PDB-9ejg: Peptide-independent T cell receptor recognition of HLA-DQ2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ejg

タイトル

Peptide-independent T cell receptor recognition of HLA-DQ2

要素

(G9 T cell receptor ...) x 2
HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain
MHC class II HLA-DQ-beta-1
glia-omega 1 peptide

キーワード

IMMUNE SYSTEM / T cell receptor / immune receptor / human leukocyte antigen

機能・相同性

機能・相同性情報

MHC class II receptor activity / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / MHC class II antigen presentation / trans-Golgi network membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Lim, J.J. / Loh, T.J. / Reid, H.H. / Rossjohn, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: A naturally selected alpha beta T cell receptor binds HLA-DQ2 molecules without co-contacting the presented peptide.
著者: Lim, J.J. / Jones, C.M. / Loh, T.J. / Dao, H.T. / Tran, M.T. / Tye-Din, J.A. / La Gruta, N.L. / Rossjohn, J.

履歴

登録	2024年11月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.2	2025年5月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb9ejg.ent.gz	273.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9ejg_validation.pdf.gz	513.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ejg_full_validation.pdf.gz	520.2 KB	表示
XML形式データ	9ejg_validation.xml.gz	42.6 KB	表示
CIF形式データ	9ejg_validation.cif.gz	56.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/9ejg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/9ejg	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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#209 - 2017年5月
組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (13)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
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ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (12)
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類似性 (12)
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レグマイン (Legumain)
類似性 (1)
#88 - 2007年4月
クラスリン (Clathrin)
類似性 (1)
#12 - 2000年12月
ペプシン (Pepsin)
類似性 (1)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#64 - 2005年4月
キネシン (Kinesin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain

C: glia-omega 1 peptide

D: G9 T cell receptor alpha chain

E: G9 T cell receptor beta chain

B: MHC class II HLA-DQ-beta-1

ヘテロ分子

95.8 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.947, 43.359, 257.586
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.103, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121
Space group name Hall	C2y(x,y,-x+z)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #4: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain / DC-1 alpha chain / DC-alpha / HLA-DCA / MHC class II DQA1 分子量: 20683.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DQA1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01909
#5: タンパク質	MHC class II HLA-DQ-beta-1 分子量: 22670.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DQB1 発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス) 参照: UniProt: O19712

-
G9 T cell receptor ... , 2種, 2分子 DE

#3: タンパク質	G9 T cell receptor alpha chain 分子量: 22841.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#4: タンパク質	G9 T cell receptor beta chain 分子量: 27296.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 3分子 C

#2: タンパク質・ペプチド

glia-omega 1 peptide

分子量: 1311.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト)
発現宿主:

Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)

#6: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 503分子

#7: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 493 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.07 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 8% Tacsimate, pH 8.0, 20-24% w/v PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→45.09 Å / Num. obs: 52980 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 32.68 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 2.2→2.27 Å / Num. unique obs: 4583 / CC_1/2: 0.83

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→45.09 Å / SU ML: 0.2254 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.8209
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2248	2693	5.09 %
R_work	0.1953	50264	-
obs	0.1968	52957	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→45.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6295	0	67	493	6855

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0039	6515
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7164	8869
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0463	992
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1150
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.5689	2278

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.24	0.2653	154	0.2397	2584	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.24-2.28	0.2784	170	0.2507	2617	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.28-2.33	0.308	119	0.237	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.38	0.2677	123	0.2349	2624	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.38-2.44	0.2807	148	0.2398	2626	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.44-2.5	0.2628	153	0.2229	2599	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.5-2.56	0.2477	148	0.2208	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.64	0.2363	138	0.2085	2579	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.72	0.2229	111	0.2137	2691	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.72-2.82	0.2368	117	0.2054	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-2.94	0.2275	150	0.2041	2608	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.94-3.07	0.1909	140	0.2005	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.23	0.222	149	0.1887	2628	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.23-3.43	0.2039	140	0.1758	2645	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.43-3.7	0.1891	137	0.1693	2649	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.7-4.07	0.1868	119	0.1758	2698	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.07-4.66	0.2124	144	0.1655	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
4.66-5.87	0.2198	159	0.1815	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
5.87-45.09	0.2423	174	0.2162	2790	X-RAY DIFFRACTION	99.8

