[日本語] English
万見
- PDB-9ejh: Peptide-independent T cell receptor recognition of HLA-DQ2 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ejh
タイトルPeptide-independent T cell receptor recognition of HLA-DQ2
要素
  • (G9 T cell receptor ...) x 2
  • (HLA class II histocompatibility ...) x 2
  • MHC class II HLA-DQ-beta-1
キーワードIMMUNE SYSTEM / T cell receptor / immune receptor / human leukocyte antigen
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of peptide secretion / macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / NOS2-CD74 complex / MHC class II protein binding, via antigen binding groove / antigen processing and presentation of endogenous antigen / positive regulation of dendritic cell antigen processing and presentation / negative regulation of T cell differentiation / macrophage migration inhibitory factor binding / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / protein trimerization ...negative regulation of peptide secretion / macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / NOS2-CD74 complex / MHC class II protein binding, via antigen binding groove / antigen processing and presentation of endogenous antigen / positive regulation of dendritic cell antigen processing and presentation / negative regulation of T cell differentiation / macrophage migration inhibitory factor binding / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / protein trimerization / macrophage migration inhibitory factor receptor complex / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway / T cell activation involved in immune response / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / T cell selection / positive regulation of type 2 immune response / host-mediated suppression of symbiont invasion / MHC class II receptor activity / negative thymic T cell selection / MHC class II protein binding / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / negative regulation of mature B cell apoptotic process / positive regulation of kinase activity / positive regulation of monocyte differentiation / positive thymic T cell selection / vacuole / CD4 receptor binding / cytokine receptor activity / positive regulation of neutrophil chemotaxis / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / prostaglandin biosynthetic process / positive regulation of macrophage cytokine production / positive regulation of T cell differentiation / regulation of macrophage activation / transport vesicle membrane / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / nitric-oxide synthase binding / antigen processing and presentation / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / cytokine binding / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / immunoglobulin mediated immune response / : / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / response to type II interferon / positive regulation of chemokine production / positive regulation of B cell proliferation / multivesicular body / protein folding chaperone / MHC class II antigen presentation / lysosomal lumen / negative regulation of cell migration / trans-Golgi network membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of interleukin-8 production / Cell surface interactions at the vascular wall / intracellular protein transport / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of fibroblast proliferation / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / endocytic vesicle membrane / late endosome membrane / late endosome / positive regulation of protein phosphorylation / Downstream TCR signaling / amyloid-beta binding / protein-containing complex assembly / adaptive immune response / positive regulation of viral entry into host cell / lysosome / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of MAPK cascade / endosome membrane / protein stabilization / immune response / external side of plasma membrane / Golgi membrane / lysosomal membrane / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / protein-containing complex / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
MHC class II-associated invariant chain, trimerisation / MHC class II-associated invariant chain/CLIP, MHC II-interacting / MHC class II-associated invariant chain / MHC class II-associated invariant chain, trimerisation domain superfamily / HLA class II histocompatibility antigen, gamma subunit / Class II MHC-associated invariant chain trimerisation domain / CLIP, MHC2 interacting / : / Thyroglobulin type-1 repeat signature. / Thyroglobulin type-1 ...MHC class II-associated invariant chain, trimerisation / MHC class II-associated invariant chain/CLIP, MHC II-interacting / MHC class II-associated invariant chain / MHC class II-associated invariant chain, trimerisation domain superfamily / HLA class II histocompatibility antigen, gamma subunit / Class II MHC-associated invariant chain trimerisation domain / CLIP, MHC2 interacting / : / Thyroglobulin type-1 repeat signature. / Thyroglobulin type-1 / Thyroglobulin type-1 superfamily / Thyroglobulin type-1 repeat / Thyroglobulin type-1 domain profile. / Thyroglobulin type I repeats. / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / MHC class II HLA-DQ-beta-1 / HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain / HLA class II histocompatibility antigen gamma chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Lim, J.J. / Loh, T.J. / Reid, H.H. / Rossjohn, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: A naturally selected alpha beta T cell receptor binds HLA-DQ2 molecules without co-contacting the presented peptide.
著者: Lim, J.J. / Jones, C.M. / Loh, T.J. / Dao, H.T. / Tran, M.T. / Tye-Din, J.A. / La Gruta, N.L. / Rossjohn, J.
履歴
登録2024年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22025年5月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain
B: MHC class II HLA-DQ-beta-1
C: HLA class II histocompatibility antigen gamma chain
D: G9 T cell receptor alpha chain
E: G9 T cell receptor beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,53012
ポリマ－94,7595
非ポリマー7717
水5,350297
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.974, 43.272, 257.958
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.312, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Space group name HallC2y(x,y,-x+z)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#4: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2

-
要素

-
HLA class II histocompatibility ... , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain / DC-1 alpha chain / DC-alpha / HLA-DCA / MHC class II DQA1


