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万見
- PDB-9eh5: Structure of a mutated photosystem II complex reveals changes to ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9eh5
タイトルStructure of a mutated photosystem II complex reveals changes to the hydrogen-bonding network that affect proton egress during O-O bond formation
要素
  • (Cytochrome b559 subunit ...) x 2
  • (Photosystem II ...) x 17
  • Cytochrome c-550
  • Sll1638 protein
キーワードPHOTOSYNTHESIS / photosystem II / oxygen-evolving complex / transition metals / metalloenzyme / mutagenesis / water channel / hydrogen-bond network
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived thylakoid photosystem II / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide ...plasma membrane-derived thylakoid photosystem II / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / extrinsic component of membrane / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthetic electron transport in photosystem II / phosphate ion binding / photosynthesis, light reaction / : / photosynthesis / respiratory electron transport chain / manganese ion binding / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / calcium ion binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II PsbQ, cyanobacteria / Oxygen-evolving enhancer protein 3 / Oxygen evolving enhancer protein 3 / PsbQ-like domain superfamily / Photosystem II protein Y (PsbY) / Photosystem II PsbY / Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor ...Photosystem II PsbQ, cyanobacteria / Oxygen-evolving enhancer protein 3 / Oxygen evolving enhancer protein 3 / PsbQ-like domain superfamily / Photosystem II protein Y (PsbY) / Photosystem II PsbY / Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II PsbI / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / : / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / CA-MN4-O5 CLUSTER / PHEOPHYTIN A ...BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / CA-MN4-O5 CLUSTER / PHEOPHYTIN A / Chem-PL9 / (3R)-beta,beta-caroten-3-ol / Chem-SQD / Photosystem II CP47 reaction center protein / Cytochrome b559 subunit alpha / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II D2 protein / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II extrinsic protein O / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II protein D1 2 / Photosystem II reaction center protein X / Photosystem II reaction center protein M / CyanoQ / Photosystem II reaction center protein J / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II reaction center protein Y / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II extrinsic protein V / Photosystem II extrinsic protein U / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II reaction center protein Psb30
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Flesher, D.A. / Shin, J. / Debus, R.J. / Brudvig, G.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States) 米国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2025
タイトル: Structure of a mutated photosystem II complex reveals changes to the hydrogen-bonding network that affect proton egress during O-O bond formation.
著者: David A Flesher / Jieun Shin / Richard J Debus / Gary W Brudvig /
要旨: Photosystem II (PSII) is the water-splitting enzyme of oxygenic photosynthesis. Using light energy, PSII catalytically oxidizes two water molecules to fuel downstream metabolism, forming an O-O bond ...Photosystem II (PSII) is the water-splitting enzyme of oxygenic photosynthesis. Using light energy, PSII catalytically oxidizes two water molecules to fuel downstream metabolism, forming an O-O bond and releasing O as a byproduct. The reaction mechanism requires the strategic removal of four protons via conserved hydrogen-bonding networks, but these pathways remain poorly understood. Site-directed mutagenesis has been used to study these pathways and the role of specific side chains, such as Lys317 of the D2 subunit. Previous studies showed that the D2-Lys317Ala substitution, which abolishes the flexible hydrogen-bonding -NH group, resulted in delayed O release kinetics and diminished catalytic turnover, suggesting Lys317 has a crucial role in facilitating proton egress. Here, we investigated this proton egress pathway by determining the cryo-EM structure of PSII containing the D2-Lys317Ala substitution at a resolution of 1.97 Å. We observed that four new water molecules fill the space previously occupied by Lys317, but these waters lack specific water-protein interactions, leading to heterogeneity and suboptimal hydrogen bonding. We hypothesize that these waters negatively contribute to the existing hydrogen-bonding network and increase the entropic barrier for proton transfer. Additionally, we observed that a conserved chloride ion (Cl1), which is associated with Lys317, is unexpectedly maintained in D2-Lys317Ala PSII. However, unlike in wild-type, Cl1 has no measured effect on oxygen-evolution rates in D2-Lys317Ala PSII. This suggests that the role of Cl1 is dependent on the Lys317 amino group. These findings provide new insight into proton egress through the Cl1 hydrogen-bonding channel.
履歴
登録2024年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin / Item: _citation.journal_volume / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem II protein D1 2
B: Photosystem II CP47 reaction center protein
C: Photosystem II CP43 reaction center protein
D: Photosystem II D2 protein
E: Cytochrome b559 subunit alpha
F: Cytochrome b559 subunit beta
H: Photosystem II reaction center protein H
I: Photosystem II reaction center protein I
J: Photosystem II reaction center protein J
K: Photosystem II reaction center protein K
L: Photosystem II reaction center protein L
M: Photosystem II reaction center protein M
O: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide
Q: Sll1638 protein
R: Photosystem II protein Y
T: Photosystem II reaction center protein T
U: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein
V: Cytochrome c-550
X: Photosystem II reaction center X protein
Y: Photosystem II reaction center protein Ycf12
Z: Photosystem II reaction center protein Z
a: Photosystem II protein D1 2
b: Photosystem II CP47 reaction center protein
c: Photosystem II CP43 reaction center protein
d: Photosystem II D2 protein
e: Cytochrome b559 subunit alpha
f: Cytochrome b559 subunit beta
h: Photosystem II reaction center protein H
i: Photosystem II reaction center protein I
j: Photosystem II reaction center protein J
k: Photosystem II reaction center protein K
l: Photosystem II reaction center protein L
m: Photosystem II reaction center protein M
o: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide
q: Sll1638 protein
r: Photosystem II protein Y
t: Photosystem II reaction center protein T
u: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein
v: Cytochrome c-550
x: Photosystem II reaction center X protein
y: Photosystem II reaction center protein Ycf12
z: Photosystem II reaction center protein Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)816,308278
ポリマ－657,60942
非ポリマー158,700236
水23,3111294
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Photosystem II ... , 17種, 34分子 AaBbCcDdHhIiJjKkLlMmOoRrTtUuXx...

