PDB-9eif: A broad-substrate spectrum lactate racemase A from Isosphaera pal...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9eif

タイトル

A broad-substrate spectrum lactate racemase A from Isosphaera pallida in complex with D-2-Hydroxyisovalerate

要素

A broad-substrate spectrum lactate racemase A

キーワード

ISOMERASE / Catalytic activity / isomerase activity / racemase and epimerase activity racemase acting on hydroxy acids and derivatives

機能・相同性

機能・相同性情報

lactate racemase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Isosphaera pallida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Gatreddi, S. / Hausinger, R.P. / Hu, J.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM128959	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM140931	米国

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Structural Basis for Catalysis and Substrate Specificity of a LarA Racemase with a Broad Substrate Spectrum.
著者: Gatreddi, S. / Urdiain-Arraiza, J. / Desguin, B. / Hausinger, R.P. / Hu, J.

履歴

登録	2024年11月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9eif.cif.gz	190.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9eif.ent.gz	146.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9eif.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9eif_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9eif_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	9eif_validation.xml.gz	42.1 KB	表示
CIF形式データ	9eif_validation.cif.gz	59.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/9eif ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/9eif	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9eiaC 9eidC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: A broad-substrate spectrum lactate racemase A

B: A broad-substrate spectrum lactate racemase A

ヘテロ分子

93.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: A broad-substrate spectrum lactate racemase A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
46.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: A broad-substrate spectrum lactate racemase A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.024, 45.246, 118.218
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.06, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	A broad-substrate spectrum lactate racemase A 分子量: 45898.801 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Isosphaera pallida (バクテリア) / 遺伝子: Isop_3476 / 発現宿主: Lactococcus lactis (乳酸菌) / 株 (発現宿主): NZ3900 / 参照: UniProt: E8QWZ4

-
非ポリマー , 6種, 644分子

#2: 化合物	ChemComp-4EY / 3-methanethioyl-1-(5-O-phosphono-beta-D-ribofuranosyl)-5-(sulfanylcarbonyl)pyridin-1-ium / Dithiodinicotinic acid mononucleotide 分子量: 396.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₅NO₈PS₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-VAD / DEAMINOHYDROXYVALINE / (R)-2-ヒドロキシ-3-メチルブタン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 118.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 635 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.85 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Imidazole/MES monohydrate, pH 6.5, 20 % PEG 500 MME, 20% PEG 20,000, and 120 mM each of monosaccharides (D-Glucose, D-Mannose, D-Galactose, L-Fucose, D-Xylose and N-Acetyl-D-Glucosamine) ...詳細: 0.1 M Imidazole/MES monohydrate, pH 6.5, 20 % PEG 500 MME, 20% PEG 20,000, and 120 mM each of monosaccharides (D-Glucose, D-Mannose, D-Galactose, L-Fucose, D-Xylose and N-Acetyl-D-Glucosamine), and 3 mM D-2-hydroxyisovaleric acid (pH adjusted with 95 mM NaOH, pH ~7-8)

結晶

マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.85 %

結晶化

温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Imidazole/MES monohydrate, pH 6.5, 20 % PEG 500 MME, 20% PEG 20,000, and 120 mM each of monosaccharides (D-Glucose, D-Mannose, D-Galactose, L-Fucose, D-Xylose and N-Acetyl-D-Glucosamine) ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年5月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→29.71 Å / Num. obs: 100330 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.118 / R_pim(I) all: 0.048 / R_rim(I) all: 0.127 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / R_merge(I) obs: 0.716 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 4682 / CC_1/2: 0.762 / R_pim(I) all: 0.291 / R_rim(I) all: 0.774 / % possible all: 93.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.18.2_3874: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→29.71 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.191	10039	5.15 %
R_work	0.166	-	-
obs	0.1673	100303	98.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→29.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6342	0	90	635	7067

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6694
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.015	9187
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.891	957
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	1096
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1189

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.67	0.2928	330	0.2589	5721	X-RAY DIFFRACTION	92
1.67-1.69	0.2765	332	0.255	6241	X-RAY DIFFRACTION	99
1.69-1.71	0.2984	306	0.2471	6105	X-RAY DIFFRACTION	99
1.71-1.73	0.2469	279	0.2431	6177	X-RAY DIFFRACTION	98
1.73-1.75	0.2381	355	0.2283	6072	X-RAY DIFFRACTION	98
1.75-1.78	0.243	310	0.2214	6143	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.8	0.2742	334	0.213	6189	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8-1.83	0.2277	333	0.2034	6160	X-RAY DIFFRACTION	99
1.83-1.86	0.2133	313	0.1979	6204	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.89	0.2208	308	0.1896	6143	X-RAY DIFFRACTION	97
1.89-1.92	0.2049	393	0.1893	6105	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.96	0.2144	339	0.18	6210	X-RAY DIFFRACTION	99
1.96-1.99	0.2004	356	0.1702	6068	X-RAY DIFFRACTION	99
1.99-2.03	0.2198	300	0.165	6328	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.08	0.2001	321	0.1667	6146	X-RAY DIFFRACTION	98
2.08-2.13	0.1958	332	0.16	6196	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.18	0.2031	360	0.1568	6127	X-RAY DIFFRACTION	99
2.18-2.24	0.1915	294	0.1597	6248	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.3	0.186	324	0.1591	6145	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3-2.38	0.1951	348	0.1572	6283	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.46	0.2061	379	0.1558	6150	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.56	0.1886	329	0.1534	6180	X-RAY DIFFRACTION	99
2.56-2.68	0.1786	359	0.1546	6228	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.82	0.1819	330	0.1555	6226	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-3	0.1748	397	0.1619	6167	X-RAY DIFFRACTION	100
3-3.23	0.193	376	0.1628	6152	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-3.55	0.1618	340	0.1538	6212	X-RAY DIFFRACTION	100
3.55-4.07	0.1541	262	0.1391	6316	X-RAY DIFFRACTION	100
4.07-5.12	0.1424	304	0.1319	6264	X-RAY DIFFRACTION	100
5.12-29.71	0.1676	396	0.1603	6136	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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