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- PDB-9eiu: Crystal structure of the human Cavin1 HR1 TS/DD mutant domain bou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9eiu
タイトルCrystal structure of the human Cavin1 HR1 TS/DD mutant domain bound to nanobody B7
要素
  • Caveolae-associated protein 1
  • Nanobody B7
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Caveolae / Cavin1 / nanobody
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA primary transcript binding / RNA Polymerase I Transcription Termination / positive regulation of cell motility / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / rRNA transcription / protein secretion / RHOA GTPase cycle ...rRNA primary transcript binding / RNA Polymerase I Transcription Termination / positive regulation of cell motility / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / rRNA transcription / protein secretion / RHOA GTPase cycle / caveola / membrane raft / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cavin family / PTRF/SDPR family
類似検索 - ドメイン・相同性
Caveolae-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Collins, B.M. / Gao, Y.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: J.Cell.Sci. / 年: 2025
タイトル: Nanobodies against Cavin1 reveal structural flexibility and regulated interactions of its N-terminal coiled-coil domain.
著者: Gao, Y. / Tillu, V.A. / Wu, Y. / Rae, J. / Hall, T.E. / Chen, K.E. / Weeratunga, S. / Guo, Q. / Livingstone, E. / Tham, W.H. / Parton, R.G. / Collins, B.M.
履歴
登録2024年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年9月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caveolae-associated protein 1
B: Nanobody B7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2832
ポリマ－26,2832
非ポリマー00
水00
1
A: Caveolae-associated protein 1
B: Nanobody B7

A: Caveolae-associated protein 1
B: Nanobody B7

A: Caveolae-associated protein 1
B: Nanobody B7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,8486
ポリマ－78,8486
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area10190 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area20450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.669, 58.669, 61.293
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number143
Space group name H-MP3
Space group name HallP3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z

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要素

#1: タンパク質 Caveolae-associated protein 1 / Cavin-1 / Polymerase I and transcript release factor


分子量: 12761.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAVIN1, PTRF, FKSG13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6NZI2
#2: 抗体 Nanobody B7


分子量: 13520.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M potassium thiocyanate, 20% PEG 3350 and 0.2 M potassium citrate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→30.65 Å / Num. obs: 1975 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 94.34 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 4→4.5 Å / Num. unique obs: 572 / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.077

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4→30.65 Å / SU ML: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.06 / 位相誤差: 31.1874
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2635 130 6.58 %
Rwork0.2025 1845 -
obs0.2063 1975 98.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 183.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→30.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1211 0 0 0 1211
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00411226
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78621657
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0485188
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0097217
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5354452
LS精密化 シェル解像度: 4→30.65 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2635 130 -
Rwork0.2025 1845 -
obs--98.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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