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万見
- PDB-9ej6: Rat cytosolic PEPCK in complex with GTP and beta-sulfopyruvate (313K) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ej6
タイトルRat cytosolic PEPCK in complex with GTP and beta-sulfopyruvate (313K)
要素Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic [GTP]
キーワードLYASE / Inhibitor complex / Metabolic enzyme / Multi-temperature / Ambient temperature
機能・相同性
機能・相同性情報


Gluconeogenesis / response to methionine / phosphoenolpyruvate carboxykinase activity / protein serine kinase activity (using GTP as donor) / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-セリン/スレオニンキナーゼ / cellular response to potassium ion starvation / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) activity / glycerol biosynthetic process from pyruvate / propionate catabolic process ...Gluconeogenesis / response to methionine / phosphoenolpyruvate carboxykinase activity / protein serine kinase activity (using GTP as donor) / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-セリン/スレオニンキナーゼ / cellular response to potassium ion starvation / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) / phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) activity / glycerol biosynthetic process from pyruvate / propionate catabolic process / cellular response to raffinose / tricarboxylic acid metabolic process / regulation of lipid biosynthetic process / response to interleukin-6 / cellular response to fructose stimulus / carboxylic acid binding / cellular hypotonic salinity response / cellular hypotonic response / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / oxaloacetate metabolic process / hepatocyte differentiation / positive regulation of memory T cell differentiation / cellular hyperosmotic response / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / cellular hyperosmotic salinity response / nucleoside diphosphate kinase activity / response to lipid / response to starvation / cellular response to interleukin-1 / positive regulation of lipid biosynthetic process / cellular response to retinoic acid / cellular response to cAMP / cellular response to glucagon stimulus / cellular response to dexamethasone stimulus / response to activity / gluconeogenesis / response to insulin / response to bacterium / response to nutrient levels / cellular response to glucose stimulus / lipid metabolic process / cellular response to insulin stimulus / glucose metabolic process / GDP binding / glucose homeostasis / cellular response to tumor necrosis factor / peptidyl-serine phosphorylation / manganese ion binding / cellular response to hypoxia / response to lipopolysaccharide / GTP binding / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, conserved site / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, GTP-utilising, N-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase C-terminal P-loop domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase N-terminal domain / Phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) signature. / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / SULFOPYRUVATE / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic [GTP]
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者McLeod, M.J. / Barwell, S.A.E. / Holyoak, T. / Thorne, R.E.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-2210041 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM127528-02 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: A structural perspective on the temperature dependent activity of enzymes.
著者: McLeod, M.J. / Barwell, S.A.E. / Holyoak, T. / Thorne, R.E.
履歴
登録2024年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic [GTP]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1276
ポリマ－69,2711
非ポリマー8565
水1,53185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.903, 120.204, 60.984
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic [GTP] / PEPCK-C / Serine-protein kinase PCK1


分子量: 69271.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Pck1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P07379, phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP), 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-セリン/スレオニンキナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-SPV / SULFOPYRUVATE / スルホピルビン酸


分子量: 168.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O6S
#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.18 %
結晶化温度: 313 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.5 uL of 100 mM MnCl2, 10 mM GTP, and 18-28% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 313 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: 7B2 / 波長: 1.1271 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1271 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→120.13 Å / Num. obs: 23400 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 3.42 % / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Rpim(I) all: 0.089 / Rrim(I) all: 1.67 / Net I/σ(I): 4
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 3.06 % / Rmerge(I) obs: 0.903 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 1201 / CC1/2: 0.606 / Rpim(I) all: 0.609 / Rrim(I) all: 1.093 / % possible all: 99.92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→60.1 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 1082 4.64 %
Rwork0.1994 --
obs0.2006 23317 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→60.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4869 0 45 85 4999
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.506
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5351920
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041723
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004900
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.510.30671170.27552746X-RAY DIFFRACTION97
2.51-2.650.31021330.2652772X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.810.31011330.23732778X-RAY DIFFRACTION100
2.81-3.030.26461680.21842739X-RAY DIFFRACTION100
3.03-3.330.20681330.1962764X-RAY DIFFRACTION100
3.33-3.820.22121430.17762818X-RAY DIFFRACTION100
3.82-4.810.17351240.16192776X-RAY DIFFRACTION100
4.81-60.10.20271310.19832842X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.28990.1512-0.3882.69240.98092.9499-0.03610.1784-0.0021-0.37030.1975-0.1459-0.09480.4667-0.12450.616-0.00520.24190.3288-0.01270.532.5792-10.9846-7.0213
25.6971-0.65860.18615.19820.32785.83080.18910.37310.1091-0.4495-0.0889-0.11670.1870.3615-0.01120.4933-0.02560.18390.1561-0.07850.3966-1.8714-12.3525-6.5636
31.1754-0.46580.06692.32410.69981.0681-0.02810.0393-0.0627-0.11580.0789-0.04340.12470.103-0.05970.5116-0.0360.18450.21270.00140.457-7.1606-2.56188.8575
41.47290.388-0.76275.4542-0.66061.72740.0031-0.3903-0.45890.2441-0.0406-0.09210.49420.11220.03530.6293-0.03970.23780.2797-0.03430.385-5.8081-12.910615.7045
52.73611.99250.78051.9734-0.26315.7022-0.07120.0275-0.42680.0740.152-0.20710.30180.34890.02560.38980.02290.10680.1434-0.00660.4353-0.463212.130817.4569
62.99421.01850.07144.230.36231.4816-0.0537-0.22080.10870.1230.0771-0.14-0.15890.0844-0.02080.54220.00610.15230.16840.01410.427-3.030317.260219.1817
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 163 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 164 through 206 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 207 through 378 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 379 through 427 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 428 through 474 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 475 through 622 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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