分子量: 20667.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DQA1
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: P01909
#3: タンパク質・ペプチド HLA class II histocompatibility antigen gamma chain / HLA-DR antigens-associated invariant chain / Ia antigen-associated invariant chain / Ii


分子量: 1313.628 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 110-122 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD74, DHLAG
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: P04233

-
G9 T cell receptor ... , 2種, 2分子 DE

#4: タンパク質 G9 T cell receptor alpha chain


分子量: 22841.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#5: タンパク質 G9 T cell receptor beta chain


分子量: 27296.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 B

#2: タンパク質 MHC class II HLA-DQ-beta-1


分子量: 22640.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DQB1
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: O19712
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 302分子

#7: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 8% Tacsimate, pH 8.0, 20-24% w/v PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→45.22 Å / Num. obs: 38503 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 37.35 Å2 / CC1/2: 0.988 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.45→2.55 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4311 / CC1/2: 0.735

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.45→45.22 Å / SU ML: 0.2559 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.3322
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2316 1954 5.08 %
Rwork0.1756 36532 -
obs0.1783 38486 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 41.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→45.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6291 0 50 297 6638
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00346493
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57938844
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0435996
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00441145
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.72942270
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.510.33561430.24962564X-RAY DIFFRACTION99.89
2.51-2.580.27011270.22822610X-RAY DIFFRACTION99.89
2.58-2.660.27041440.20442558X-RAY DIFFRACTION100
2.66-2.740.26121210.19932579X-RAY DIFFRACTION99.93
2.74-2.840.2681660.2012564X-RAY DIFFRACTION99.96
2.84-2.950.30771420.18852590X-RAY DIFFRACTION99.93
2.95-3.090.27071530.18332601X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.250.23741520.17282540X-RAY DIFFRACTION99.93
3.25-3.450.23391630.1662597X-RAY DIFFRACTION99.96
3.45-3.720.19691390.15782607X-RAY DIFFRACTION99.96
3.72-4.090.2197960.15622669X-RAY DIFFRACTION100
4.09-4.690.18091430.14072616X-RAY DIFFRACTION99.96
4.69-5.90.19511330.16342658X-RAY DIFFRACTION99.96
5.9-45.220.23361320.20282779X-RAY DIFFRACTION99.79
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.128289948761-0.0179501841622-0.1573905881740.04155081532980.07207083637260.213321697986-0.130682868385-0.0797988373228-0.2021835112370.0711617232320.1735394424990.0640792245214-0.0394173224527-0.2845623685240.0002063748636080.2370489228760.00574541221921-0.0488194292730.2710463881080.01934952602890.252478209314-1.8179370495416.846352227645.7272373108
20.09198785883990.09945018587830.1390225483070.09383661737140.05726358025280.11760768037-0.0626069260453-0.2153563630640.07777446563880.2885534848190.05129286624330.104954862625-0.133652308509-0.187886972412-6.65689628184E-50.2656673192460.08002751335650.01673815945120.259326406876-0.008265995555590.236779115504-0.3752345724428.22258102351.9907538602
30.5747876599320.317828338679-0.2299663121860.178912058157-0.146396417080.5395539988360.04977798241290.5845617125180.0432381961703-0.292892493869-0.009546281758230.234371418838-0.392096263224-0.4836118083640.1423673442680.2765363508610.118208727713-0.05262913892930.3944185656-0.006097940757130.278010706222-10.137895285524.117129059636.0430153553
40.458634949903-0.0400072430039-0.02007980462790.597716579167-0.1442508080890.539350618463-0.0657253041175-0.22803178729-0.1110469628720.07753307356330.0215208123090.123441275385-0.0353783218347-0.4926084280470.000263687133240.2181873984820.01835451367710.05353153195190.4897722802320.002731755221280.307810210465-11.58722712713.843048967263.2171337262
50.07667411608140.0844321173119-0.1687384577910.4232282967360.06654083854440.835249480680.02386568547190.06990100290780.0420940972176-0.110564031135-0.0397435279441-0.0157707739123-0.104031241394-0.138570728992-0.0009302181360220.1734344620420.0116468578852-0.01211852741560.179749638335-0.009594570016710.1950548742963.5136769087916.845869113636.6184464649
