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- PDB-9ejj: Bruton's tyrosine kinase in complex with compound PTI55 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ejj
タイトルBruton's tyrosine kinase in complex with compound PTI55
要素Tyrosine-protein kinase BTK
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / inhibitor / kinase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


G beta:gamma signalling through BTK / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / G alpha (12/13) signalling events / FCERI mediated Ca+2 mobilization / G alpha (q) signalling events / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / monocyte proliferation / positive regulation of interleukin-17A production / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / eosinophil homeostasis ...G beta:gamma signalling through BTK / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / G alpha (12/13) signalling events / FCERI mediated Ca+2 mobilization / G alpha (q) signalling events / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / monocyte proliferation / positive regulation of interleukin-17A production / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / eosinophil homeostasis / proteoglycan catabolic process / positive regulation of type III hypersensitivity / B cell affinity maturation / positive regulation of synoviocyte proliferation / histamine secretion by mast cell / neutrophil homeostasis / positive regulation of cGAS/STING signaling pathway / cellular response to molecule of fungal origin / positive regulation of type I hypersensitivity / cellular response to interleukin-7 / DAP12 signaling / negative regulation of cytokine production / positive regulation of immunoglobulin production / phospholipase activator activity / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of B cell proliferation / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / phospholipase binding / cell maturation / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of phagocytosis / cellular response to reactive oxygen species / B cell receptor signaling pathway / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of tumor necrosis factor production / cytoplasmic vesicle / protein tyrosine kinase activity / response to lipopolysaccharide / intracellular signal transduction / membrane raft / innate immune response / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase BTK, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / PH domain / : / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain ...Tyrosine-protein kinase BTK, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / PH domain / : / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / PH-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Tyrosine-protein kinase BTK
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Lin, D.Y. / Andreotti, A.H. / Tonge, P.J. / Bravo, E. / Li, X.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: Modulating the Binding Kinetics of Bruton's Tyrosine Kinase Inhibitors through Transition-State Effects.
著者: Bravo Jr., E. / Li, Y. / Lin, D.Y. / Srinivasan, B. / Barone, M. / Li, S.X. / DelloRusso, F. / Rahiyanath, A.S. / Corrionero, A. / Alfonso, P. / Prendiville, N. / Kozakov, D. / Andreotti, A.H. / Tonge, P.J.
履歴
登録2024年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年8月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase BTK
B: Tyrosine-protein kinase BTK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7054
ポリマ－64,5722
非ポリマー1,1332
水7,188399
1
A: Tyrosine-protein kinase BTK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8532
ポリマ－32,2861
非ポリマー5671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tyrosine-protein kinase BTK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8532
ポリマ－32,2861
非ポリマー5671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.061, 44.660, 120.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.828, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase BTK / Agammaglobulinemia tyrosine kinase / ATK / B-cell progenitor kinase / BPK / Bruton tyrosine kinase ...Agammaglobulinemia tyrosine kinase / ATK / B-cell progenitor kinase / BPK / Bruton tyrosine kinase / Kinase EMB


分子量: 32285.994 Da / 分子数: 2 / 変異: L390G, Y551E, Y617P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Btk, Bpk / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P35991, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-A1BIZ / 4-{4-amino-1-[(3R)-1-(cyclopropanecarbonyl)piperidin-3-yl]-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-3-yl}-N-[4-(trifluoromethoxy)pyridin-2-yl]benzamide


分子量: 566.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H25F3N8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 399 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.16 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M NaCitrate pH 5.5, 18% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X17B1 / 波長: 0.920153 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.920153 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→34.64 Å / Num. obs: 37959 / % possible obs: 85.69 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 21.34 Å2 / CC1/2: 0.99 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.2134 / Rpim(I) all: 0.102 / Rrim(I) all: 0.2374 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 2.03→2.1 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 1.512 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 3416 / CC1/2: 0.345 / CC star: 0.716 / Rpim(I) all: 0.7136 / Rrim(I) all: 1.677 / % possible all: 19.44

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.03→19.83 Å / SU ML: 0.2361 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.2199
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2422 1558 4.79 %
Rwork0.2245 30936 -
obs0.2253 32494 85.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→19.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4106 0 82 399 4587
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00154306
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.36185827
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0369620
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031727
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.77271573
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.03-2.10.333290.267634X-RAY DIFFRACTION19.44
2.1-2.170.2848810.27821635X-RAY DIFFRACTION50.44
2.17-2.260.3121270.28312434X-RAY DIFFRACTION74.82
2.26-2.360.29571960.27783098X-RAY DIFFRACTION96.26
2.36-2.490.28371780.27133255X-RAY DIFFRACTION99.97
2.49-2.640.29641670.26533273X-RAY DIFFRACTION100
2.64-2.850.26421450.253275X-RAY DIFFRACTION100
2.85-3.130.2641480.23773307X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.580.20941500.20843306X-RAY DIFFRACTION100
3.58-4.510.19551700.17613315X-RAY DIFFRACTION99.97
4.51-19.830.21670.19153404X-RAY DIFFRACTION99.94
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 2.19153458735 Å / Origin y: 2.55356880351 Å / Origin z: 31.445990299 Å
111213212223313233
T0.160505607088 Å20.0185974083452 Å20.0323950990555 Å2-0.141102570614 Å2-0.0163301136637 Å2--0.134353212537 Å2
L0.530034068714 °20.0794970090528 °20.250162582036 °2-0.803555670426 °20.125911900392 °2--1.59960831229 °2
S0.0142776534149 Å °0.0837066070199 Å °-0.0175985503294 Å °-0.0693264045913 Å °-0.0273412932843 Å °0.119115992134 Å °-0.0935402347418 Å °-0.173838620915 Å °0.00345309381915 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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