PDB-9eis: Ethylene forming enzyme in complex with manganese and 2-oxoglutar...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9eis

タイトル

Ethylene forming enzyme in complex with manganese and 2-oxoglutarate from Penicillium digitatum

要素

2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme

キーワード

OXIDOREDUCTASE / 2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

small molecule biosynthetic process / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Penicillium digitatum Pd1 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Chatterjee, S. / Rankin, J.A. / Farrugia, M.A. / Hu, J. / Hausinger, R.P.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2025
タイトル: Biochemical, Structural, and Conformational Characterization of a Fungal Ethylene-Forming Enzyme.
著者: Chatterjee, S. / Rankin, J.A. / Farrugia, M.A. / J S Rifayee, S.B. / Christov, C.Z. / Hu, J. / Hausinger, R.P.

履歴

登録	2024年11月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	9eis_full_validation.pdf.gz	952.3 KB	表示
XML形式データ	9eis_validation.xml.gz	58.7 KB	表示
CIF形式データ	9eis_validation.cif.gz	75.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/9eis ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/9eis	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9eirC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme

B: 2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme

C: 2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme

D: 2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme

ヘテロ分子

184 kDa, 4 ポリマー
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1

A: 2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
46 kDa, 1 ポリマー
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2

B: 2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: 2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46 kDa, 1 ポリマー
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4

D: 2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	104.159, 117.400, 140.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	2-oxoglutarate-dependent ethylene/succinate-forming enzyme 分子量: 45806.812 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Penicillium digitatum Pd1 (菌類) / 遺伝子: Pdw03_5776 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7T7BQH3

-
非ポリマー , 5種, 321分子

#2: 化合物	ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸分子量: 146.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.62 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 10 % PEG 8000, 100 mM imidazole-HCl (pH 8.0), and 200 mM calcium acetate and soaked overnight with 1 mM MnCl2 and 2OG

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.127 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.127 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→90.1 Å / Num. obs: 43000 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.949 / Net I/σ(I): 5.5
反射シェル	解像度: 2.8→2.91 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4494 / CC_1/2: 0.352

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.8→22.85 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.51 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2865	2082	4.86 %
R_work	0.2499	-	-
obs	0.2517	42805	99.32 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→22.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9916	0	30	312	10258

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.019	10233
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.56	13945
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.284	3672
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.096	1518
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1835

