PDB-9ejn: Crystal structure of magnesium-transporting ATPase MgtA in an E1-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ejn

タイトル

Crystal structure of magnesium-transporting ATPase MgtA in an E1-like magnesium-bound state

要素

Magnesium-transporting ATPase, P-type 1

キーワード

METAL TRANSPORT / Membrane protein / P-Type Atpase / Magnesium Ion

機能・相同性

機能・相同性情報

P-type Mg2+ transporter / P-type magnesium transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactococcus lactis subsp. lactis CV56 (乳酸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.55 Å

データ登録者

Khan, M.B. / Primeau, J.O. / Basu, P.C. / Morth, J.P. / Lemieux, M.J. / Young, H.S.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of magnesium-transporting ATPase MgtA in an E1-like magnesium-bound state
著者: Khan, M.B. / Primeau, J.O. / Basu, P.C. / Morth, J.P. / Lemieux, M.J. / Young, H.S.

履歴

登録	2024年11月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月5日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ejn.cif.gz	1.6 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ejn.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ejn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9ejn_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ejn_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	9ejn_validation.xml.gz	128 KB	表示
CIF形式データ	9ejn_validation.cif.gz	162.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/9ejn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/9ejn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (14) #51 - 2004年3月カルシウムポンプ (Calcium Pump) 類似性 (13) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Magnesium-transporting ATPase, P-type 1

C: Magnesium-transporting ATPase, P-type 1

B: Magnesium-transporting ATPase, P-type 1

D: Magnesium-transporting ATPase, P-type 1

ヘテロ分子

406 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Magnesium-transporting ATPase, P-type 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
102 kDa, 1 ポリマー
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2

C: Magnesium-transporting ATPase, P-type 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
102 kDa, 1 ポリマー
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3

B: Magnesium-transporting ATPase, P-type 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
102 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Magnesium-transporting ATPase, P-type 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
102 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	180.403, 66.595, 218.666
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.151, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Magnesium-transporting ATPase, P-type 1 / Mg(2+) transport ATPase / P-type 1 分子量: 101503.906 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. lactis CV56 (乳酸菌) 遺伝子: LL275_1350 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1V0NGB6, P-type Mg2+ transporter
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 4% tert-butanol, 100 mM MgSo4, 14% 2000 MME, 10% Glycerol, 100 mM MOPS pH 6.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→25 Å / Num. obs: 85323 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 1.8 % / CC_1/2: 0.85 / Net I/σ(I): 2
反射シェル	解像度: 3.21→3.25 Å / Num. unique obs: 7632 / CC_1/2: 0.31

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.2_5419	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.55→24.91 Å / SU ML: 0.5861 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 39.6881
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.339	3123	4.97 %
R_work	0.288	59678	-
obs	0.2905	62801	98.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 98.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.55→24.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	27348	0	4	0	27352

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0019	27824
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4743	37704
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0386	4564
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0038	4704
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.6357	10200

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.55-3.61	0.3851	166	0.376	2643	X-RAY DIFFRACTION	99.29
3.61-3.66	0.443	136	0.3792	2751	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.66-3.73	0.4106	127	0.3628	2729	X-RAY DIFFRACTION	99.1
3.73-3.79	0.4394	160	0.3514	2660	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.79-3.87	0.3869	183	0.3327	2686	X-RAY DIFFRACTION	98.79
3.87-3.95	0.3346	121	0.3074	2769	X-RAY DIFFRACTION	99.62
3.95-4.03	0.3759	134	0.2976	2645	X-RAY DIFFRACTION	99.5
4.03-4.12	0.3069	110	0.2875	2820	X-RAY DIFFRACTION	99.63
4.13-4.23	0.3319	159	0.2811	2675	X-RAY DIFFRACTION	98.99
4.23-4.34	0.3458	128	0.2763	2713	X-RAY DIFFRACTION	99.3
4.34-4.47	0.3415	173	0.2626	2680	X-RAY DIFFRACTION	97.94
4.47-4.61	0.313	159	0.2667	2577	X-RAY DIFFRACTION	97.06
4.61-4.78	0.3218	137	0.2591	2606	X-RAY DIFFRACTION	93.91
4.78-4.97	0.2873	146	0.2503	2713	X-RAY DIFFRACTION	99.27
4.97-5.19	0.2787	147	0.2547	2763	X-RAY DIFFRACTION	99.59
5.19-5.46	0.3216	146	0.268	2712	X-RAY DIFFRACTION	99.44
5.46-5.8	0.3491	113	0.2709	2760	X-RAY DIFFRACTION	99.45
5.8-6.24	0.3371	134	0.2819	2769	X-RAY DIFFRACTION	99.49
6.24-6.86	0.3225	126	0.3011	2756	X-RAY DIFFRACTION	98.73
6.86-7.82	0.3129	144	0.2687	2772	X-RAY DIFFRACTION	99.08
7.82-9.75	0.2569	129	0.2348	2672	X-RAY DIFFRACTION	94.15
9.75-24.91	0.3669	145	0.3115	2807	X-RAY DIFFRACTION	96.47

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -33.8549210642 Å / Origin y: -38.8854656566 Å / Origin z: -42.5361815016 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.45703540038 Å²	-0.0500227559867 Å²	0.0910159532009 Å²	-	0.413852000217 Å²	0.0766353837672 Å²	-	-	1.44483569538 Å²
L	0.0118972369659 °²	0.0158413493282 °²	-0.0934796054652 °²	-	0.0213783274418 °²	-0.0137764065852 °²	-	-	0.203508778541 °²
S	0.00204959926425 Å °	-0.0789770143542 Å °	0.031539537899 Å °	0.13229511278 Å °	0.00964812212038 Å °	0.0174036093892 Å °	-0.0604595653055 Å °	0.000306326680849 Å °	-0.0269621435351 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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