006	0.00738289957037	0.106394025849	0.175215080542	-0.00235794016447	0.205121313379	10.1229871425	13.2383307459	39.4755544012
5	0.134131426702	0.168722123218	0.033335357904	0.310341270969	0.103301731716	0.0469343873834	-0.0447447637915	0.0435836195164	0.0717703675122	-0.0119024685952	0.00420787355645	0.326278358685	-0.0493511497348	0.000635700672129	-0.427894890299	0.0843477207753	-0.0226779397654	0.0400841496152	0.151551270137	0.0271464812555	0.300971985916	1.82005376086	-3.76305574364	35.8374246682
6	0.690919919232	-0.00603125498776	-0.195245038494	0.141857903079	-0.412986991366	1.98210486145	-0.016687962619	0.0747146709394	-0.0219845152049	-0.0365642361931	-0.0133404729647	0.0173062835354	-0.0645216703557	0.0287973264805	0.0927779535167	1.02141243029	0.00107357902531	0.263519250515	0.318796410289	0.0311751066916	0.314830391628	7.20353100912	10.925223076	75.0154141941
7	0.475560985595	-0.0609692070585	-0.252952244377	0.00771274420428	0.00511687581149	0.878932865919	-0.0407077499321	0.257984764074	-0.132219755291	-0.028275769524	-0.0480344015918	0.0966962412627	0.518043042162	-0.0307681039109	-0.298947707776	0.989830324041	0.0177470553437	0.27313838638	0.374118139798	0.00402696092899	0.288390218281	5.81132928933	-2.93206622533	68.5736085322

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 10 through 71 )	A	A	10 - 71	1 - 62
2	2	chain 'A' and (resid 72 through 196 )	A	A	72 - 196	63 - 187
3	3	chain 'A' and (resid 197 through 270 )	A	A	197 - 270	188 - 261
4	4	chain 'A' and (resid 271 through 332 )	A	A	271 - 332	262 - 323
5	5	chain 'A' and (resid 333 through 385 )	A	A	333 - 385	324 - 376
6	6	chain 'B' and (resid 10 through 229 )	B	D	10 - 229	1 - 220
7	7	chain 'B' and (resid 230 through 384 )	B	D	230 - 384	221 - 373

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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