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- PDB-9eh6: Crystal Structure of AroC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9eh6
タイトルCrystal Structure of AroC
要素Alpha/beta hydrolase fold-5 domain-containing protein
キーワードHYDROLASE / Enzyme catalysis / PET / SSNs / Thermostability
機能・相同性Alpha/beta hydrolase fold-5 / Alpha/beta hydrolase family / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / Alpha/beta hydrolase fold-5 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Caldilinea aerophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Hu, Z. / Klupt, K. / Zechel, D. / Jia, Z. / Howe, G.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2020-04455 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2024-05181 カナダ
引用ジャーナル: Chembiochem / : 2025
タイトル: Mining Thermophile Genomes for New PETases with Exceptional Thermostabilities Using Sequence Similarity Networks.
著者: Hu, Z. / Klupt, K. / Zechel, D.L. / Jia, Z. / Howe, G.
履歴
登録2024年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22025年4月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32025年7月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42025年7月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha/beta hydrolase fold-5 domain-containing protein
B: Alpha/beta hydrolase fold-5 domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5842
ポリマ-49,5842
非ポリマー00
2,144119
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1340 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area17430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.189, 46.817, 76.468
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.969, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Alpha/beta hydrolase fold-5 domain-containing protein


分子量: 24791.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Synthetic Gene
由来: (組換発現) Caldilinea aerophila (バクテリア)
: Caldilinea aerophila / 遺伝子: CLDAP_20430 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I0I495
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM Sodium Acetate pH 4.5 8% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.95299 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年1月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95299 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→46.82 Å / Num. obs: 18709 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2.25→2.32 Å / Num. unique obs: 1703 / CC1/2: 0.987 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0415精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→40.504 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 6.732 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.386 / ESU R Free: 0.241 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2401 902 4.831 %
Rwork0.1861 17771 -
all0.189 --
obs-18673 99.69 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 20.616 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.121 Å2-0 Å2-0.886 Å2
2--0.132 Å2-0 Å2
3---0.113 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→40.504 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3286 0 0 119 3405
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0123371
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4561.6444607
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2535433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg6.257522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.08610466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg15.13810156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2504
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022700
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.21461
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.22266
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.2131
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2130.280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1110.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3681.9221741
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0513.442171
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8672.161630
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4973.8392436
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.61723.1474954
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.25-2.3080.273640.22612880.22913570.950.96899.63150.21
2.308-2.3710.258550.20912880.21113460.9520.97399.77710.195
2.371-2.440.383590.19912300.20712930.920.97699.69060.188
2.44-2.5150.274650.19611760.212420.950.97799.91950.185
2.515-2.5970.261480.211950.20212440.9560.97699.91960.191
2.597-2.6880.254610.20511120.20711740.960.97599.91480.198
2.688-2.7890.216540.21110860.21111440.9750.97399.65030.207
2.789-2.9020.325620.19510440.20211060.9380.9761000.195
2.902-3.030.299520.20810030.21210580.9470.97299.71640.211
3.03-3.1770.224400.2019760.20210160.970.9751000.206
3.177-3.3480.259430.1959310.1979760.9590.97999.79510.202
3.348-3.5490.224570.1828490.1849090.9720.98199.670.191
3.549-3.7920.259340.1778100.188520.9450.98399.0610.186
3.792-4.0930.195450.1667580.1678120.9760.98398.89160.178
4.093-4.4790.209480.1526950.1567480.9770.98799.33160.174
4.479-5.0010.152350.1446360.1456740.990.98799.55490.164
5.001-5.760.282240.1545790.1596030.9610.9871000.171
5.76-7.0190.177300.1764870.1765170.9860.9861000.195
7.019-9.780.165150.163900.164050.9850.9891000.179
9.78-40.5040.256110.2212380.2222520.9420.96698.80950.245

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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