PDB-9ejo: Crystal structure of WDR91 in complex with XS381295

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ejo

タイトル

Crystal structure of WDR91 in complex with XS381295

要素

WD repeat-containing protein 91

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / WD-repeat / WDR / WDR91 / protein transport / ligand / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphatidylinositol 3-kinase inhibitor activity / early endosome to late endosome transport / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / regulation of protein catabolic process / CDC42 GTPase cycle / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / late endosome membrane / early endosome membrane / endosome membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Zeng, H. / Ahmad, H. / Wang, X. / Sun, J. / Dong, A. / Seitova, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Peng, H. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of WDR91 in complex with XS381295
著者: Zeng, H. / Ahmad, H. / Wang, X. / Sun, J. / Dong, A. / Seitova, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Peng, H. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)

履歴

登録	2024年11月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ejo.cif.gz	149 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ejo.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ejo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ejo_validation.pdf.gz	712.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ejo_full_validation.pdf.gz	713.3 KB	表示
XML形式データ	9ejo_validation.xml.gz	8.4 KB	表示
CIF形式データ	9ejo_validation.cif.gz	13.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/9ejo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/9ejo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: WD repeat-containing protein 91

ヘテロ分子

41.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.632, 132.382, 119.604
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	WD repeat-containing protein 91 / WDR91 分子量: 41064.477 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 392-747 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR91, HSPC049 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A4D1P6
#2: 化合物	ChemComp-A1BIV / 6-(4-chlorophenyl)-1-methyl-5-[(3S)-1-methyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-indol-3-yl]-1H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidine-2,4(3H,7H)-dione 分子量: 420.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₁₇ClN₄O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.54 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10% w/v PEG 8000, 20% v/v ethylene glycol, 0.03M of each divalent cation, 0.1M MES/imidazole pH6.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2024年5月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 24659 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6 % / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.086 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.095 / Χ²: 1.021 / Net I/σ(I): 9.7 / Num. measured all: 146990

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.4-2.44	6	0.966	1207	0.716	0.913	0.43	1.059	0.95	100
2.44-2.49	6	0.882	1218	0.746	0.924	0.394	0.968	0.968	100
2.49-2.53	6	0.707	1210	0.79	0.94	0.313	0.774	0.984	100
2.53-2.59	6	0.607	1221	0.843	0.956	0.271	0.666	0.967	100
2.59-2.64	6	0.561	1225	0.888	0.97	0.249	0.614	1.03	100
2.64-2.7	6	0.457	1218	0.888	0.97	0.203	0.501	1.184	100
2.7-2.77	6	0.367	1196	0.941	0.985	0.163	0.403	0.991	100
2.77-2.85	6	0.31	1249	0.959	0.989	0.138	0.34	1.018	100
2.85-2.93	6.1	0.271	1206	0.966	0.991	0.12	0.296	1.079	100
2.93-3.02	6	0.211	1223	0.977	0.994	0.094	0.231	1.06	100
3.02-3.13	6	0.163	1237	0.986	0.996	0.072	0.178	1.05	100
3.13-3.26	6	0.119	1217	0.992	0.998	0.053	0.13	0.982	100
3.26-3.41	6	0.093	1239	0.995	0.999	0.041	0.101	1.071	100
3.41-3.58	6	0.074	1220	0.995	0.999	0.033	0.081	1.128	100
3.58-3.81	6	0.067	1240	0.997	0.999	0.03	0.073	1.228	100
3.81-4.1	6	0.06	1245	0.995	0.999	0.027	0.065	1.269	100
4.1-4.52	6	0.041	1244	0.999	1	0.018	0.045	1.024	99.9
4.52-5.17	5.9	0.035	1250	0.999	1	0.015	0.038	0.864	100
5.17-6.51	5.9	0.038	1283	0.999	1	0.017	0.042	0.786	100
6.51-50	5.4	0.03	1311	0.999	1	0.014	0.033	0.776	98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→27.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 12.055 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23793	727	3 %	RANDOM
R_work	0.19928	-	-	-
obs	0.20042	23892	99.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.17 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.2 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.4→27.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2545	0	1	80	2626

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	2624
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2375
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.295	1.792	3574
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.429	1.734	5466
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.508	5	339
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.11	5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.278	10	389
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	401
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3172
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	580
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.17	2.6	1356
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.168	2.6	1356
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.548	4.656	1695
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.547	4.658	1696
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.559	2.763	1268
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.558	2.763	1269
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.9	4.982	1880
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.273	23.63	2621
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.296	23.6	2614
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.403→2.464 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.242	38	-
R_work	0.305	1700	-
obs	-	-	97.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -32.2541 Å / Origin y: -21.067 Å / Origin z: -7.696 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1499 Å²	0.0025 Å²	0.0051 Å²	-	0.0135 Å²	0.0278 Å²	-	-	0.0696 Å²
L	2.5913 °²	0.1291 °²	0.6093 °²	-	2.0377 °²	0.5687 °²	-	-	3.4893 °²
S	-0.034 Å °	0.0896 Å °	0.0572 Å °	0.2338 Å °	-0.057 Å °	-0.1917 Å °	-0.0009 Å °	0.0968 Å °	0.091 Å °

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