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0134346946849	0.0211216601855	-0.0217328566851	0.0264057923679	-0.0124369916548	0.0512510371977	-0.0337951617932	-0.0773645774311	0.00802086168852	0.0857659021257	-0.0499111299924	-0.0367268580583	-0.16562536543	-0.261974734927	1.15934251216E-7	0.176488900511	0.104804849271	-0.0476411237299	0.204889723922	-0.0472659050543	0.175729661573	-1.60733845758	20.7826229792	48.3389869109
2	-0.00101478549408	-0.0027093238949	-0.00023361830882	0.00788069866442	0.00089563015224	0.00232431752841	0.017242415719	0.00634798522698	0.0777155286565	-0.00117462981104	-0.0255655508374	0.094318803938	-0.123298653417	-0.0350493563027	7.75780403943E-7	0.502674510709	0.0806320516964	-0.0797094186521	0.223686523991	-0.0432291306775	0.336479580167	1.11205149803	32.3220482772	53.0063931289
3	0.0185067960207	0.00909369538265	0.0205618059889	-0.00361683966483	-0.0109756966758	0.0109097122106	0.0275099704463	0.0298447715321	-0.0507231097981	-0.0138897245431	-0.116677238811	0.0717614335716	-0.167337972495	-0.337358585176	8.91056443599E-8	0.312441407685	0.0845501367899	-0.0741976860632	0.428886101501	-0.0204762858807	0.26496822956	-12.05775609	18.6900133185	38.4819590156
4	0.00510570297477	0.0054314542388	-0.00805295837551	-0.0026963976374	-0.000510233992842	0.00257207769243	-0.0314011189322	-0.0698744662206	0.00590894043421	0.0830789703311	0.0504944176852	0.00374764810581	-0.00461439344147	-0.00325712219671	-1.53608015469E-6	0.210088915483	0.0617053784822	0.043170330749	0.51782041187	-0.00238253532639	0.22794625941	-3.93610778348	12.8272847161	73.0092927317
5	0.020919738888	0.0147913973652	-0.0301803831689	0.0037953818549	0.0183417479034	0.00298167790516	-0.254634233075	-0.303888123915	-0.0918868200027	0.0686393390484	-0.0111280313084	0.110992143229	-0.0133717025635	-0.527046628356	3.96672068244E-8	-1.25927294994	0.420390784707	0.482360621856	0.600360549655	-0.108776064405	0.119188316891	-11.8615632046	14.7636540886	63.9349717362
6	0.00201472607917	-0.00290497034505	0.00291186927607	0.00295454394189	0.00152028689556	0.000517965174459	0.0585227831393	0.0051643463374	0.0315672069746	0.0339658261684	0.0295148911478	-0.0363378966496	-0.0541967998395	-0.0173726000506	4.45059019102E-6	0.388731877998	0.0676920713188	-0.0379760458766	0.342912057066	0.0471268389181	0.381460861752	1.36688640518	25.6204806578	37.1260821991
7	0.0852056385492	0.00252543114226	0.0541786898833	0.0807457909363	0.0679501544158	0.0709568219114	0.0169036913262	0.10554142363	0.0240015267162	0.0135189917753	-0.0538285361516	0.00146564701086	0.193336216132	-0.196609734356	5.88397023393E-9	0.221062148717	-0.0111178894124	-0.0179884783195	0.220933856408	-0.0192224706133	0.162864950669	5.89152458986	-0.218422393231	9.39344271579
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 3 through 37 )	A	A	3 - 37	1 - 36
2	2	chain 'A' and (resid 38 through 57 )	A	A	38 - 57	37 - 55
3	3	chain 'A' and (resid 58 through 89 )	A	A	58 - 89	56 - 87
4	4	chain 'A' and (resid 90 through 103 )	A	A	90 - 103	88 - 101
5	5	chain 'A' and (resid 104 through 182 )	A	A	104 - 182	102 - 180
6	6	chain 'C' and (resid 0 through 9 )	C	C	0 - 9	1 - 10
7	7	chain 'D' and (resid 3 through 108 )	D	D	3 - 108	1 - 90
8	8	chain 'D' and (resid 109 through 131 )	D	D	109 - 131	91 - 113
9	9	chain 'D' and (resid 132 through 165 )	D	D	132 - 165	114 - 147
10	10	chain 'D' and (resid 166 through 190 )	D	D	166 - 190	148 - 172
11	11	chain 'D' and (resid 191 through 213 )	D	D	191 - 213	173 - 195
12	12	chain 'E' and (resid 3 through 14 )	E	E	3 - 14	1 - 12
13	13	chain 'E' and (resid 15 through 37 )	E	E	15 - 37	13 - 28
14	14	chain 'E' and (resid 38 through 57 )	E	E	38 - 57	29 - 48
15	15	chain 'E' and (resid 58 through 99 )	E	E	58 - 99	49 - 84
16	16	chain 'E' and (resid 100 through 121 )	E	E	100 - 121	85 - 106
17	17	chain 'E' and (resid 122 through 152 )	E	E	122 - 152	107 - 137
18	18	chain 'E' and (resid 153 through 215 )	E	E	153 - 215	138 - 200
19	19	chain 'E' and (resid 216 through 227 )	E	E	216 - 227	201 - 212
20	20	chain 'E' and (resid 228 through 256 )	E	E	228 - 255	213 - 240
21	21	chain 'B' and (resid 3 through 97 )	B	G	3 - 97	1 - 95
22	22	chain 'B' and (resid 98 through 194 )	B	G	98 - 194	96 - 189

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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