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- PDB-9ehu: Crystal structure of the Gamak virus attachment protein head domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ehu
タイトルCrystal structure of the Gamak virus attachment protein head domain
要素Gamak virus attachment protein head domain
キーワードVIRAL PROTEIN / fusion / glycoprotein / virus
生物種Measles morbillivirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.42 Å
データ登録者Lindenberger, J. / Acharya, P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI165147 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Structural and antigenic characterization of novel and diverse Henipavirus glycoproteins.
要旨: Henipaviruses, a genus within the Paramyxoviridae family, include the highly virulent Nipah and Hendra viruses that cause reoccurring outbreaks of deadly disease. Recent discoveries of several new ...Henipaviruses, a genus within the Paramyxoviridae family, include the highly virulent Nipah and Hendra viruses that cause reoccurring outbreaks of deadly disease. Recent discoveries of several new Paramyxoviridae species, including the zoonotic Langya virus, have revealed much higher antigenic diversity than currently characterized and prompted the reorganization of these viruses into the Henipavirus and Parahenipavirus genera. Here, to explore the limits of structural and antigenic variation in both genera, collectively referred to here as HNVs, we constructed an expanded, antigenically diverse panel of HNV fusion and attachment glycoproteins from 56 unique HNV strains that better reflects global HNV diversity. We expressed and purified the fusion protein ectodomains and the attachment protein head domains and characterized their biochemical, biophysical and structural properties. We performed immunization experiments in mice leading to the elicitation of antibodies reactive to multiple HNV fusion proteins. Cryo-electron microscopy structures of diverse fusion proteins elucidated molecular determinants of differential pre-fusion state metastability and higher order contacts. A crystal structure of the Gamak virus attachment head domain revealed an additional domain added to the conserved 6-bladed, β-propeller fold. Taken together, these studies expand the known structural and antigenic limits of the HNVs, reveal new cross-reactive epitopes within both genera and provide foundational data for the development of broadly reactive countermeasures.
履歴
登録2024年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamak virus attachment protein head domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7069
ポリマ－52,5631
非ポリマー1,1428
水4,035224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.479, 85.479, 162.621
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Gamak virus attachment protein head domain


分子量: 52563.352 Da / 分子数: 1 / 断片: Head domain with 8x histidine tag / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Measles morbillivirus (ウイルス) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 230分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 0.2 M magnesium sulfate heptahydrate, 20% w/v PEG3350 at pH 7.1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.42→67.38 Å / Num. obs: 127371 / % possible obs: 97.09 % / 冗長度: 16.8 % / Biso Wilson estimate: 21.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 1.42→1.43 Å / Rmerge(I) obs: 7.497 / Num. unique obs: 5851 / Rpim(I) all: 2.381

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21rc1_5127精密化
PHASER位相決定
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.42→67.38 Å / SU ML: 0.222 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.5157
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2265 6509 5.13 %
Rwork0.2094 120360 -
obs0.2102 126869 97.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.42→67.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3462 0 70 224 3756
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00563609
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85824929
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0837577
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062619
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.16191253
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.42-1.430.42641540.42383645X-RAY DIFFRACTION87.9
1.43-1.450.41782160.41353677X-RAY DIFFRACTION89.82
1.45-1.470.39411870.38173799X-RAY DIFFRACTION92.46
1.47-1.490.40091780.36483777X-RAY DIFFRACTION92.64
1.49-1.510.32631940.35463836X-RAY DIFFRACTION92.75
1.51-1.530.33961920.32943810X-RAY DIFFRACTION92.98
1.53-1.550.33262360.31383813X-RAY DIFFRACTION94.65
1.55-1.570.28412120.28973909X-RAY DIFFRACTION94.89
1.57-1.60.32062330.28423838X-RAY DIFFRACTION94.96
1.6-1.620.30282340.28143879X-RAY DIFFRACTION95.5
1.62-1.650.3032110.28093975X-RAY DIFFRACTION96.16
1.65-1.680.28252290.26573952X-RAY DIFFRACTION96.78
1.68-1.710.26782110.27064009X-RAY DIFFRACTION97.66
1.71-1.750.31032220.27264007X-RAY DIFFRACTION98.19
1.75-1.790.28142150.25814094X-RAY DIFFRACTION98.63
1.79-1.830.26042090.23854052X-RAY DIFFRACTION98.95
1.83-1.870.23972390.22624080X-RAY DIFFRACTION99.42
1.87-1.920.24992450.20814039X-RAY DIFFRACTION99.54
1.92-1.980.20271960.19164182X-RAY DIFFRACTION99.66
1.98-2.050.22192210.1884090X-RAY DIFFRACTION99.95
2.05-2.120.20912520.19454090X-RAY DIFFRACTION100
2.12-2.20.21052510.19754126X-RAY DIFFRACTION99.98
2.2-2.30.21092260.19214141X-RAY DIFFRACTION100
2.3-2.420.22071990.18614184X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.580.19942190.19664134X-RAY DIFFRACTION99.98
2.58-2.780.22922350.19694158X-RAY DIFFRACTION99.98
2.78-3.050.21072380.18974214X-RAY DIFFRACTION100
3.06-3.50.19512090.18564190X-RAY DIFFRACTION99.93
3.5-4.410.21732110.18434255X-RAY DIFFRACTION99.4
4.41-67.380.19282350.20154405X-RAY DIFFRACTION99.12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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