#1: タンパク質 Photosystem II protein D1 2 / PSII D1 protein 2 / Photosystem II Q(B) protein 2


分子量: 38280.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: P16033, photosystem II
#2: タンパク質 Photosystem II CP47 reaction center protein


分子量: 55954.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: P05429
#3: タンパク質 Photosystem II CP43 reaction center protein


分子量: 50344.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: P09193
#4: タンパク質 Photosystem II D2 protein / PSII D2 protein / Photosystem Q(A) protein


分子量: 39461.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: P09192, photosystem II
#7: タンパク質 Photosystem II reaction center protein H


分子量: 7120.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: P14835
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein I


分子量: 4338.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: Q54697
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein J


分子量: 3976.687 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: P73070
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein K


分子量: 5114.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: P15819
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein L


分子量: 4476.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: Q55354
#12: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein M


分子量: 3910.639 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: P72701
#13: タンパク質 Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide


分子量: 29939.584 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: P10549
#15: タンパク質・ペプチド Photosystem II protein Y


分子量: 4204.958 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: P73676
#16: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein T


分子量: 3571.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: P74787
#17: タンパク質 Photosystem II 12 kDa extrinsic protein


分子量: 14256.163 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: Q55332
#19: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center X protein


分子量: 4189.036 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: P72575
#20: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein Ycf12


分子量: 4143.993 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: Q55438
#21: タンパク質 Photosystem II reaction center protein Z


分子量: 6736.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: P73528

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Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf

#5: タンパク質 Cytochrome b559 subunit alpha


分子量: 9454.577 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: P09190
#6: タンパク質・ペプチド Cytochrome b559 subunit beta


分子量: 4935.784 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: P09191

-
タンパク質 , 2種, 4分子 QqVv

#14: タンパク質 Sll1638 protein


分子量: 16494.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: P73048
#18: タンパク質 Cytochrome c-550


分子量: 17901.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: Q55013

-
糖 , 2種, 74分子

#31: 糖...
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#34: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

-
非ポリマー , 15種, 1456分子

#22: 化合物 ChemComp-OEX / CA-MN4-O5 CLUSTER


分子量: 339.827 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CaMn4O5
#23: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#24: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#25: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#26: 化合物
ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)


分子量: 871.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O5
#27: 化合物
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#28: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#29: 化合物
ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9


分子量: 749.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H80O2
#30: 化合物
ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#32: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#33: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#35: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#36: 化合物 ChemComp-RRX / (3R)-beta,beta-caroten-3-ol / beta-Cryptoxanthin / β-クリプトキサンチン


分子量: 552.872 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O
#37: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#38: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY
配列の詳細The sequence for chains A and a end at ALA 344. The C-terminal end is removed by a post- ...The sequence for chains A and a end at ALA 344. The C-terminal end is removed by a post-translational process that remoes the sequence SGEQAPVALTAPAVNG

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: photosystem II / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#21 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
緩衝液pH: 6.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 38 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 1.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 518876 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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