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- PDB-9eji: Peptide-independent T cell receptor recognition of HLA-DQ2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9eji
タイトルPeptide-independent T cell receptor recognition of HLA-DQ2
要素
  • (G9 T cell receptor ...) x 2
  • (HLA class II histocompatibility antigen DQ ...) x 2
  • glut-L1 peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / T cell receptor / immune receptor / human leukocyte antigen
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / MHC class II protein complex / adaptive immune response / endosome membrane / lysosomal membrane
類似検索 - 分子機能
MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / HLA class II histocompatibility antigen DQ beta chain / HLA class II histocompatibility antigen DQ alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Triticum aestivum (コムギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Lim, J.J. / Loh, T.J. / Reid, H.H. / Rossjohn, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: A naturally selected alpha beta T cell receptor binds HLA-DQ2 molecules without co-contacting the presented peptide.
著者: Lim, J.J. / Jones, C.M. / Loh, T.J. / Dao, H.T. / Tran, M.T. / Tye-Din, J.A. / La Gruta, N.L. / Rossjohn, J.
履歴
登録2024年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22025年5月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class II histocompatibility antigen DQ alpha chain
B: HLA class II histocompatibility antigen DQ beta chain
C: glut-L1 peptide
D: G9 T cell receptor alpha chain
E: G9 T cell receptor beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,35512
ポリマ－95,3485
非ポリマー1,0077
水9,440524
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.840, 81.827, 143.167
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.924, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Space group name HallC2y(x,y,-x+z)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#4: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-550-

HOH

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要素

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HLA class II histocompatibility antigen DQ ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen DQ alpha chain / HLA-DQA1 protein / MHC class II antigen / Major histocompatibility complex / class II / DQ alpha 1


分子量: 20951.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DQA1
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: Q08AS3
#2: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen DQ beta chain / MHC class II antigen


分子量: 22839.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DQB1
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: A0A0U5IHY9

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド glut-L1 peptide


分子量: 1419.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Triticum aestivum (コムギ)
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)

-
G9 T cell receptor ... , 2種, 2分子 DE

#4: タンパク質 G9 T cell receptor alpha chain


分子量: 22841.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#5: タンパク質 G9 T cell receptor beta chain


分子量: 27296.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
糖 , 2種, 2分子

#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 529分子

#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 524 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 8% Tacsimate pH 8.0, 20-24% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→48.45 Å / Num. obs: 56955 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 27.11 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Num. unique obs: 4668 / CC1/2: 0.974

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→48.45 Å / SU ML: 0.2359 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.1253
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2202 2955 5.19 %
Rwork0.1852 53957 -
obs0.1871 56912 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6442 0 76 524 7042
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00226676
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56939078
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04291004
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00461183
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.3095902
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.240.27721220.22092566X-RAY DIFFRACTION99.78
2.24-2.270.30791440.21232572X-RAY DIFFRACTION99.71
2.27-2.320.2561590.21672508X-RAY DIFFRACTION99.93
2.32-2.360.28151340.20882555X-RAY DIFFRACTION99.85
2.36-2.410.24861520.21532546X-RAY DIFFRACTION99.93
2.41-2.460.29981250.20932593X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.520.26571400.21192535X-RAY DIFFRACTION99.93
2.52-2.580.24041400.2082542X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.650.28841420.20582579X-RAY DIFFRACTION99.82
2.65-2.730.25361250.2152581X-RAY DIFFRACTION100
2.73-2.820.2621360.21282580X-RAY DIFFRACTION99.89
2.82-2.920.24951500.20852552X-RAY DIFFRACTION99.93
2.92-3.030.24611560.21712531X-RAY DIFFRACTION99.96
3.03-3.170.24331180.18882597X-RAY DIFFRACTION100
3.17-3.340.19371570.18332525X-RAY DIFFRACTION99.96
3.34-3.550.19531500.17672590X-RAY DIFFRACTION100
3.55-3.820.24351330.17012575X-RAY DIFFRACTION99.96
3.82-4.210.17591500.16312575X-RAY DIFFRACTION100
4.21-4.820.16751460.13982593X-RAY DIFFRACTION100
4.82-6.070.18381390.16182600X-RAY DIFFRACTION100
6.07-48.450.18971370.18812662X-RAY DIFFRACTION99.68

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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