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.86	0.3506	130	0.3243	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-2.94	0.3162	143	0.3182	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-3.02	0.2945	139	0.3019	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.1	0.3036	136	0.3033	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.2	0.3642	150	0.3069	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-3.32	0.3314	138	0.2978	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.45	0.2849	140	0.2681	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.61	0.2752	137	0.2439	2582	X-RAY DIFFRACTION	95
3.61-3.8	0.2436	133	0.2443	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8-4.03	0.3178	129	0.2355	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
4.03-4.34	0.2477	133	0.2128	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
4.34-4.78	0.2643	134	0.2033	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
4.78-5.46	0.2525	146	0.2188	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
5.46-6.85	0.3022	156	0.2486	2708	X-RAY DIFFRACTION	98
6.85-22.85	0.2782	138	0.2326	2879	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8525	-0.1179	-1.1209	4.1158	2.7386	3.8133	-0.6415	0.1948	0.2943	-0.7722	0.1594	-0.1831	0.0108	-0.0664	0.4806	0.8928	0.272	0.1675	0.5205	0.0638	0.6946	-33.6467	-7.1957	-25.4939
2	0.5661	-0.1202	-0.3169	0.3655	-0.0282	1.0427	0.2322	-0.0086	0.2312	0.4316	0.2916	0.1737	-0.688	-0.5231	-0.1479	1.347	0.8652	0.3319	1.2343	0.2462	0.0462	-21.7169	-31.1149	-23.5254
3	0.26	0.3132	-0.2774	9.4475	5.3711	4.0421	0.0445	0.1931	0.2422	0.4524	0.6571	-0.274	-0.3656	0.1735	-0.6488	1.0775	0.5611	0.1873	0.9547	0.089	0.4774	-25.0677	-18.9473	-17.1136
4	7.0303	4.2662	2.8484	5.946	1.6936	3.6183	0.3065	-0.8424	-0.6735	0.3331	-0.2438	0.4185	-0.1877	-0.5007	-0.0728	0.6414	0.3881	0.0382	0.9061	0.1994	0.8862	-39.7365	-24.0054	-25.4151
5	1.1039	-0.4747	0.1294	1.9664	-0.6369	0.5557	0.1614	0.6191	-0.0778	0.5112	-0.0854	0.5732	0.1415	0.133	-0.0709	0.7416	0.3069	0.1365	0.8926	0.191	0.5603	-36.6478	-21.9703	-20.6398
6	4.3766	-0.2714	0.9008	5.5279	0.7394	2.5171	0.1343	0.0061	0.6811	0.4054	-0.4677	0.8995	-0.0578	0.2127	0.357	0.9515	0.3106	0.1552	0.5351	0.0652	0.8443	-28.527	-14.2429	-5.1282
7	0.188	-0.0133	-0.3708	7.9362	2.7461	1.6343	-0.1609	-0.3262	0.0176	0.2563	0.1559	0.9775	-0.1137	0.0309	0.0211	0.4782	0.1563	0.1628	0.6374	0.2222	0.5138	-29.393	-28.5617	-7.094
8	1.071	0.9954	-1.1145	2.2532	-2.1953	2.1764	-0.2301	-0.5749	-0.0673	0.3318	-0.1367	-0.1181	-0.3109	-0.0106	0.325	0.7453	0.181	0.0772	1.189	0.1003	0.454	-22.6218	-35.7373	-4.2466
9	1.6404	-0.0693	0.1605	1.7028	-0.0519	0.8432	0.1863	0.1657	-0.2165	-0.8014	-0.109	0.3023	-0.4478	0.8023	-0.0104	0.4199	-0.2418	0.1096	0.4214	0.0275	0.1358	-1.5554	-4.9454	-58.332
10	1.0163	1.0168	0.8553	2.3219	0.415	1.7071	-0.081	0.2097	0.0373	-0.4178	0.1363	-0.0146	-0.5544	0.7098	-0.0656	0.4037	-0.2044	-0.0095	0.4147	0.0711	0.2199	2.9205	0.6031	-50.828
11	1.5169	-0.0368	0.7813	1.7046	1.4383	4.1705	0.0198	-0.0352	-0.1168	0.0079	0.0913	0.0114	0.1574	0.3393	-0.0959	0.2342	-0.039	0.0232	0.1873	0.0279	0.2018	2.7568	-6.0733	-43.6117
12	2.5679	0.4147	0.6416	1.5423	-0.4207	1.3731	0.0346	0.726	0.1432	-0.1858	-0.0172	-0.1291	-0.1114	0.1459	0.0318	0.3592	0.0312	0.1515	0.4325	0.0987	0.3066	21.9261	-46.412	-81.5774
13	2.8896	0.6733	-1.3969	1.7756	0.8433	4.0572	0.0371	0.5415	0.1572	-0.2466	0.1426	-0.0668	0.0135	-0.3283	-0.107	0.3143	0.0309	-0.0032	0.2914	0.0479	0.1541	0.9069	-60.2704	-73.6247
14	2.6635	1.343	-1.2876	0.7266	-0.8913	1.8478	0.0549	-0.1402	-0.039	0.0339	-0.0072	-0.0622	-0.1526	0.0511	-0.1018	0.2932	0.0703	0.0062	0.203	-0.0248	0.2614	12.4823	-56.0157	-64.1254
15	2.076	0.4255	0.124	1.9284	-0.7342	2.4119	0.0213	0.6359	0.2461	-0.0935	0.4321	0.7274	-0.0328	-0.9148	-0.3583	0.3032	0.0607	0.0463	0.6428	0.1993	0.4679	4.0181	-48.4664	-81.2767
16	2.4935	0.6146	-1.266	1.592	-0.1325	2.7252	0.2079	0.1392	0.4156	0.0954	-0.0012	0.0915	-0.4943	-0.1569	-0.1783	0.3079	0.0629	0.0288	0.2205	0.0514	0.288	8.6939	-44.3027	-66.7026
17	1.3356	-0.8012	-0.599	2.7467	0.1537	1.4863	0.149	0.1889	-0.1193	-0.4051	-0.054	-0.1558	0.119	0.1811	-0.0965	0.3079	-0.0075	-0.0714	0.3428	-0.0203	0.2135	14.6385	-20.9348	-23.3785
18	3.2646	0.4464	-1.5552	6.0389	-0.0215	6.5841	0.6186	-0.4883	0.2484	0.6972	-0.1109	-1.3959	-1.3329	0.796	-0.5149	0.5553	0.0763	-0.0871	0.6976	-0.1504	0.6236	29.7196	-14.3127	-17.9543
19	1.568	-0.318	-0.1082	2.5701	0.4795	1.8465	0.1399	0.0275	-0.2241	-0.0412	0.0517	-0.1779	0.1323	0.195	-0.1667	0.1958	0.0386	-0.0832	0.2645	-0.022	0.2772	20.1984	-26.1721	-15.6647
20	1.2579	0.1549	-1.441	1.6776	0.1895	1.7022	0.0108	-0.1131	-0.136	0.0801	-0.0796	0.1481	-0.2573	-0.3923	0.0366	0.6061	0.4503	0.093	1.3382	0.2124	0.8421	-40.1015	-15.6332	-31.5875

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'D' and (resid 74 through 98 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'D' and (resid 99 through 208 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'D' and (resid 209 through 232 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 233 through 311 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 312 through 343 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 344 through 365 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 366 through 380 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 381 through 407 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 46 through 133 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 134 through 271 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 272 through 407 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 48 through 98 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 99 through 155 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 156 through 232 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 233 through 270 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 271 through 407 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 46 through 232 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 233 through 256 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 257 through 407 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 45 through 73 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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