60.0357534724911-0.2394865131170.4108563683240.176128463533-0.3041147389011.208979965720.07971175815220.106392511494-0.09324218917890.0117693712845-0.03459789276260.0004870985054950.115576978620.135111730515-1.68294123028E-50.2560448438940.0130571869671-0.01293032567810.2649172582030.008112241765630.24845163852411.49118389266.8693698550374.0175635343
70.006977947778590.02047420188480.02934783648230.03453471112040.0718046187640.03802894119960.2062613814920.28070102525-0.05448410610420.1924918704420.129460046736-0.0177445821551-0.374975541514-0.01774678204656.19221421951E-50.3696517395950.0413536512472-0.03487354538070.3935234201410.009836559391890.3765667253481.0596384502426.273821130737.2757357448
81.00488115058-0.2172839080970.4959970003720.3664777417770.4929944339330.9411015884920.04807688184460.09773138186480.05088952144430.00301880987227-0.038175790393-0.01318621534390.132440176708-0.09720295263470.01243182073660.215095705876-0.022100919004-0.02026836345310.19449331017-0.0003483048661450.1880638572516.83987495115-1.842754965878.66100454323
90.3986291831820.07502295824440.009387770599690.2614203692940.05905420179290.7327298902850.3264728438970.292861722978-0.217673101448-0.311093871507-0.1919979687040.0997315983410.2406900106620.08402874842351.93402771001E-50.6104426693230.0505010680726-0.08415798770870.379689935617-0.05367070829940.35274643219625.0050349776-22.7381233098-9.18168619117
100.0875998503281-0.0757060299996-0.104159718970.04600235788580.05511645436130.07095644286010.09276383401180.1880078137530.198449059795-0.500450292593-0.0259598134741-0.203324602028-0.05637085070130.233195226232-0.0001063981362650.3024024691560.01722298795410.02907610302830.2324678649030.0008436927761450.34748200897730.5123746676-8.9674128443522.0820007407
110.183650027070.03642658211220.01312873843930.3508111607750.1725436654610.0858108323279-0.0467178472177-0.1052493050830.0862732944120.2414899076380.130139841996-0.189296727396-0.02930986167230.1525101559270.006469432644530.2748192373410.03354345977950.00061797175150.147412372384-0.001387887506770.2367056047426.9706128792-3.7897035714828.5995435793
120.3440894424420.0825701297681-0.1455718842980.354974988268-0.2861408030270.215490660097-0.0229074983213-0.0326246961488-0.1331491904620.02213100841850.08270725461430.01301766693550.0979457879346-0.0154920564-1.0562421211E-50.225541134081-0.0165799148978-0.008635572219990.155172018576-0.02149932498360.24229245355516.1339395868-5.1227620209429.6039691761
130.347345688296-0.0205433470011-0.129372270760.3126658553420.3115265860860.447544688929-0.0901968195829-0.00749439940940.0577266535566-0.07278938962220.107046484287-0.03416944914840.001769328516380.01444733670871.19679784965E-50.190685354512-0.00829459067679-0.002784817476760.1415528346480.01014227139030.19906802325821.9324616612-3.3900924616627.696549814
140.632306696897-0.235553031682-0.06147412979690.202047684327-0.1586589201090.1987375605450.05397927127450.106309140884-0.156144599552-0.101663421538-0.0490265843635-0.07646601588060.09269574685930.0421573595431-0.002458267303890.3016520052580.0823758470840.05580718782840.233994840117-0.02675840627670.25054643949733.1393352106-18.60565701273.80212268642
150.0600317308744-0.0756512507311-0.008967187946580.2944270828620.3384813336030.456538549740.1675259896380.2270270755490.025241924109-0.1766098489460.174863317831-0.0117002982550.0818606188656-0.331601795231-9.28202099582E-50.343360695291-0.0666884814121-0.002090521583330.365697021971-0.005431469010970.3624247403428.4608102928-18.08513085714.59320969337
160.382635150421-0.0886353830458-0.0197594107120.7205159188080.3137200104580.3521807949870.04221879808440.270365125612-0.077491367916-0.187946925710.0548954609617-0.3378289686680.1798231244950.289404287580.07524130470770.2532625835840.03307708301680.07696261785250.363326935164-0.01790872468790.32296164251639.3396878101-15.97777500133.6548286625
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 20 )AA1 - 201 - 21
22chain 'A' and (resid 21 through 57 )AA21 - 5722 - 57
33chain 'A' and (resid 58 through 78 )AA58 - 7858 - 78
44chain 'A' and (resid 79 through 182 )AA79 - 18279 - 182
55chain 'B' and (resid 3 through 88 )BC3 - 881 - 86
66chain 'B' and (resid 89 through 194 )BC89 - 19487 - 187
77chain 'C' and (resid -1 through 10 )CH-1 - 101 - 12
88chain 'D' and (resid 2 through 131 )DI2 - 1311 - 114
99chain 'D' and (resid 132 through 213 )DI132 - 213115 - 194
1010chain 'E' and (resid 3 through 14 )EJ3 - 141 - 12
1111chain 'E' and (resid 15 through 37 )EJ15 - 3713 - 28
1212chain 'E' and (resid 38 through 75 )EJ38 - 7529 - 61
1313chain 'E' and (resid 76 through 120 )EJ76 - 12062 - 105
1414chain 'E' and (resid 121 through 173 )EJ121 - 173106 - 158
1515chain 'E' and (resid 174 through 199 )EJ174 - 199159 - 184
1616chain 'E' and (resid 200 through 255 )EJ200 - 255185 - 240

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る