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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9ei8 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of 5E10 Fab in complex with H3 influenza Singapore 2016 HA trimer | |||||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / HA / influenza / flu / N-term / H3 / sing16 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.83 Å | |||||||||
![]() | Gorman, J. / Kwong, P.D. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The N terminus of H3-influenza hemagglutinin as a site-of-vulnerability to neutralizing antibody 著者: Rawi, R. / Morano, N.C. / Cheung, C.S.-F. / Du, H. / Gorman, J. / Prabhakaran, M. / Becker, J.E. / Bylund, T. / Charaf, S. / Chen, X. / Lee, M. / Harris, D.R. / Olia, A.S. / Ou, L. / Wang, L. ...著者: Rawi, R. / Morano, N.C. / Cheung, C.S.-F. / Du, H. / Gorman, J. / Prabhakaran, M. / Becker, J.E. / Bylund, T. / Charaf, S. / Chen, X. / Lee, M. / Harris, D.R. / Olia, A.S. / Ou, L. / Wang, L. / Wang, S. / Zhang, B. / Kanekiyo, M. / McDermott, A. / Zhou, T. / Shapiro, L. / Kwong, P.D. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 282.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 233 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 53.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 79.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37357.293 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: HA / 発現宿主: ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 26630.529 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: HA / 発現宿主: ![]() #3: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #5: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: 5E10 Fab in complex with H3 influenza Singapore 2016 HA trimer タイプ: COMPLEX / 詳細: 5E10 fab not built / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: PBS |
試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 293 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 51.19 e/Å2 / 検出モード: COUNTING / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 28375 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 3.83 Å 立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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